生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物…

scRNA-seq做完该做的QC.normalization.imputation.clustering.trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了. 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很好的实验验证设计. 预测的工具不要太多: MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon? 这是一个高通量测序后发明的词,其实就是被同一个调控元件…

AFNetworking 是基于NSURLConnection, NSOperation开发的一款三方框架,主要用于处理一些关于网络请求上的业务,下文会简单介绍框架中经常使用的功能,如文件的上传,下载,解析. 一.GET&POST 请求 1 .首先最重要的当然是导入头文件 #import "AFNetworking.h" 2. 创建会话管理者(创建的管理者对象并不是单例) AFHTTPSessionManager *manager = [AFHTTPSessionManager…

一.思路 语义分割既需要丰富的空间信息,又需要较大的感受野.然而,现代方法通常会牺牲空间分辨率来实现实时推理速度,导致性能低下.本文提出了一种新的双边分割网络(BiSeNet)来解决这一难题.我们首先设计一个空间路径以较小的步幅保存空间信息并生成高分辨率特征.同时,采用快速下采样策略的上下文路径获取足够的接受域.在此基础上,提出了一种新的特征融合模块,实现了特征的有效融合. 二.语义分割研究现状 实时语义分割的算法表明,模型的加速方法主要有三种.1)尝试通过裁剪或调整大小来限制输入大小,降低计算…

Linux基础--常用命令 1.安装Vmware 进入VMware官网:  https://www.vmware.com/cn.html下载安装 镜像推荐网址下载:https://www.linux.org/ 注意: 安装VmWare注意事项 1.是否启动虚拟化服务 2.安装之后是否出现虚拟网卡 虚拟化服务禁用如何开启 1.win10系统->更新和安全->恢复->高级启动->疑难解答->高级选项->UEFI 固件启动->(有的电脑直接进入BOIS命令,有的电脑需要…

---恢复内容开始--- c++ primer plus 第6版 部分二    5-  章 第五章 计算机除了存储外 还可以对数据进行分析.合并.重组.抽取.修改.推断.合成.以及其他操作 1.for循环的组成部分 a 设置初始值 b 执行测试,看循环时候应当继续进行 c 执行循环操作 d 更新用于测试的值 只要测试表达式为true    循环体就会执行 for (initialization; test-expression; update-expression) body test-expr…

RNA降解是影响芯片质量的一个很重要的因素,因为RNA是从5’开始降解的,所以理论5’的荧光强度要低于3’.RNA降解曲线可以表现这种趋势. 以样品GSM286756.CEL和GSM286757.CEL为例: library(affy) rawData<-ReadAffy("GSM286756.CEL","GSM286757.CEL") deg<-AffyRNAdeg(rawData) plotAffyRNAdeg(deg) 结果: RNA降解图是只用P…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al RNA剪接 真核生物成熟RNA的形成需要剪接 有些pre-mRNA存在不只一种剪接方式,成为可变剪接 一.RNA剪接的化学基础 1.决定剪接位点的特定序列 3'端是多聚嘧啶区 2.当内含子两边的外显子连接时,内含子是以套索(lariat)除去的 二.剪接体 1.RNA剪接是由一…

数据分析流程 来自知乎孟浩巍的“快速入门生物信息学的”Live,超棒的~ 1.数据质控 首先是质控部分,使用fastqc进行对结果分析. 对于Illumia二代测序的结果质控包括两个方面,去掉测序质量不好的序列,即Quality Control:二是需要去掉连在玻璃上的短的接头,cut adaptor. -t 8表示调用8个核心去运算. 之后,对每一个序列文件都生成一个zip和一个html文件. 例如: 那么这2500000肯定是不同的基因,只不过这个机器的测序长度是150,所以所有的基因长度都…

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组…