转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html 短序列组装(Sequence assembly)几乎是近年来next-generation sequencing最热门的话题.简单来说,就是把基因组长长的序列打断(shotgun sequencing),因为我们不知道基因组整条序列是如何排列(成一条链,最后成为一条染色体)组合(如何区分不同染色体)的,而我们又无法实现一次 把整条长序列完整测序(现在有单子测序可能是一个新的sunlig…

组装技术的新进展 1.测序和组装 很难想象今天距离提出测序和组装已经有40年啦.我们回头来看一下这个问题. “With modern fast sequencing techniques and suitable computer programs it is now possible... 1.测序和组装 很难想象今天距离提出测序和组装已经有40年啦.我们回头来看一下这个问题. “With modern fast sequencing techniques and suitable compu…

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(非循环子图) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 这个算法理解细节理解比较困难,建议看孙啸的生物信息学相关章节. 2. 算法要求所有序列覆盖整个目标DNA,并保证相邻片段有足够的覆盖连接(引自孙啸 生物信息学). 3. 最后推导出符合条件的序列构成的有向图没有回路,并有哈密顿路径. 4. 利用拓扑排序,得到顶点的有序排列. 5. 组装. 贴上Python代码,发现问题我会及时更正. 转载请保留出处! 简单DNA序列组装(非循环子图) # -*-…

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边: 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边: 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边: 4. 重复上述步骤,得到所有符合条件的边: 5. 拼接得到的边: 6. 加入孤立点(如果有). 附上Python代码,如果有问题我会及时更正(确实不太熟算法) DNA序列组装(贪婪算法) 转载请保留出处! # -*- coding: utf-8 -*- """ Crea…

1345: [Baltic2007]序列问题Sequence Time Limit: 5 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 556  Solved: 274[Submit][Status] Description 对于一个给定的序列a1, …, an,我们对它进行一个操作reduce(i),该操作将数列中的元素ai和ai+1用一个元素max(ai,ai+1)替代,这样得到一个比原来序列短的新序列.这一操作的代价是max(ai,ai+1).进行n-1次该操作后,可以…

bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:bowtie:短序列比对的新工具(转)作者:玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具.它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度. Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等.它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去.它最长能读取1024个碱基的片段.换言之,bowtie非常适合下一代测序技术. 在…

BZOJ1345 Baltic2007 序列问题Sequence Description 对于一个给定的序列a1,…,an,我们对它进行一个操作reduce(i),该操作将数列中的元素ai和ai+1用一个元素max(ai,ai+1)替代,这样得到一个比原来序列短的新序列.这一操作的代价是max(ai,ai+1).进行n-1次该操作后,可以得到一个长度为1的序列.我们的任务是计算代价最小的reduce操作步骤,将给定的序列变成长度为1的序列. Input 第一行为一个整数n( 1 <= n <=…

[BZOJ1345][Baltic2007]序列问题Sequence Description 对于一个给定的序列a1, …, an,我们对它进行一个操作reduce(i),该操作将数列中的元素ai和ai+1用一个元素max(ai,ai+1)替代,这样得到一个比原来序列短的新序列.这一操作的代价是max(ai,ai+1).进行n-1次该操作后,可以得到一个长度为1的序列.我们的任务是计算代价最小的reduce操作步骤,将给定的序列变成长度为1的序列. Input 第一行为一个整数n( 1 <= n…

1345: [Baltic2007]序列问题Sequence Time Limit: 5 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 1180  Solved: 633[Submit][Status][Discuss] Description 对于一个给定的序列a1,…,an,我们对它进行一个操作reduce(i),该操作将数列中的元素ai和ai+1用一个元素max (ai,ai+1)替代,这样得到一个比原来序列短的新序列.这一操作的代价是max(ai,ai+1).进行n-…

最近公司使用到了PostgreSql,哈哈,这个SQL之前基本上没有用过,既然公司使用到了,那就学习一下吧,记一篇小笔记: 什么是PostgreSql:https://www.postgresql.org/about/ 有关PostgreSql序列使用:https://www.cnblogs.com/alianbog/p/5654604.html 按照以往Oracle建表的流程,我们来新建表,并且向表中导入数据. 1.创建Book表 CREATE TABLE book( id INTEGER P…