ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA…

参考: 分子生物学教材 再一次,翻看真核生物基因结构! mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构 其实这个结构不完整,完整的如下: 主要注意UTR这个结构 真核生物的基因结构包括编码区和非编码区. 编码区 编码区其实是断裂基因结构,也就是不连续基因.具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子,外显子之间的非编码序列为内含子. 每个外显子和内含子接头区都有一段高度保守的一致序列,即内含子5'末端大多数是 G…

目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越…

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation cons…

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法…

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec…

核心数据服务 (CDS) 公司希望使用 SAPS/4HANA 核心数据服务 (CDS) 视图技术.需要学习 CDS 视 图的概念和结构以及语法 . ● 核心数据服务是用于业务实体的 SAP 战略建模方法. ● SAP HANA 视图通过脚本式 ABAP 代码创建. ● CDS 对于更多用例(例如,搜索)而言是高度灵活的 . ● CDS 是脚本式的(含有扩展的 SQL). ● CDS 与 ABAP 完全集成:生命周期.权限管理等. ABAP中的 CDS 支持代码下推到数据库层,通过ABAP 中的…

这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并…

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录的调控 原核生物的转录调控 一.转录调控原理 1.基因表达由调控蛋白控制 激活因子 activator 抑制因子 repressor 它们通常都是DNA结合蛋白 2.大多数的激活因子和抑制因子在转录起…

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…

Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu…

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl…

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的…

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2…

    转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合.转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究.临床诊断和药物研发等领域.基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同 时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及 cSNP(编码序列单核苷 酸多态性),提供最全面的转录组信息.相对于传统的芯片…

homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对.本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利. 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题. gmap_build -D ./ -d reference reference.fa gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3 第一步建立索引都没问题.但比对时,没报错,出现如下: Pre-loading ref posi…

值得推荐的C/C++框架和库 [本文系外部转贴,原文地址:http://coolshell.info/c/c++/2014/12/13/c-open-project.htm]留作存档 下次造轮子前先看看现有的轮子吧 值得学习的C语言开源项目 - 1. Webbench Webbench是一个在linux下使用的非常简单的网站压测工具.它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL,测试网站在压力下工作的性能,最多可以模拟3万个并发连接去测试网站的负载能力.Webbench使用C语言编写…

from: https://github.com/jobbole/awesome-cpp-cn C++ 资源大全中文版 我想很多程序员应该记得 GitHub 上有一个 Awesome – XXX 系列的资源整理.awesome-cpp 就是 fffaraz 发起维护的 C++ 资源列表,内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. Awesome 系列虽然挺全,但基本只对收录的资源做了极为简要的介绍,如果有更详细的中文介绍,对相应开发者的帮助会更大.…

C/C++框架和库 装载自:http://blog.csdn.net/xiaoxiaoyeyaya/article/details/42541419 值得学习的C语言开源项目 Webbench Webbench是一个在linux下使用的非常简单的网站压测工具.它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL,测试网站在压力下工作的性能,最多可以模拟3万个并发连接去测试网站的负载能力.Webbench使用C语言编写, 代码实在太简洁,源码加起来不到600行. 下载链接:http://hom…

http://www.uml.org.cn/c++/201411145.asp http://ezlippi.com/blog/2014/12/c-open-project.html <C++ 并发编程指南> 关于 C++ 框架.库和资源的一些汇总列表,由 fffaraz发起和维护. 内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++ Standard Library:是一系列类和函数的集合,使用核心语言编写,也是C++ISO自身标准的一…

转载自   http://www.codeceo.com/article/cpp-resource-framework.html#0-tsina-1-99850-397232819ff9a47a7b7e80a40613cfe1 之前我们分享过一篇最值得关注的10个C开源项目,这次要分享一些关于 C++ 框架.库和资源的一些汇总列表,内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++标准库,包括了STL容器,算法和函数等. C++ Stand…

值得学习的C语言开源项目 - 1. Webbench Webbench是一个在linux下使用的非常简单的网站压测工具.它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL,测试网站在压力下工作的性能,最多可以模拟3万个并发连接去测试网站的负载能力.Webbench使用C语言编写, 代码实在太简洁,源码加起来不到600行. 下载链接:http://home.tiscali.cz/~cz210552/webbench.html - 2. Tinyhttpd tinyhttpd是一个超轻量型Ht…

程序员要站在巨人的肩膀上,C++拥有丰富的开源库,这里包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++ Standard Library:是一系列类和函数的集合,使用核心语言编写,也是C++ISO自身标准的一部分. Standard Template Library:标准模板库 C POSIX library : POSIX系统的C标准库规范 ISO C++ Standards Committee :C++标准委员会 框架 C++通用框架和库…

值得学习的C语言开源项目   - 1. Webbench Webbench是一个在linux下使用的非常简单的网站压测工具.它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL,测试网站在压力下工作的性能,最多可以模拟3万个并发连接去测试网站的负载能力.Webbench使用C语言编写, 代码实在太简洁,源码加起来不到600行. 下载链接:http://home.tiscali.cz/~cz210552/webbench.html - 2. Tinyhttpd tinyhttpd是一个超轻量型…

http://blog.jobbole.com/78901/ 关于 C++ 框架.库和资源的一些汇总列表,由 fffaraz 发起和维护. 内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++标准库,包括了STL容器,算法和函数等. C++ Standard Library:是一系列类和函数的集合,使用核心语言编写,也是C++ISO自身标准的一部分. Standard Template Library:标准模板库 C POSIX librar…

原文:http://www.csdn.net/article/2014-10-24/2822269-c 关于 C++ 框架.库和资源的一些汇总列表,由 fffaraz发起和维护. 内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++ Standard Library:是一系列类和函数的集合,使用核心语言编写,也是C++ISO自身标准的一部分. Standard Template Library:标准模板库 C POSIX library :…

关于 C++ 框架.库和资源的一些汇总列表,由 fffaraz 发起和维护. 内容包括:标准库.Web应用框架.人工智能.数据库.图片处理.机器学习.日志.代码分析等. 标准库 C++标准库,包括了STL容器,算法和函数等. C++ Standard Library:是一系列类和函数的集合,使用核心语言编写,也是C++ISO自身标准的一部分. Standard Template Library:标准模板库 C POSIX library : POSIX系统的C标准库规范 ISO C++ Stan…

目录(?)[+] 值得学习的C语言开源项目 - 1 Webbench - 2 Tinyhttpd - 3 cJSON - 4 CMockery - 5 Libev - 6 Memcached - 7 Lua - 8 SQLite - 9 UNIX v6 - 10 NETBSD C 资源大全 标准库 框架 人工智能 异步事件循环 音频 生态学 压缩 并发性 容器 密码学 数据库 调试 游戏引擎 图形用户界面 图形 图像处理 国际化 Jason 日志 机器学习 数学 多媒体 网络 物理学 机器人学…