p值还是 FDR ? 差异分析 如何筛选显著性差异基因,p value, FDR 如何选 经常有同学询问如何筛选差异的基因(蛋白).已经计算了表达量和p value值,差异的基因(蛋白)太多了,如何筛选.其中最为关键的是需要对p value进行校正. 基本概念: 零假设:在随机条件下的分布. p值:在零假设下,观测到某一特定实验结果的概率称为p值. 假阳性:得到了阳性结果,但这个阳性结果是假的. 假阴性:得到了阴性结果,但这个阴性结果是假的. 单次检验: 针对单个基因(蛋白),采用统计检验,假设…

读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=.=)一大堆问题等着我去解决...所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案- ××××××××××××××××××我是分割线么么哒××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××× 1. PCoA: Principal coordinates analysis 如何绘制的?原理如何? 2. FDR: false discovery rate 如何计算的? Ans: 在多重检验(multiple test…

前期处理 perl脚本统计RC(RC(read counts)) 读入control baseline 和 sigma(最后baseline 预测的mad值) 将gc < 0.28或gc > 0.68,sigma乘上1.5,后来又乘以6,对于小于0.01或者大于0.99分位数,sigma取0.01和0.99分位点的sigma 将sigma转化为权重,SigmaForWeights = 1/sigma^2/max(1/sigmaforWeithts^2) 根据mu值设置一些outlier的amp…

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实…

初始数据类似: 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布,但目前最常用的检验方法还是T检验(两组比较)和方差分析(多组比较).这个话题值得深究,这里不展开. 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR,用于差异筛选. Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),rep("S11SC",3),rep("S12CC",3),rep("S12SC",3))) for(i in 1:nro…

转自:https://baike.baidu.com/item/FDR/16312044?fr=aladdin  https://blog.csdn.net/taojiea1014/article/details/79681249 http://www.360doc.com/content/18/0914/21/19913717_786724085.shtml   https://www.sohu.com/a/165109778_785442 https://www.jianshu.com/p/…

回到目录 注意,这里说的值对象是指在MongoDB实体类中的,并不是DDD中的值对象,不过,两者也是联系,就是它是对类的补充,自己本身没有存在的价值,而在值对象中,也是不需要有主键Id的,这与DDD也是不谋而合的,也是可以理解的,因为它只是对主对象的一种补充说明,自己不存在任何意义,所以要主键也没什么用,呵呵. 看一个MongoDB的值对象contact public class Person { public Person() { Contact = new Test.Contact(); A…

http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857 http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/144113-mafdr-interpreting-q-values-vs-bhfdr-adjusted-p-values matlab自带函数mafdr,当ttest数较多时,可直接用[FDR, Q]=mafdr(P):但是Storey proc…

来源: http://blog.sciencenet.cn/blog-479412-572049.html,http://52brain.com/thread-15512-1-1.html SPM8允许两种FDR校验.一个是voxel-wise FDR,另一个是topological FDR. 如果要做voxel-wise FDR 校验,就把spm_defaults里的68行的defaults.stats.topoFDR 改为0. (有很多朋友下载下来的spm在处理结果是只显示FWE矫正和NOR…

来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html,http://wenku.baidu.com/link?url=3mRTbARl0uPHHRFO9CdqhBNeUj-nb8dRwtqRN2oGqu8u1kN6IsqgYy-H8ggB7jOkPXhx703oM9YW9ftfOlh2dz7KJmlliOhDa4-WZFEEus_,http://www.dxy.cn/bbs/thread/28263194#28263194 一.假设检验基…