Bioperl 解析blast的输出结果

用bioperl 解析blast的默认输出结果, 整理成-m8格式的输出 #!/usr/bin/perl use Bio::SearchIO; my ($blast) = @ARGV; my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => "blast", -file => "test.bls"); while (my $result = $searchio->next_result) { while (my $h…

blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

解决python解析文件时输出乱码

首先获取到json模块,encoding指定文件编码utf-8,errors报错时忽略错误,print()输出结果看看是否有问题. # -*- coding: utf-8 -*- import json 打开文件读取json数据 content = open('static/data/raw/news.json', 'r',encoding='utf-8',errors='ignore') print(content ) 如果用encoding指定字符集后还是中文乱码的话我们就要设置一个系统环境…

c# 错误两个输出文件名解析为同一个输出路径

检查同项目的其他文件夹下面已有其他同名窗体,影响设计器…

bioperl 格式化genebank的输出

代码如下: use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; use Bio::DB::Query::GenBank; my $db_obj = Bio::DB::GenBank->new; my $seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc('JN093905'); my $id = $seq_obj->display_id(); my $organ; foreach my $feat_object ($seq_obj->get_…

XXE任意文件读取（当xml解析内容有输出时）

利用XXE漏洞读取文件参考:https://www.jianshu.com/p/4fc721398e97 首先找到登录源码如下: 由题目可以利用XXE漏洞读取文件先登录用Burp Suite抓包: 然后构造XXE读取文件语句如下: <?xml version = "1.0"?> <!DOCTYPE ANY [ <!ENTITY f SYSTEM "/flag"> ]> <user> <username>…

Blast使用详解

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

JAVA基础学习之XMLCDATA区、XML处理指令、XML约束概述、JavaBean、XML解析（8）

1.CDATA区在编写XML文件时,有些内容可能不想让解析引擎解析执行,而是当作原始内容处理.遇到此种情况,可以把这些内容放在CDATA区里,对于CDATA区域内的内容,XML解析程序不会处理,而是直接原封不动的输出.语法:<![CDATA[ 内容 ]]> <![CDATA[ <book> <br/> </book> ]]> 2.处理指令处理指令,简称PI (processing instruction).处理指令用来指挥解析引擎如何解析XML文…

atitit.java解析sql语言解析器解释器的实现

atitit.java解析sql语言解析器解释器的实现 1. 解析sql的本质:实现一个4gl dsl编程语言的编译器 1 2. 解析sql的主要的流程,词法分析,而后进行语法分析,语义分析,构建sql的AST 1 3. 词法分析器 2 4. 语法分析器--ANTLR 2 5. Eclipse插件,,ANTLR Studio 3 6. 一个基于javacc实现的解析器JSqlParser0.7(yr2011), 3 7. 例子代码-----解析sql表格列的名称and类型 3 8. }Sql的历…

使用 CJSON 在C语言中进行 JSON 的创建和解析的实例讲解

本文用代码简单介绍cjson的使用方法,1)创建json,从json中获取数据.2)创建json数组和解析json数组 1. 创建json,从json中获取数据 #include <stdio.h> #include "cJSON.h" char * makeJson() { cJSON * pJsonRoot = NULL; pJsonRoot = cJSON_CreateObject(); if(NULL == pJsonRoot) { //error happend…

XML详解：第三部分 XML解析

声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4290918.html 遍历文档... 81 添加.删除.修改和保存... 82 使用ErrorHandler处理解析中的错误 XML解析如果不同厂商开发的XML解析器提供的API都依赖于自向的…

PHP字符串中的变量解析（+教你如何在PHP字符串中加入变量）

定义字符串的时候,用单引号或者双引号都是可以的.我个人习惯是用双引号.在输出字符串的时候,若字符串中含有字符串变量,使用单引号和双引号则是有区别的.如下面程序: 1 2 3 4 5 6 7 8 <?php $website = "NowaMagic"; $name = 'Gonn'; echo 'Welcome to visit $website. My name is $name.'; echo '<br>'; echo "Welcome to vis…

