1.下载解压 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd standard-RAxML-master 2.安装 在 Linux 按 CPU 的计算速度,有 3 种版本: 标准版, SSE3 和 AVX 版本. 按并行化方式有 4 种版本: Sequential, Pt…

1.下载 https://github.com/stamatak/standard-RAxML 2.How many Threads shall I use? 重要的是要知道,RAxML PThreads版本的并行效率取决于比对长度.通常,随着使用的内核/处理器数量的增加,您会希望并行程序变得更快.然而,通常情况下并非如此,因为使用的处理器越多,它们等待输入解析和彼此通信的时间就越多.在计算机科学中,这种现象被称为Amdahl法则(http://en.wikipedia.org/wiki/Amd…

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma…

[环境变量]注释掉conda3,source ~/.bashrc conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作. # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一个环境空间,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了.…