TCGA 的数据可以在5个组织机构获取,它们都提供了类似的接口来供用户下载数据. cgdsR 包是cBioPortal 提供的R包 http://www.cbioportal.org/rmatlab cgds -- Cancer genomic Data Service 安装 cgdsR >install.packages("cgdsR", repos="http://cran.us.r-project.org") 使用 cgdsR library("…

听说过别人用生信分析"空手套白狼"的故事吧想做吗好想学哦~ 或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧!那么你知道怎么在数据库上找到意向数据,并且成功下载呢?这第一步要难倒一大票人. TCGA,The Cancer Genome Atlas 首先使用谷歌(海外)或必应(境内)搜索TCGA大家都知道,看到以下界面点进去 image.png 点进去后发现一堆官网介绍,简单查看每个小标签后并未找到数据下载的地方.当然啦,作为这么大一个项目,不可能仅用于数据下载,相应的首页应该会大量关于该…

由于经常需要涉及到TCGA数据的分析,我简单的整理了一下数据批量下载的文件后缀. cancer_name <- "SKCM" output_path <- paste0("/home/wang/Documents/课题/data/zip/", cancer_name) system(paste0("mkdir ", output_path)) axel_string <- paste0("axel -n 30 -o &…

网络下载拉取数据中,json数据是一种格式化的xml数据,非常轻量方便,效率高,体验好等优点,下面就android中如何从给定的url下载json数据给予解析: 主要使用http请求方法,并用到HttpGet和HttpResponse等对象来获取数据.直接上实例代码吧:. (1)从网络URL上读取json字符串的实现 public String readJSONFeed(String url){ StringBuilder stringBuilder = new StringBuilder();…

转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多boxplot参数 - 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据 - 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析 - 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析 - 用突变数据做生存分析 - 多个基因在多…

最近用Ubunt也遇到这个问题,搜到这个答案 参考原文链接: http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?t=387865 2.移除“下载额外数据不成功”的恼人提示通知,方法:$cd /usr/share/package-data-downloads/$sudo rm * -rf$cd /var/lib/update-notifier/package-data-downloads/$sudo rm * -rf$cd /var/lib/update-notif…

redhat RHEL 5.5 下载地址 RHEL 5 update 5 已经release许久了, redhat RHEL 5.5 下载地址: RHEL 5 安装 序列号 rhel-server-5.5-i386-dvd.iso 01-Apr-2010 17:55 3111600128 rhel-server-5.5-x86_64-dvd.iso 01-Apr-2010 17:50 3703490560 rhel-server-supplementary-5.5-i386-disc1.    …

参考自经过几天的摸索,终于得出安装flashplugin-installer的方法 移除"下载额外数据不成功"的恼人提示通知,方法: $cd /usr/share/package-data-downloads/ $sudo rm * -rf $cd /var/lib/update-notifier/package-data-downloads/ $sudo rm * -rf $cd /var/lib/update-notifier/user.d/ $sudo rm data-downl…

同事用java开发了一个系统,其中有一个功能是下载大约10万笔数据到Excel中.当上线后,很多用户反映下载数据量大的时候就不能成功,但有时可以,所以结论就是系统不稳定,这个问题拖了很久没有解决. 在与这个系统的开发人员看了下代码后,知道下载excel用的是apache中的POI组件.原来的代码逻辑是将要下载的数据整个从数据库捞出来,然后循环一笔笔地调用POI的API生成cell, row,全部完成了,再输出到客户端的流中.监控发现,一旦下载时,java虚机所占用的内存直线上升,且很久都不会降下…

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t…