from: https://secure.clcbio.com/helpspot/index.php?pg=kb.page&id=113 Can I run a local BLAST search again multiple blast databases simultaneously? (blast, blastn, blastp, blastx, serveral databases)By default, you will be offered single BLAST databas…
链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+): 1.  下载软件BLAST: 在以下网址  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载:   ncbi-blast-2.2.29+-x6…
进入php源码包目录:cd /usr/local/php-5.6.25/ext/openssl 执行命令:  cp ./config0.m4 ./config.m4 即可…
参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…
Ubuntu安装BLAST 2014-02-09 10:45:03|  分类: Linux/Ubuntu|举报|字号 订阅     下载LOFTER我的照片书  |     very easy! sudo apt-get install blast2 将自动安装以下程序: bl2seq blast2 blastall blastall_old blastcl3 blastclust blastpgp 具体程序参数请在终端输入程序名查看 转自:http://azaleasays.com/2008/…
我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用…
Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…
最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht…
下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h…
NAS with RL 2017-ICLR-Neural Architecture Search with Reinforcement Learning Google Brain Quoc V . Le etc GitHub: stars Citation:1499 Abstract we use a recurrent network to generate the model descriptions of neural networks and train this RNN with re…
Operators: space AND | OR ! NOT < > Grouping " " Search for an exact phrase. Wildcards: * Matches zero or more characters. ? Matches one character. *.* Same as * Macros: quot: Literal double quote (") apos: Literal apostrophe (') amp:…
I am using `&`: why isn't the process running in the background?     No problem. We won't show you that ad again. Why didn't you like it? Uninteresting Misleading Offensive Repetitive Other Oops! I didn't mean to do this.          up vote9down votefa…
http://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/15989.sharepoint-2013-search-architecture-in-spc202.aspx   Presentation broken down into 4 parts: Feeding Chain(crawler and content processing) Index core(index components) Query Chain Analyt…
If your unit test has no dependencies or only has simple dependencies on Android, you should run your test on a local development machine. This testing approach is efficient because it helps you avoid the overhead of loading the target app and unit t…
Comparing randomized search and grid search for hyperparameter estimation Compare randomized search and grid search for optimizing hyperparameters of a random forest. All parameters that influence the learning are searched simultaneously (except for…
在对nutch源代码运行ant runtime后,会创建一个runtime的目录,在runtime目录下有deploy和local 2个目录. [jediael@jediael runtime]$ ls deploy  local 这2个目录分别代表nutch的2种运行方式:部署模式及本地模式. 1.nutch.sh中关于2种运行方式的执行 if $local; then # fix for the external Xerces lib issue with SAXParserFactory…
Many times in the past I had to run an interactive command-line shell under the Local SYSTEM account. That is, a CMD window on your desktop running under the system account. This technique is extremely useful in many cases, for example to debug ERROR…
1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…
在对nutch源码执行ant runtime后,会创建一个runtime的文件夹.在runtime文件夹下有deploy和local 2个文件夹. [jediael@jediael runtime]$ ls deploy  local 这2个文件夹分别代表nutch的2种执行方式:部署模式及本地模式. 1.nutch.sh中关于2种执行方式的执行 if $local; then # fix for the external Xerces lib issue with SAXParserFacto…
目录 1.flask请求与响应 2.闪现 3.请求扩展 4.中间件 5.LOCAL对象 6.偏函数 templates 1.flask请求与响应 from flask import Flask,request,make_response,render_template app = Flask(__name__) @app.route('/login.html', methods=['GET', "POST"]) def login(): # 请求相关信息 # request.metho…
from threading import Thread from werkzeug.local import Local local = Local()#实例化一个线程隔离对象 request = ' class MyThread(Thread): def run(self): global request request = 'abc' print('子线程',request) mythread = MyThread() mythread.start() mythread.join() pr…
之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…
1)blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大.当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际.因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间.与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度. 2)blast的大致原理 blast 程序首先查询query序列的所有子…
转载:http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签: NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计.   ncbi blast比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计. 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的…
简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.…
The dual Dijkstra search for planning multiple paths is performed by: (1) calculating a first shortest cost from start to all nodes by utilizing an algorithm known as the Dijkstra algorithm; (2) calculating a second shortest cost from goal to all nod…
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa…
一.HTML4客户端存储 B/S架构的应用大量的信息存储在服务器端,客户端通过请求响应的方式从服务器获得数据,这样集中存储也会给服务器带来相应的压力,有些数据可以直接存储在客户端,传统的Web技术中会使用Cookie,但Cookie有一些缺点,为了说明这个缺点我们先看看当提交表单时会有那些信息会被浏览器收集后发送到服务器. 1.1.提交表单发送到服务器的信息 1).带name的可用表单元素 2).url 3).客户端请求头部信息 4).cookie <%@ page language="j…