扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析. 接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的…

扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类 4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…

扩增子分析解读4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表

本节课程,需要先完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU. 接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表. 什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列…

扩增子分析解读6进化树 Alpha Beta多样性

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息. 接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值. 16. 进化树构建进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal…

扩增子分析QIIME2. 1简介和安装

原网站:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/75103929 声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权.由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助. https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 http…

扩增子图表解读1箱线图：Alpha多样性

箱线图箱形图(Box-plot)又称为盒须图.盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图.因形状如箱子而得名.在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体范围第二种情况,最大或最小值超过1.5倍箱体范围,外位延长线外,即异常值(outliers) Alpha多样性知识背景:Alpha多样性计算方法常见的丰度估计方法有Shannon, Chao1和Observed OTU和PD whole tree等.我…

扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果. 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现. 热图优点因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律. 热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的…

如何分析解读systemstat dump产生的trc文件

ORACLE数据库的systemstat dump生成trace文件虽然比较简单,但是怎么从trace文件中浩如烟海的信息中提炼有用信息,并作出分析诊断是一件技术活,下面收集.整理如何分析解读systemstat dump产生的trace文件. 如果要人工去解读systemstat dump生成的trace文件,真是一件体力活,因为这些trace文件动不动就几百M甚至更大,它产生的跟踪文件包含了系统中所有进程的进程状态等信息.每个进程对应跟踪文件中的一段内容,反映该进程的状态信息,包括进程信息,…

LIRe 源代码分析 5：提取特征向量[以颜色布局为例]

===================================================== LIRe源代码分析系列文章列表: LIRe 源代码分析 1:整体结构 LIRe 源代码分析 2:基本接口(DocumentBuilder) LIRe 源代码分析 3:基本接口(ImageSearcher) LIRe 源代码分析 4:建立索引(DocumentBuilder)[以颜色布局为例] LIRe 源代码分析 5:提取特征向量[以颜色布局为例] LIRe 源代码分析 6:检索(Imag…

pyhanlp 共性分析与短语提取内容详解

pyhanlp 共性分析与短语提取内容详解简介 HanLP中的词语提取是基于互信息与信息熵.想要计算互信息与信息熵有限要做的是文本分词进行共性分析.在作者的原文中,有几个问题,为了便于说明,这里首先给出短语提取的原理.在文末在给出pyhanlp的调用代码. 共性分析互信息mi,左熵lr,右熵re,详细解释见下文信息论中的互信息一般而言,信道中总是存在着噪声和干扰,信源发出消息x,通过信道后信宿只可能收到由于干扰作用引起的某种变形的y.信宿收到y后推测信源发出x的概率,这一过程可由后…

negroni-gzip源码简单分析解读

negroni-gzip源码简单分析解读这是一个为Negroni设计的gzip压缩处理中间件,需要用到已有的compress中的gzip,阅读了不长的源码之后,总结了一些关键要点和注意点. 检查是否有潜在的已经被预先解码的但却不可用的response.在主体部分被写之前,要先写头.注意:Discard 是一个 io.Writer,对它进行的任何 Write 调用都将无条件成功.ioutil.Discard不记录copy得到的数值. func (grw *gzipResponseWriter)…

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化.由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图.和上文讲的曼哈顿图类似. 火山图基本元素火山图也有很多种样式,在生物学高通量测序结果中,常见有的X和Y轴分别为aboundance 和 fold-change,或p-value和fold-change两种样式.如上图中为p-value versus fold-change的样式,,先此为例进行图中基本元素解读: - X轴:通常为两组基因表达或…

宏基因组扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

散点图数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA). Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异. 分析方法在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(…

扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate 准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下…

扩增子分析QIIME2-3数据导出Exporting data

# 激活工作环境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-exporting-tutorial cd qiime2-exporting-tutorial 导出Feature/OTU表 wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza qiime tools export \ feature…

扩增子图表解读6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示. 韦图绘制工具常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图” 韦恩图在扩增子中用途展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有…

