目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲.而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据.但在业内用得比较多,尤其是在学术界(因为大部分科研人员只会鼠标点点框).蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器,因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索. 除了蛋白鉴定定量,PD还可以做质谱数据的转化.但是我之前比较过,PD转化的结果…

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt上,protocol也相应发表在nature protocols上.不足五年,MQ的引用率已高达上万次,其中不乏CNS级别文章(有大佬的加持果然不一样).毫不夸张地说,MaxQuant是业界良心,它的横空出世沉重地打击了深恶痛绝的质谱厂商们的嚣张气焰. 主要特点: 支…

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件.java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件.而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析,MSGF+的表现也是非常不错的(一下子找不到文献出处~~). Github源码:https://github.com/MSGFPlus/msgfplus 支持的输入格式包括:mzML, mzXML, Mascot Generic File (mgf),…

目录 1.简介 2.配置 2.1在线版本 2.2 服务器版本 3.运行 3.1 在线版本 3.2 服务器版本 4.结果 1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件,被Frost & Sullivan形容为"质谱数据检索的黄金标准",更新维护速度也很快(已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7).but,它是商业软件(国内康昱盛代理),收费.虽然有在线版本,但仅支持少量谱图检索,只能体验一下.大规模的蛋白组搜索必须使用它们的服务器.简…

目录 1.简介 2.下载安装 3.软件使用 4.结果 1.简介 官网:http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发,持续更新,免费开源 适用Windows/Linux 多线程,支持多种输入输出格式:输入谱图文件(mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2),输出.pep.xml/.pin.xml/.sqt/.out等文件 运行: comet.exe input.mzXML comet.exe input.mzML comet.exe input…

目录 1. 简介 2.下载安装 3. 软件试用 4. 结果 5. FAQ 1. 简介 X!Tandem是GPM:The Global Proteome Machine(主要基于Web的开源用户界面,用于分析和显示蛋白质鉴定数据.关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html)中的一个成员,此外还有X! P3 .X! Hunter等工具.顾名思义,X!表示X! series搜索引擎,Tandem表示串联质谱,所以X!Tandem用于串联质谱数据分析…

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信…

目录 1. 简介 2. 近几年发表的主要工具 1.DeepRT 2.Prosit 3. DIANN 4.DeepDIA 1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库(database search)的bottom-up策略研究.也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分,从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量.如果是DDA的数据,因为一张二级谱是一条肽段,直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可.但如果是DIA的数据,因为二级谱是混合谱,即来源于很多肽段,而且碎片离子还会受到未碎裂的母…

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…

题目:Cancer cell derived small extracellular vesicles contribute to recipient cell metastasis through promoting HGF/c-Met pathway 期刊:MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS 发表时间:June 13, 2019 DOI:10.1074/mcp.RA119.001502 分享人:廖文丽 内容与观点: 一.概述 本研究旨在揭示小细胞外囊泡蛋白(sEV…