#!/bin/bash usage() { echo;echo "Usage: ./`basename $0` [gi number list] [number of cpu]";echo } [ $# -eq 0 ] && usage && exit 0 mkdir tmp gi=$(readlink -f $1) for i in $(cat $gi) do echo "curl \"http://eutils.ncbi.nlm.…

ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /path/to/database .…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS,所以这里只贴出linux下的操作: 1. 进入linux服务器,下载aspera. 输入:wgethttp://downlo…

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t…

进入NCBI网站 在SNP的搜索框中输入SNP位点,比如“rs52811957” 在弹出的对话框中选择“Gene View” 进入以后会显示该变异相邻SNP.原始氨基酸.变异后的氨基酸.position等…

只要有ENA千万别用NCBI!!!! 最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的GWAS数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SRA的数据,我以为会很简单,事实证明是我简单了. 首先我们下了这样的一串数据,*.sra格式: -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206512.sra -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206514.sra -rwxr…

先下载 assembly summary files The assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site. Four master files reporting data for either GenBank or RefSeq genome assemblies are available under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.g…

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21…

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q…