序列比对和构建进化树（clustalw和phylip）

【序列比对和构建进化树（clustalw和phylip）】的更多相关文章

序列比对和构建进化树（clustalw和phylip）

安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2 进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx…

根据VCF构建进化树

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou…

QIIME1 聚OTU

qiime 本身不提供聚类的算法,它只是对其他聚otu软件的封装根据聚类软件的算法,分成了3个方向: de novo: pick_de_novo_otus.py closed-reference: pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU: pick_open_reference_otus.py 不同算法的优缺点: de novo: pick_de_novo_otus.py 优…

15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释（转载）

本文作者:余光创,目前就读于香港大学公共卫生系,开发过多个R/Bioconductor包,包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree,GOSemSim和ReactomePA. 进化树看起来和层次聚类很像.有必要解释一下两者的一些区别. 层次聚类的侧重点在于分类,把距离近的聚在一起.而进化树的构建虽然也可以说是一个聚类过程,但侧重点在于推测进化关系和进化距离(evolutionary distance). 层次聚类的输入是距离,比如euclidean或ma…

扩增子分析解读6进化树 Alpha Beta多样性

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息. 接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值. 16. 进化树构建进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal…

深入了解Ant构建工具命令

深入了解Ant构建工具标签: ant工具任务jarjavaclass 2010-05-29 21:16 1346人阅读评论(2) 收藏举报版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 深入了解Ant构建工具当一个项目很大的时候,每次都要重新编译,打包,测试变得非常复杂而且重复,Ant本身就是这样一个流程脚本引擎,用于自动化调用程序完成项目的编译,打包,测试.除了基于Java平台无关外,脚本格式是基于XML. Ant构建文件当开始一个新的项目时,首先应该编写Ant构建文件.构建…

Ant构建原理及build.xml文档描述

最近在改写jmeter,用到ant构建,记录一下. Ant的概念Make命令是一个项目管理工具,而Ant所实现功能与此类似.像make,gnumake和nmake这些编译工具都有一定的缺陷,但是Ant却克服了这些工具的缺陷.最初Ant开发者在开发跨平台的应用时,用样也是基于这些缺陷对Ant做了更好的设计. Ant 与 makefileMakefile有一些不足之处,比如很多人都会碰到的烦人的Tab问题.最初的Ant开发者多次强调”只是我在Tab前面加了一个空格,所以我的命令就不能执行”.有一些工…