circRNA 序列提取中的难点】的更多相关文章

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序…
leetcode 105题,由树的前序序列和中序序列构建树结构.详细解答参考<剑指offer>page56. 先序遍历结果的第一个节点为根节点,在中序遍历结果中找到根节点的位置.然后就可以将问题拆分,递归求解. /** * Definition for a binary tree node. * struct TreeNode { * int val; * TreeNode *left; * TreeNode *right; * TreeNode(int x) : val(x), left(N…
1.文字描述: 已知一颗二叉树的前序(后序)遍历序列和中序遍历序列,如何构建这棵二叉树? 以前序为例子: 前序遍历序列:ABCDEF 中序遍历序列:CBDAEF 前序遍历先访问根节点,因此前序遍历序列的第一个字母肯定就是根节点,即A是根节点:然后,由于中序遍历先访问左子树,再访问根节点,最后访问右子树,所以我们找到中序遍历中A的位置,然后A左边的字母就是左子树了,也就是CBD是根节点的左子树:同样的,得到EF为根节点的右子树. 将前序遍历序列分成BCD和EF,分别对左子树和右子树应用同样的方法,…
还原本来的二叉树并不是一个非常简单的事,虽然思想比较简单,但过程却是比较繁琐.下面我拿先序序列和中序序列来讲一下原理吧. 从先序序列中我们一下子就可以得到二叉树的根节点是第一个元素,然后再中序序列中我们也可以找到这个元素(假设二叉树中所有的元素的值不相同)这样我们就可以把中序序列分成两部分,前部分和先序序列可求得左子树,后部分与先序序列可求得右子树.下面以左部分为例,在除去根节点的前序序列中的第二个元素,就是我们左子树的的第一个节点,然后继续在中序序列的前部分中找到相同的元素,再次对中序序列进行…
IT蓝豹强烈推荐:符合1-2年工作经验,开发中的难点及相关优化: IT蓝豹 ------------------> sqlite数据库版本升级 1.sqlite升级步骤: 1.自己写一个类继承自SqliteOpenHelper 2.会实现SqliteOpenHelper的两个方法 onCreate与onUpgrade,google文档对两个回调方法的解释是创建数据库的时候调用与更新数据库的版本的时候调用 3.Sqlite数据库主要是用来缓存应用的数据,而应用却是一直在更新版本,相应的数据的表的字…
DNA序列编码中Hairpin的定义和计算 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文献 [1] 张凯. DNA计算核酸编码优化及算法设计[D]. 2008. [2] Shin, Soo Yong , et al. "Multiobjective evolutionary optimization of DNA sequences for reliable DNA computing." IEEE Transactions on Evolutionary Compu…
http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1710 Binary Tree Traversals Time Limit: 1000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 4210    Accepted Submission(s): 1908 Problem Description A binary tree is a…
在单调递增序列a中查找<=x的数中最大的一个(即x或x的前驱) while (l < r) { int mid = (l + r + 1) / 2; if (a[mid] <= x) l = mid; else r = mid - 1; }…
1. 前言 在NLP中有几个经典的序列标注问题,词性标注(POS),chunking和命名实体识别(NER).序列标注器的输出可用于另外的应用程序.例如,可以利用在用户搜索查询上训练的命名实体识别器来识别关键词,从而触发某些产品广告.另一个例子是搜索引擎可以使用这种标签信息来查找相关的网页. 2. BI-LSTM-CRF原理 在本文中,我们提出了各种基于长短期记忆(LSTM)的序列标注模型.这些模型包括LSTM网络,双向LSTM网络(BI-LSTM),带条件随机场的LSTM(LSTM-CRF)和…
Oracle中序列Sequence的创建语法如下: CREATE SEQUENCE [ schema. ] sequence [ { INCREMENT BY | START WITH } integer | { MAXVALUE integer | NOMAXVALUE } | { MINVALUE integer | NOMINVALUE } | { CYCLE | NOCYCLE } | { CACHE integer | NOCACHE } | { ORDER | NOORDER } ]…
