https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html Linux 的R环境,可以通过anaconda jupyter notbook很容易的配置,见我之前的博客  https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11276755.html 安装R包 Linux下安装R包一般有2种方式: 1. R CMD INSTALL 下载源码 R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz 也可指定安装库路径: R CMD…

转自 http://bnuzhutao.cn/archives/901 一般 R 语言的书籍上,介绍安装 R 包的方法都是这样的: install.packages("packagename"); 一般而言这不会成功,因为它默认会安装到系统目录下面,而普通用户在这个目录里并没有写入的权限. 因此,需要在 install.packages 这个函数里面指定安装的路径,例如想安装到 /home/myname/R 这个目录,就这么写: install.packages("packa…

MacOS 上安装 R 包 install.packages("data.table") 后面提示是否安装需要编译的版本: Do you want to install from sources the package which needs compilation?y/n 选择了 y 之后,报错 clang: error: unsupported option '-fopenmp' 网上找到的解决方法是: 安装 clang-omp brew install clang-omp 但是提…

1.综述 越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建,其中一部分原因是devtools包使得开发R包1变得更加简单.devtools包不仅让开发R包变得简单,而且用于分发R包. 当开发者发布一个R包的时候,CRAN2一般是最常用的.使用install.packages()函数可以安装发布在CRAN上的R包.例如,如下方法可以安装dplyr包: install.packages('dplyr') devtools包的install_github()函数用于从Github上安装R包. library(…

安装R包("RcppArmadillo")失败,导致依赖该包的DESeq2 无法使用: 首先对gcc,g++升级至4.7, 但依然报错,还是安装不了RcppArmadillo: 报错如下: $ R > source("https://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("DESeq2") BioC_mirror: https://bioconductor.org Using Biocond…

R version: 3.5.3, 3.6.3 更新日期: 2020-9-10 大家测试后多提建议哈, 有问题我会持续更新的 在工作中,我们使用的服务器通常是不能联外网的,这在安装R包的时候产生了巨大的不便.网上有很多帖子使用tools::package_dependencies这个工具下载依赖,但是这个工具是有坑的,相信尝试过的同学依然会发现有些依赖包在下载时被漏掉了,查了很多帖子,这个问题一直没有很好的解决. 今天,我就来解决这个问题,一来,方便自己,二来,服务他人. 我们就用R自己来解决自…

前言: 我们知道,在Linux系统上有两种主要的软件包格式,分别是RPM和deb. RPM是"RPM Package Manager(RPM软件包管理器)"的递归缩写.RPM是一种用于软件打包.安装.卸载和升级的管理工具,其生成的文件扩展名为".rpm". RedHat Linux.OpenLinux和Turbo Linux等Linux发行版中都使用了RPM. deb是基于Debian的操作系统(如Debian.Ubuntu和Kali)中软件包格式的扩展名(.deb…

R在Linux上的安装有一些坑(Windows上安装会方便许多),在这里记录,希望可以减少读者不必要的麻烦.我的服务器是SUSE Linux 64位,无法接入互联网(安全原因,你懂的). 到R官网http://www.r-project.org/下载源代码.下载完后上传到服务器上并解压.首先配置,cd到解压后的目录输入如下命令 ./configure --prefix=<YOUR_R_HOME> --with-readline=yes --with-libpng=yes --with-x=no…

一.安装pear包. 1.安装: $ sudo wget http://pear.php.net/go-pear.phar $ sudo php go-pear.har 2.查看pear下安装的包: $ pear list 3.查看pear包的安装路径 Linux下: php-c/etc/php5/apachr2/php.ini-r‘echoget_include_path();’可以显示安装的包所在的目录.默认安装路径在/usr/share/php/pear/下面 4.使用pear包 在要使用…

最近安装github上的R包,经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误.起初以为是网络的问题,换了网不行,登梯子不行,关闭重启也不行. 在网上查了下,说是R默认是通过IE浏览器来下载包的,所以需要设置IE的安全选项. but,我已经很多年没用过IE了(但很多政府官方网站的操作都是默认IE,而且是要…