问题:有两个平行测序样本,分别得到1.vcf和2.vcf两个文件,想知道这两个文件有多少个重合点. [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1 chr1 10 10 chr1 11 11 [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2 chr1 10 10 [wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2 chr1 10 10…

Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的一个note: Note: bedtools merge requires that you presort your data by chromosome and then by start position (e.g., sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.…

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data.自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count(计数) 和 htse…

之家哥 2017-11-15 09:12:31 微信QQ微博 下载APP 摘要 网贷之家小编根据舆情频道的相关数据,精心整理的关于<为什么很多人坚信"富贵险中求"?>的相关文章10篇,希望对您的投资理财能有帮助. <为什么很多人坚信"富贵险中求"?> 精选一 经验事实告诉我们:人的风险态度与收入之间呈非常明显的正相关关系. 也就是说,敢于冒险的人与有钱人这两组人重合度是相当高的,但这一定意味着想要挣钱多就要冒风险吗? 01 越敢冒险越富有 o…

目录 Python编程语言简介 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256134.html Python环境搭建及中文编码 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256337.html Python 基础语法 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12257287.html Python 变量类型及变量赋值 https://w…

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq. cat gffcmp.combined.gtf | grep -v exon | cut -f1,4,5,9 | cut -f1 -d";" | awk '{print $1, $2, $3, $5}' | sed -e '…

1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据的时候就会显得力不从心.因此,需要一款快速.灵活的软件来批量处理数据集. bedtools是一款用C++编写的小巧且灵活的软件来处理这些复杂的问题,可以用来比较.操作.注释bed和gff文件中的genomic features.它设计主要是在linux环境下,可以和awk.grep.sort 等实现…

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib…

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto…

之前应该提过,我们线上架构整体重新架设了,应用层面使用的是Spring Boot,前段日子因为一些第三方的原因,略有些匆忙的提前开始线上的内测了.然后运维发现了个问题,服务器的HTTPS端口有大量的CLOSE_WAIT: 我的第一反应是Spring boot有Bug,因为这个项目分为HTTP和HTTPS两种服务以JAR的形式启动的,而HTTP的没有问题,同时,老架构的服务在Tomcat中以HTTPS提供服务也没有问题,我当时认为这大致上可以判断为Socket层面应该是没有问题的,于是我开始分析S…