使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一…

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实…

各种生信工具: https://omictools.com/…

http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法. 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一种思路 bioconda是什么 官方介绍是: Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinform…

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及…

Dana Pe'er Lab of Computational Systems Biology Dana Pe'er是哥伦比亚大学生物科学系的副教授,被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一.Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织,功能和进化,特别关注的是遗传变异如何改变调控网络,以及这些遗传变异如何导致癌症. 教育背景: bachelor's degree --- 耶路撒冷希伯来大学(Hebrew University of Jerusalem) --- mathematics -…

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa…

转自:https://baike.baidu.com/item/RPKM/1197657 均反应基因的表达水平 1.RPKM的计算公式 分母是总共比对到这个基因的reads的数目(条 为单位),分母是:比对上的reads的总数(百万条为单位):外显子的长度也就是基因的长度(KB为单位). 2.举个计算的例子 3.为什么需要这样计算呢? Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads 具体含义是:每百万reads中来自于某基因每千…

4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上. 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题. 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的. 现在问题有几个特征: 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过100bp,而ref基因组通常在上百Mb. 2.数据量,NGS测序产生的数据量达到几百Gb,相当于几十个人的人…

1.官网下载GATK. (学校网速实在是太慢了,下载几个小时到自闭) 下载地址:https://software.broadinstitute.org/gatk/download/ 下载完成后文件夹中有如下内容. 2.docker的下载. 因为我的电脑配置的Windows10,而GATK仅支持Linux和MacOSX(这个时候要注意一定要多查看documentation),询问老师后决定使用虚拟机.在GATK的入门指南上有明确建议使用docker,但是我从来没有接触过这一方面(卑微),所以下面主…