quicksort中,当n小于一定值时,排序效率就比直接插入排序底了,所以,此时就不要再递归下去了,直接插入排序好了:快速的原理就是因为折半递归,所以初始pivot应该有个好一点的选择,这里在原序列左右和中间序的值取中值作为pivot,位置仍然放置于左侧第一元素位置(交换). 这就变成了工程优化的快速排序了 —————————————————————————————————————————————————— #include <stdio.h>#include <stdlib.h>…
%% ============ Part : Compute Cost and Gradient ============ % In this part of the exercise, you will implement the cost and gradient % for logistic regression. You neeed to complete the code in % costFunction.m % Setup the data matrix appropriately…
题: 给定一个序列S以及它的一个子序列T,求S的所有包含T的子序列.例: S = [1, 2, 3, 2, 4] T = [1, 2, 4] 则S的所有包含T的子序列为: [1, 2, 3, 2, 4] [1, 2, 3, 4] [1, 2, 2, 4] [1, 2, 4]   解: 首先可以拆解为两个问题: 1. 求S的所有子序列:其中又涉及到去重的问题. 2. 求S的所有子序列中包含T的子序列.   暂时先不考虑去重,看看问题1怎么解: 一.求S的子序列 单纯求一个序列的所有子序列的话,就是…
需求内容 根据表格中给出的信息(提供了机构名称.机构代码.用户信息.具体操作等),选择系统管理 → 用户信息管理 → 用户维护,点击用户所在的机构,在机构中选择需调整的用户,进行相应的增删改操作. 关键步骤截图如下: 例如,表格给出的信息是 [01001] 分行营业部的某个员工需要进行修改操作,那么需要在目录中依次点击 [00000]银行 → [FR001总行] → [01]常州分行 → [010010]常州分行营业部 → [01001]分行营业部 然后在右侧的用户信息表中选中相应员工进行修改操…
给定一个有N个正整数的序列A(N<=10^5,A[i]<=10^5),对序列中的每一个数,求出序列中它左边比它小的数的个数. 思路:树状数组的经典应用(裸题) #include <iostream> #include <algorithm> #include <cstring> using namespace std ; ; int c[N] ; int lowbit(int x){//取得最右边的一个1 return x&(-x) ; } int…
传统 CRF 中的输入 X 向量一般是 word 的 one-hot 形式,前面提到这种形式的输入损失了很多词语的语义信息.有了词嵌入方法之后,词向量形式的词表征一般效果比 one-hot 表示的特征要好.本文先主要介绍了LSTM.词嵌入与条件随机场,然后再从序列标注问题探讨 BiLSTM与CRF等的应用. Word Embedding 和 LSTM Word Embedding 简单的说是将高维空间(空间的维度通常是词典的大小)中的表示 word 的高维 one-hot 向量映射到低维(几十维…
1.flashCC中打开库,在一个元件中右键->Generate Sprite Sheet...设置如下: 2.点Export后得到playerWalk.png和playerWalk.plist,复制到当前项目目录的res文件夹下.如图: 3.修改resource.js var res = { playerWalk_plist:"res/playerWalk.plist", playerWalk_png:"res/playerWalk.png" }; var…
类似的,如果要提取上图第1列的商品,不要型号,如第2列. 可以考虑使用SEARCHB函数. searchb与search的区别,在于searchb函数以字节为单位搜索,search函数以字符为单位搜索.同理find与findb的区别类似.searchb与findb的区别在于,searchb不区分大小写,但支持*和?通配符. 我们利用searchb和通配符特性,就可以得到这个结果: 这就是我们需要的结果.第7位就是英文字母的第几位数,中文字符为2字节,所以P字母为第7位. 因为所有的商品中文名都在…
---恢复内容开始--- 当时在学习python的基本数据类型时,对于可变与不可变类型不是了解的很透彻,这篇是回过头来自己的一些理解. 可变的数据类型有列表,不可变的数据类型有字符串,数字和元组    怎么区分可变不可变,很简单.我们都知道数据是存储在内存里的,那么我们只需去查看其内存即可 列表: 可以从上图看到,我在修改了列表中的数值后,列表的内存地址并未发生改变,相当于还是这个列表,说明该数据类型是可变的 数字: 可以从上图看到,我在修改了数字的值后,其内存地址发生了变化,相当于变成了另外一…
OCR简介熟悉OCR的人都了解,OCR大致分为两个部分: -文字提取text extractor -文字识别text recognition 其中,第一部分是属于图像处理部分,涉及到图像分割的知识,而第二部分则大多数利用谷歌的Tesseract来进行字符的识别,设计到的东西不多,当然也不难,难的是要能够做到非常准确的识别率,以及它的识别速率. 文字提取这一部分工作是很关键的,因为文字提取的好坏,直接影响到最后的识别结果,相当于预处理部分,是非常重要的,其主要目的是为了分割出文字字符. 主要涉及工…
