表观遗传学 转录因子 基本转录因子:TFIID.A.B.F.E.H. Pol II… 基转录因子具有稳定作用 组织特异性转录因子:GATA.EKLF.Bcl11A… 特异性是在特定组织中的细胞中时与细胞发育有关,组织特异性可用于制药 其它:FOG.CTCF.USF.Actin… TATA box:ATATA. 应用:诊断罕见病:转录结构作为克隆载体的信息,以前仅考虑1kb内的结构,因为发现成环(3C实验),所以现在也考虑远端原件,共同组成新的转录单元,比如promoter与enhancer之间的…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录的调控 原核生物的转录调控 一.转录调控原理 1.基因表达由调控蛋白控制 激活因子 activator 抑制因子 repressor 它们通常都是DNA结合蛋白 2.大多数的激活因子和抑制因子在转录起…

要做就做深做精! Everything needs good justification. The interpretation should be biologically and statistically sound. shit 做生信,等级确实是真实存在的,初级的就是没有什么想法,别人做什么我模仿着做一下,就是科技服务大部分的客户:中级的就是一个新东西出来了,我正好去抢某个点,典型的就是某些数据库,eRNA出来了,我就去数据挖掘搞个数据库:高级的就是会讲故事的,想法很好,能不断创新,对科…

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA…

ceRNA 不同于mRNA, lncRNA, ncRNA 等概念,其指的既不是某一种类型的RNA(比如mRNA, lncRNA), 也不是某一类的RNA(如ncRNA); ceRNA 其实指的是不同种类的RNA之间的调控机制,英文名为 competing endogenous RNA , 翻译成中文叫做 " 竞争性内源RNA "; 在这个概念中有两个关键词,竞争和内源, 内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在,而竞争就是这个调控机制的核心: 对于miRNA, 研究的都很成熟,其通过…

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因. 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白.组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术.由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率.更低的噪声和更大的覆盖范围.随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具. 原理:甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内.再利用抗…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组…

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的…

简介:长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)通过多种机制发挥其生物学功能, 这些机制包括基因印记.染色质重塑.细胞周期调控.剪接调控.mRNA降解和翻译调控等.lncRNA通过这些作用机制在不同水平进行基因表达调控. 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA[1].研究表明, lncRNA在剂量补偿效应(Dosage compensation effect).表观遗传调控.细胞周期调控和细…