使用 awk awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta…

修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #include <zlib.h> 5 6 #define RLEN 1024 7 8 static void getfq(char *fq); 9 10 int main(int argc, char *argv[]){ 11 12 if(argc!=2){ 13 fprintf(stderr,&qu…

目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #define RLEN 1024 5 6 static void getfq(char *fq, char *ofq); 7 8 int main(int argc, char *argv…

FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: 以 '+' 字符开头, 后面紧接着的是可选字段的描述性信息 4: 第二行序列的质量信息 Illumina sequence identifiers @HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 sequence identifiers description HWUSI-EAS…

一.如何将一个十进制的整数用2进制表示出来? echo "obase=2;50" | bc 二.Linux下经常需要删除空白行,grep,sed,awk,tr等工具均可实现 grep -v '^$' filename sed '/^$/d' filename awk '{if($0!="") print $0}' filename tr -s '\n' < filename 三.shell中if 判断语句中的匹配模式 =~ 表示匹配 if [[ $slave…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分: 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">&…

http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents expected learning outcomes getting started exercise 1: checking Illumina data with the FASTX-Toolkit exercise 2: checking 454 data with the FASTX-Too…