参考地址: https://www.biostars.org/p/56246/ -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0] Like for getting the unique reads (a single read mapping at one best position) 命令如下,也有文献报告使用的-q 2 samtools view -bq 1 file.bam > unique.bam…

UiAutomator自动化测试框架介绍 环境搭建 1         必要条件 1.1       JDK 1.2       SDK(API高于15) 1.3       Eclipse 2         简要步骤 2.1       安装JDK并添加bin目录到环境变量 2.2       添加SDK中的tools目录和platform-tools到环境变量 2.3       安装Eclipse并安装ADT插件 建立工程 1         用eclipse建立Java project…

http://blog.csdn.net/dba_huangzj/article/details/8300784 SQL查询性能的好坏直接影响到整个数据库的价值,对此,必须郑重对待. SQL Server提供了多种工具,下面做一个简单的介绍: 一.SQL Profiler工具 SQL Profiler可用于: l  图形化监视SQLServer查询: l  在后台收集查询信息: l  分析性能: l  诊断像死锁这样的问题: l  调试Transact-SQL(T-SQL)语句: l  模拟重放…

目录结构:…

// indexedDB.js,浏览器本地数据库操作 export default { // indexedDB兼容 indexedDB: window.indexedDB || window.webkitindexedDB || window.msIndexedDB || mozIndexedDB, // 打开数据库 // 新对象储存空间newStore参数:newStore.name.newStore.key // 新增对象存储空间要更改数据库版本 openDB: function (dbn…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

为了方便日常运维写的一段简单脚本,用于集中获取服务器操作系统.CPU.内存使用.负载.硬盘使用.网络信息. 脚本比较简单,就不解释了,有兴趣的朋友请自行查看. #!/bin/bash##Name:system_info#Ver:1.0#Author:lykyl###程序说明:#获取服务器基本信息脚本#echo '[OS Info]'echo 'Host Name: '`uname -n`echo 'OS: '`cat /etc/redhat-release`echo 'Kernel: '`una…

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)…

记得有一次打开一个单独exe程序,点击btn中的一个帮助说明按钮,在同级目录下就多出一个help.chm 文件并自动打开. 那这个exe肯定是把help.chm 打包到exe中,当我触发“帮助”按钮的时候另存为help.chm 并打开该文件. 所以我在想,Pyqt打包资源是否也可以另存为后打开资源中的文件呢?然后就有了下文 一. 生成资源文件 我们先找几个资源文件 比如: 用Qt Designer中的资源浏览器把资源素材添加并保存为resexe.qrc 文件 resexe.qrc文件: <RCC…

根据时间戳获取kafka的topic的偏移量,结果获取的偏移量量数据组的长度为0,就会出现如下的数组下标越界的异常,实现的原理是使用了kafka的getOffsetsBefore()方法: Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException : 0 at co.gridport.kafka.hadoop.KafkaInputFetcher.getOffset(KafkaInputFetcher.java…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

CREATE OR REPLACE FUNCTION DIFFHOURTIME_WITHOUTHOLIDAY_FUN ( STARTTIME ), ENDTIME ) ) RETURNS DOUBLE LANGUAGE SQL NOT DETERMINISTIC EXTERNAL ACTION READS SQL DATA INHERIT SPECIAL REGISTERS -------------------------------------------------------------…

前段时间一直忙些其他事情,docker源码分析的事情耽搁了,今天接着写,上一章了解了docker client 和 docker daemon(会启动一个http server)是C/S的结构,client端发出的命令由docker daemon接收并处理. 我们在运行docker的时候,可能会使用到docker run命令(当然通过Dockerfile运行docker build命令也是一样的)时,如果本地没有你需要的镜像,docker daemon首先会去下载你需要的docker镜像,然后存…

原文地址:http://xuqq999.blog.51cto.com/3357083/774714 apache日志分析可以获得很多有用的信息,现在来试试最基本的,获取最多访问的前10个IP地址及访问次数. 既然是统计,那么awk是必不可少的,好用而高效. 命令如下: awk '{a[$1] += 1;} END {for (i in a) printf("%d %s\n", a[i], i);}' 日志文件 | sort -n | tail 首先用awk统计出来一个列表,然后用sor…

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht…

*============================================================== 名称: [GetMSSQLTableScript] 功能: 获取customize单个表的mysql脚本 创建:2015年3月23日 参数:@DBName --数据库名称 @TBName --表名 @SchemeName --数据库表引用的Scheme @PartitionScheme --分区Scheme @PartitionField --该表使用的分区字段 @SQ…

