之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量,需要对接头进行截断处理,并过滤过短的reads,用python写了一个简短的程序,指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到,并且长度小于50bp的reads过滤,在以下程序基础上添加传入参数,可以适用比较多的情况(单端.双端.含有single等): import sys import re from…

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台…

import java.util.*; /* 去除ArrayList集合中的重复元素. */ class ArrayListTest { public static void sop(Object obj) { System.out.println(obj); } public static void main(String[] args) { ArrayList al = new ArrayList(); al.add("java01"); al.add("java02&q…

1. 去除ArrayList集合中的重复字符串元素(字符串内容相同) 分析: (1)创建集合对象 (2)添加多个字符串元素(包含重复的) (3)创建新的集合 (4)遍历旧集合,获取得到每一个元素 (5)拿着个元素到新集合中去找,看有没有   有:不搭理它 没有:添加到新集合      (6)遍历新集合 2. 案例代码: package cn.itcast_04; import java.util.ArrayList; import java.util.Iterator; /* * ArrayLi…

方法一 循环元素删除 [c-sharp] view plaincopy public static void removeDuplicate(List list) { for ( int i = 0 ; i < list.size() - 1 ; i ++ ) { for ( int j = list.size() - 1 ; j > i; j -- ) { if (list.get(j).equals(list.get(i))) { list.remove(j); } } } System.…

// One practice package Collection; import java.util.ArrayList; import java.util.Iterator; // 去除 ArrayList 集合中的重复元素 public class ArrayListTest { public static void sop(Object obj) { System.out.println(obj); } public static void main(String[] args) {…

一.如何去除vue项目中访问地址的# vue2中在路由配置中添加mode(vue-cli创建的项目在src/router/index.js) export default new Router({ mode: 'history', routes: [ { path: '/', name: 'menu', component: menu, children: [ { path: 'organization', component: organization, children: [ { path:…

package cn.it.text; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; import java.util.Scanner; /* * 3.键盘输入10个数,放到数组中 (1)去除该数组中大于10的数 (2)将该数组中的数字写入到本地文件number.txt中 */ public class Test3 { public static int[] arr = new int[10]; public static void…

var str = '<!-- 注释1 --><h1 style="color:#00ff00;text-align: center;">ProsperLee<!-- 注释 --></h1>'; document.write(str.replace(/<!--[\w\W\r\n]*?-->/gmi, '')); // 去除HTML中的注释 document.write(str.replace(/<[^>]+>…