Java GC 日志输出分析

搜到的几篇讲GC日志的文章,学到了很多东西.但是有些错误或者不够精确的地方. 因此自己尝试着总结一下. 先写个程序,然后结合程序解释每句话的意思. 运行参数 -Xms200M -Xmx200M -Xmn100M -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps默认的配置:client端,垃圾收集器是Parallel GC:JDK1.8没有永久代:SurvivorRatio = 8: import java.util.List; public class MyM…

解密：LL与LR解析 1（译）

解密:LL与LR解析 1 作者:Josh Haberman 翻译:杨贵福由于GFW,我无法联系到作者,所以没有授权,瞎翻译的.原文在这里[http://blog.reverberate.org/2013/07/ll-and-lr-parsing-demystified.html]. 2013年7月22日我最初解析理论的经历来自大学时自学程序设计语言的时候.当我学到像LL,LR还有它们的变型 (比如Strong-LL, SLR, LALR等等)的时候,我迷惑了.我觉得正注视着的是艰深而强大的咒…

python用ElemenTree快速高效的解析xml

python解析xml有很多种方法,比较流行的由SAX,DOM和ElementTree,简要介绍一下这几种方法的异同: 方法特点 SAX SAX解析通过流模式在解析XML的过程中触发对应的事件(start_element.char_data.end_element)并调用用户定义的回调函数来处理XML文件. DOM DOM 将XML数据在内存中解析成一个树,通过对树的操作来操作XML,占用内存大,解析速度较慢,优点是可以任意遍历树的节点. ElementTree ElementTree 类似一…

log4j源码解析-文件解析

承接前文log4j源码解析,前文主要介绍了log4j的文件加载方式以及Logger对象创建.本文将在此基础上具体看下log4j是如何解析文件并输出我们所常见的日志格式附例文件的加载方式,我们就选举log4j.properties作为分析的文件例子,并附上相应的通用配置 log4j.rootLogger=info,stdout,logfile,errorfile log4j.logger.org.apache=DEBUG log4j.logger.java.sql.Connection=DEB…

用JAVA进行Json数据解析（对象数组的相互嵌套）

这段时间我们在做一个英语翻译软件的小小小APP,涉及到了对Json数据的解析,所以特地来总结一下! 假设我们要对如下数据进行解析,其实在平时,返回的Json数据是很乱的,很难分清数据的关系,这是经过相关工具美化后的结果 { "translation": [ "爱" ], "basic": { "us-phonetic": "lʌv", "phonetic": &q…

1.由浅入深解析 SimpleDateFormat

一.SimpleDateFormat简介 SimpleDateFormat 是一个以国别敏感的方式格式化和分析数据的具体类. 它允许格式化 (date -> text).语法分析 (text -> date)和标准化. SimpleDateFormat 允许以为日期-时间格式化选择任何用户指定的方式启动. 但是,希望用 DateFormat 中的 getTimeInstance. getDateInstance 或 getDateTimeInstance 创建一个日期-时间格式化程序. 每个类…

dmidecode的Python解析

#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- """ 解析dmidecode命令输出结果,返回JSON格式数据测试服务器Dell VMware虚拟机测试系统为CentOS 6.x 7.x Python版本为Python3.6 原版参考的是 https://pypi.org/project/dmidecode/ 但是在Python3上无法直接使用而且我觉得它有些逻辑问题需要做一些修改 """ imp…

JavaScript的工作原理：解析、抽象语法树（AST）+ 提升编译速度5个技巧

这是专门探索 JavaScript 及其所构建的组件的系列文章的第 14 篇. 如果你错过了前面的章节,可以在这里找到它们: JavaScript 是如何工作的:引擎,运行时和调用堆栈的概述! JavaScript 是如何工作的:深入V8引擎&编写优化代码的5个技巧! JavaScript 是如何工作的:内存管理+如何处理4个常见的内存泄漏 ! JavaScript 是如何工作的:事件循环和异步编程的崛起+ 5种使用 async/await 更好地编码方式! JavaScript 是如何工作的:…