一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. -------------------------------------------后面都不用看了,H和S没有区别,比对软件不能发现嵌合体-------------------------------------- 但这只是表面上的,在深层次的意义上, H 和 S 又有什么本质的不同呢? 首先要了解嵌合体的概念: 嵌合体就是两个不同的序列错误的拼接到了一…

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到…

提权后获取linux root密码 2011-09-09 10:45:25     我来说两句      收藏    我要投稿 在webbackdoor本身是root(可能性小的可怜)或通过某漏洞溢出成功得到最高权限后,如果能获取root密码能给我们带来很多的好处.查询了一下前辈的方法,一个是欺骗su记录密码,另外一个是替换sshd,我们先看看欺骗su记录密码的代码吧! 先看第一种,kpr-fakesu.c V0.9beta167 fucksu.c /* * kpr-fakesu.c V0.9b…

.h #import <Foundation/Foundation.h> #import <Security/Security.h> /**使用**/ //-(void) setKeyChainValue //{ // KeychainItemWrapper *keyChainItem=[[KeychainItemWrapper alloc]initWithIdentifier:@"TestUUID" accessGroup:@"XXXXXX.h.He…

就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果.因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对结果,如果我们认为0.05%是一个小概率的话,那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话,mapq值为20就可以用于筛选了.但是人们往往从30这个值开始试起(1/1000的概率),如果它…

获取文件行数: echo `cat $file | wc -l` 获取文件中不重复的行数(去重后) echo `awk '{$1="";print $0;}' $file_tel | sort | uniq -c | sort -n -k1 | tail -n1`…

对于awk '!a[$3]++',需要了解3个知识点 1.awk数组知识,不说了 2.awk的基本命令格式 awk 'pattern{action}'     省略action时,默认action是{print},如awk '1'就是awk '1{print}' 3.var++的形式:先读取var变量值,再对var值+1 以数据 1 2 3 1 2 3 1 2 4 1 2 5 为例,对于awk '!a[$3]++' awk处理第一行时: 先读取a[$3]值再自增,a[$3]即a[3]值为空(0)…

linux第七讲(上)1.diff link 作用:diff命令能比较单个文件或者目录内容.如果指定比较的是文件,则只有当输入为文本文件时才有效.以逐行的方式,比较文本文件的异同处. 如果指定比较的是目录的的时候,diff 命令会比较两个目录下名字相同的文本文件.列出不同的二进制文件.公共子目录和只在一个目录出现的文件. 参数:-a或--text diff预设只会逐行比较文本文件. -c 显示全部内文,并标出不同之处.  -H或--speed-large-files 比较大文件时,可加快速度.…

在分析转录组数据时,用bowtie2比对生成的bam文件,下一步call peak使用m6Aviewer,需要bam文件的index文件.所以我直接敲命令 samtools index xx.bam [E::hts_idx_push] NO_COOR reads not - 报上面的错误.后来发现,samtools建索引时,bam或sam文件必须是排序好了的,而且必须使用samtools的默认排序方法,即坐标顺序排序. time nohup samtools sort -@ .m6A.bam -…

apache日志分析可以获得很多有用的信息,现在来试试最基本的,获取最多访问的前10个IP地址及访问次数. 既然是统计,那么awk是必不可少的,好用而高效. 命令如下: awk '{a[$1] += 1;} END {for (i in a) printf("%d %s\n", a[i], i);}' 日志文件 | sort -n | tail 首先用awk统计出来一个列表,然后用sort进行排序,最后用tail取最后的10个. 以上参数可以略作修改显示更多的数据,比如将tail加上-…

前言: 在前面一文中,已经提到了三类常见的索引问题,那么问题来了,当系统出现这些问题时,该如何应对? 简单而言,需要分析现有系统的行为,然后针对性地对索引进行处理: 对于索引不足的情况:检查缺少索引的情况,也需要检查现有索引定义是否有问题. 对于索引过多的情况:分析每一个索引的使用情况,判断是否有存在的必要或者可合并.可修改的可能. 对于索引不合理的情况:也要分析每个索引的定义,及其使用情况,确定索引是否有存在必要,如果有,是否能很好地支持查询并且对现有系统的影响也不大. 从上面描述可知,我们的…

功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例…

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台…