一.为什么要校正case和control数量比例不平衡情况 试问作为生信届人员,最怕的是什么,当然是统计结果不靠谱.统计结果不靠谱包括两方面:一个是假阴性,一个是假阳性.假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了,假阳性可以理解为一大堆青蛙,你不知道哪个才是你的真命天子.假阴性就罢了,最多让你错过发现真理的机会,但万一假阳性呢,你拿着一个看似完美的结果吭哧吭哧做实验验证,一年半载的周期下来,什么结果都验证不出来,岂不是坑了做实验的人.因此,我们就要在源头上,把这个不靠谱的统计结果杜绝出去. 上一篇文…

GWAS研究中,表型分两种.第一种是线性的表型,如果身高.体重.智力等:第二种是二元的表型,比如患病和未患病,即通常所说的case和control.对于表型是线性的样本来说,是不存在case和control比例不平衡的情况的,但是对于表型是二元的样本,比如疾病和对照组(健康人群),case和control比例失衡,可能会出现N多的假阳性结果.具体看看下面的例子. 例子1:case和control比例在稍微正常的情况下,比如冠心病(coronaryartery disease,case:contr…

在switch中的case语句中声明变量编译的问题 先来看段代码,别管什么意思: : , j = ; ; i < ; i++) recive_phone[i] = msgbuf.text[i]; recive_phone[i] = '\0'; printf("%s文件%s函数%d行:接收端号码:%s\n", __FILE__ , __FUNCTION__, __LINE__, recive_phone); ; msgbuf.text[i] != ; i++,j++) center…

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

相关文章: A Unified Framework for Association Analysis with Multiple Related Phenotypes 太重要了,不得不单独拿出来分析一下.本review高度总结了GWAS这10年的成绩.以及现在的局限性.每个搞统计遗传的都必须要好好看看. 第一篇GWAS是什么时候?谁提出的?The first successful GWAS published in 2002 studied myocardial infarction. Ozak…

全基因组关联分析流程: 一.准备plink文件 1.准备PED文件 PED文件有六列,六列内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED文件是空格(空格或制表符)分隔的文件. PED文件长这个样: 2.准备MAP文件 MAP文件有四列,四列内容如下: chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced) r…

档 ID 420787.1 White Paper Oracle Applications Multiple Organizations Access Control for Custom Code Checked for relevance on 12-JAN-2011 See Change Record This document discusses how to update the customization code that is affected by the access con…

有时候编程编的久了,如果不停下来认真思考一下,即便是一些最基础的知识点,也可能让自己懵圈.其实,说到底还是打基础的时候没打牢,或者说自以为是地认为自己懂了,然后在打基础的时候就懒得思考懒得看了,结果就是对这个基础知识点的认识一直停留在自己的固有认识里. 好了,下面进入正题.if.else if和else是我们经常要用到的基本语法结构.某日,在园子里看到一博客贴出了这样一个问题. 控制台输入一个成绩,如果 成绩>=90 :输出A,如果90>成绩>=80 输出B,如果80>成绩>…

最近想测试下Openfire下的最大并发数,需要开大量线程来模拟客户端.对于一个JVM实例到底能开多少个线程一直心存疑惑,所以打算实际测试下,简单google了把,找到影响线程数量的因素有下面几个: -Xms intial java heap size -Xmx maximum java heap size -Xss the stack size for each thread 系统限制 系统最大可开线程数 测试程序如下: import java.util.concurrent.atomic.A…