思路分析:可以与归并排序联系起来,给定两个变量A.B,变量A轮着存放:a*1,a*2,a*3,……变量组B轮着存放:b*1,b*2,b*3,……有两个整数i.j,分别代表A.B第i.j次存放的值,每次取A.B中的较小值,并将较小值的次数加一,然后继续比较. 代码如下: #include "stdafx.h" #include<stdio.h> void Generate(int a, int b, int N, int *Q) { int tmpA, tmpB; ; ; ;…
一.布尔运算的运用 1.布尔运算是在图形工具组中使用,快捷键“U” 2.使用方法:都是在同一图层下运算,在进行布尔运算之前,首先用路径选择工具,小黑箭头,快捷键是“A” 选取你要运算的图形. 3.布尔运算的六种形式,是在属性栏里面查找. 4. 图片实例展示: 二.图层样式 1.图层样式就是针对你的图层.组.以及智能对象做模拟特效性的添加. 图层样式的功能强大,能够简单快捷地制作出各种立体投影,各种质感以及光景效果的图像特效.编辑起来也特别的方便. 2.图层样式查找的三种方式:图层最底下与新建图层…
1.现在在看<流畅的Python>这本书,看了三页就发现,这本书果然不是让新手来入门的,一些很常见的知识点能被这个作者玩出花来, 唉,我就在想,下面要分析的这些的代码,就算我费劲巴拉的看懂了,又有什么用呢,我其实不想靠着技术吃饭,但是现在在这个岗位上, 就得在其位谋其职,悲哀.我在敲代码方面也没什么天赋,也没什么热情,老话说得好,‘女怕嫁错郎,男怕入错行’, 所以我得从IT行业抽出身来.anyway,进入正题. 2.python解释器碰到特殊的句法时,会使用特殊方法去激活一些基本的对象操作,这…
1>首先,我们先将函数对象认识清楚: 补充snow的另一种写法: var snow =function(){}; 2>其次:就是原型对象 每当我们定义一个函数对象的时候,这个对象中就会包含一些内置的属性,其中有一个属性叫prototype(原型对象) 原型对象不是谁都有的,是函数对象特有的 ,普通对象没有.但是普通对象有一个__proto__属性(叫原型) 所有对象都有__proto__属性(原型). 总结:函数对象有原型对象(prototype)属性和原型对象中的原型(__proto__)属…
代码如下: vuser_init() { lr_save_string("11041331\",\"11041372\",\"11041373\",\"11041374","OrderNo"); lr_output_message("%s", lr_eval_string("{OrderNo}")); return 0; } Action() { int i=0,j;…
对于函数,我一直分不清局部变量与全局变量,今天又好好研究了下,终于搞清楚了. 例子: 其次对于global这个关键字我也是一知半解的状态,之前整个人都是懵懵的,现在搞明白了 匿名函数: 匿名函数使用关键词lambda定义,初看普通,但是配合其他函数使用,还是很牛的,配合例子看 递归函数我也不太了解: 递归函数: 简而言之,就是函数在其内部调用自己本身,这种函数就叫做递归函数,一样,我写了例子: 引申一下,这篇写堆和栈的博文特别高,强烈推荐: http://www.cnblogs.com/lln7…
https://github.com/zergtant/pytorch-handbook/blob/master/chapter2/2.1.4-pytorch-basics-data-lorder.ipynb DataLoader为我们提供了对Dataset的读取操作,常用参数有:batch_size(每个batch的大小), shuffle(是否进行shuffle操作), num_workers(加载数据的时候使用几个子进程) --即我们可以使用DataLoader来对自己的数据进行操作 ht…
while (l < r) { int mid = (l + r) / 2; if (a[mid] >= x) r = mid; else l = mid + 1; }…
一.circRNA序列提取 环状RNA (circRNA)是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴.并以共价键形成环形结构的非编码 RNA 分子. 环状RNA (circRNA) 是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,大量存在于真核转录组中且表达具有时空特异性.在调控基因转录.作为疾病诊断marker等方面具有重要的研究和临床意义. 在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:10699…
题目来源: http://poj.org/problem?id=2255 题目描述: Description Little Valentine liked playing with binary trees very much. Her favorite game was constructing randomly looking binary trees with capital letters in the nodes. This is an example of one of her cr…