扩增子图表解读4曼哈顿图：差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇. 曼哈顿图优点大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵. 数据坐标轴介绍以上…

hadoop入门之海量Web日志分析用Hadoop提取KPI统计指标

转载自:http://blog.fens.me/hadoop-mapreduce-log-kpi/ 今天学习了这一篇博客,写得十分好,照着这篇博客敲了一遍. 发现几个问题, 一是这篇博客中采用的hadoop版本过低,如果在hadoop2.x上面跑的话,可能会出现结果文件没有写入任何数据,为了解决这个问题,我试着去参照官网http://hadoop.apache.org/docs/stable/hadoop-mapreduce-client/hadoop-mapreduce-client-core…

基于GIS空间分析的多边形提取技术

现有基于矢量图形的骨架线提取方法主要包括数据预处理.基于约束 Delauny 三角剖分的骨架线结点生成和骨架线的连接 3 个过程,上述过程都可利用现有 GIS 系统的数据处理.空间分析和建模功能实现.ZTMap 系统不仅提供基础的数据处理.分析和制图功能,而且提供脚本编程批处理.空间分析和建模功能,这些优势都为降低开发成本和实现难度提供了充分的技术条件.本文从 GIS 空间分析的视角,提出一种基于 GIS空间分析的复杂多边形骨架线提取方法.采用 Python 面向对象编程语言结合 ZTMap 系…

[源码解析]HashMap和HashTable的区别(源码分析解读)

前言: 又是一个大好的周末, 可惜今天起来有点晚, 扒开HashMap和HashTable, 看看他们到底有什么区别吧. 先来一段比较拗口的定义: Hashtable 的实例有两个参数影响其性能:初始容量和加载因子.容量是哈希表中桶的数量,初始容量就是哈希表创建时的容量.注意,哈希表的状态为 open:在发生“哈希冲突”的情况下,单个桶会存储多个条目,这些条目必须按顺序搜索.加载因子是对哈希表在其容量自动增加之前可以达到多满的一个尺度.初始容量和加载因子这两个参数只是对该实现的提示.…

ruby 分析日志，提取特定记录

读取日志中的每一行,分析后存入hash,然后做累加 adx_openx=Hash.new(0) File.open('watch.log.2016-08-24-21').each do |line| line.split("\t").each do |elem| if elem.include? "keywordds" key = elem.split(":")[0] val = elem.split(":")[1] adx_…

AWR报告分析解读

http://blog.csdn.net/weiwangsisoftstone/article/details/7614430 1.AWR报告头信息 DB Name :数据库名字 DBid: 数据库id Elapsed:采样时间段 DB Time:用户操作花费的时间,不包括Oracle后台进程消耗的时间 DB Time远小于Elapsed Time说明数据库比较空闲 2.AWR负载概要信息 Per Second 和Per Transaction:这两部分是数据库资源负载的一个明细列表,分割成每秒…

扩增子分析QIIME2-2数据导入Importing data

# 激活工作环境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-importing-tutorial 导入带质量值的测序数据地球微生物组标准混样单端数据 “EMP protocol” multiplexed single-end fastq 此类数据标准包括两个文件,扩展名均为fastq.gz,一个是barcode文件,一个是样品混样测序文件. # 建样品目录 mkdir…

扩增子图表解读8网络图：节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性. 因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没…

最通俗易懂的 HashMap 源码分析解读

HashMap 作为最常用的集合类之一,有必要深入浅出的了解一下.这篇文章会深入到 HashMap 源码,刨析它的存储结构以及工作机制. 1. HashMap 的存储结构 HashMap 的数据存储结构是一个 Node<K,V> 数组,在(Java 7 中是 Entry<K,V> 数组,但结构相同) public class HashMap<K,V> extends AbstractMap<K,V> implements Map<K,V>, Cl…

海量Web日志分析用Hadoop提取KPI统计指标

http://blog.fens.me/hadoop-mapreduce-log-kpi/ http://dongxicheng.org/search-engine/scribe-installation/ Flume Filter集合 http://blog.csdn.net/luyee2010/article/details/8445776 Hadoop HelloWorld http://blog.csdn.net/tspatial_thunder/article/details/1029…