1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) are calculated odb10v0_species.tab.gz: Ortho DB individual organism (aka species) ids based on NCBI taxonomy ids (mostly species level) odb10v0_level2…

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越…