文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南.这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分.这是这篇文章的通讯作者,…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

有了Mac机,还是需在Mac上用Windows怎么办?, VMware Fusion 是运行在Mac机上的虚拟机软件, 类似于VMware workstation. 这样就可以在Mac上运行Windows 系统, 实现了Windows 和 Mac OS X平台的完美结合. 用Mac机的人,肯定会希望Mac机上也运行Windows系统. 因为很多软件只有Windows上有,而Mac没有. 特别是在国内,大家都习惯了Windows.大部分的网银, 游戏只有Windows上有, 有了Fusion, 用…

    Kinect for Windows SDK1.7中引入了Kinect Fusion功能.在1.8的SDK中对该功能进行了改进和强化,Kinect Fusion能够使得我们使用Kinect for Windows 传感器来进行真实场景的三维几何重建,目前已支持导出.obj及.stl等三维数据格式.Kinect Fusion技术在支持GPU加速的机器上能够对物体进行实时的三维建模.和传统的三维建模方式相比,Kinect Fusion最大的优势是快速便捷.     Kinect Fusion…

今天在 vmware fusion 7 中,使用 windows 10 时,突然报出一个错误(忘记截图了),当时就要求强制重启系统,也没怎么在意,但是重启之后,发现 windows 10 居然不能联网了,网络状态显示为:unidentified network. 解决过程就不详细描述了,尝试成功的解决方案: Open a command prompt with elevated privileges. For more information see Microsoft article Comm…

1. 安装vmware fusion http://www.vmware.com/products/fusion 下载以后,可以在网上找注册码,最好下载最新的,这里下载的是7的版本 2. 下载ubuntu http://www.ubuntu.com/download/desktop 我们下载的是ubuntu 14.04 LTS 3. 升级apt-get sudo apt -get update sudo apt -get upgrade 4. 安装 a.安装nginx      sudo apt…

默认情况下,vmware fusion中的虚拟机,网卡设置成dhcp(动态分配 )时,会分配一个IP地址,但这个IP通常很难记,如果我们想为某台虚拟机挑一个好记的IP地址,可以按如下步骤操作: 命令行下,输入 sudo vi /Library/Preferences/VMware\ Fusion/vmnet8/dhcpd.conf 该文件记录了动态分配的IP地址段,以及某个mac地址绑定的IP,参考下面的内容修改: ----------------------------------------…

今天想在mac本上,弄几个centos的虚拟机,尝试搭建hadoop的全分布环境.一台台虚拟机安装过去太麻烦了,想直接将现有的centos虚拟机复制几份完事,但是复制出来的虚拟机无法上网,折腾了一翻,最终完满解决,记录于此. 环境:mac OSX(10.10.2) + vmware fusion(7.0.0) 步骤一:先复制虚拟机文件 先在Virtual Machine Library窗口中,选中要复制的虚拟机,右键-> Show in Finder 进入虚拟机文件所在在目录,然后复制一份文件即…