pyvcf 中带的一个工具 比其他工具用着好些 其他filter我很信不过~~  自己写的功能又很有限 所以转投vcf_filter.py啦 Filtering a VCF file based on some properties of interest is a common enough operation that PyVCF offers an extensible script. vcf_filter.pydoes the work of reading input, updatin…

不定期更新.......... 1,fetch_seq.py https://github.com/freemao/AHRD/blob/master/fetch_seq.py 提取出你想要得染色体的某个部位的碱基.1-based python fetch_seq.py -h 查看帮助 2,split_fa.py https://github.com/freemao/AHRD/blob/master/split_fa.py 将一个大的fasta文件分割成小的. python split_fa.py…

vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti…

1.python调用py,在py中的os.getcwd()获取的不是py的路径,可以通过os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]来获取py的路径. 2.当py中有调用类似rar这种命令时,会出现路径问题.这个时候在py同目录下建bat批处理,然后由python调用这个bat.bat格式如下 D:CD D:\XXXcall python xxx.py…

import sys sys.path.append("路径") import .py文件…

cp renumber.py /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pymol import renumber or run /path/to/renumber.py…

#!/usr/bin/env python # coding=utf-8 import threading import requests import Queue import sys import re import time import warnings import datetime import argparse __author__ = 'depycode' warnings.filterwarnings("ignore") #ip to num def ip2num(i…

情况说明 odoo源文件路径-/odoo-dev/odoo/: 我的模块插件路径 ~/odoo-dev/local-addons/my-module 在my-module中创建了__init__.py 在 -/odoo-dev目录下执行命令: odoo/odoo.py --addons-path=odoo/addons/,local-addons/ 出现错误 : odoo.py: error: option --addons-path: The addons-path 'local-addons…

caffe机器学习环境搭建及python接口编译参见我的上一篇博客:机器学习caffe环境搭建--redhat7.1和caffe的python接口编译 1.运行caffe图片分类器python接口 还是假设caffe的源码下载的路径为:/code,那么有这么个文件/code/caffe/python/classify.py,它是caffe团队提供的一个python实现的图片分类器的接口.运行该接口有两个必须参数,一个是你要操作的图片,另一个就是保存运行结果的文件.但是该接口需要简单修改才能运行,…

libsvm中有进行参数调优的工具grid.py和easy.py可以使用,这些工具可以帮助我们选择更好的参数,减少自己参数选优带来的烦扰. 所需工具:libsvm.gnuplot 本机环境:Windows7(64 bit) ,Python3.5 1.相关程序的下载和安装: 1.1.下载libsvm,我用的是libsvm-3.18.zip,下载后直接解压到任意位置,我解压到C:\libsvm-3.18下. 1.2.下载python,我下的是python-3.5.msi,双击该文件安装到默认位置,我…