️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站.通过它,能找到了几乎所有的注释资源.如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建. 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub() 2. 搜索自己所需数据库并下载 res <- query(ah,"Spinacia oleracea") spinach_org <…

AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息. 1,安装这个包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("AnnotationHub"), 2,载入这个包: library(AnnotationHub) (如有提示说需要载入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就载入它们) library(BiocGenerics)…

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel…

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包…