3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平.其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa.(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,得到染色体水平的组装结果(3D-DNA分析) Juicebox 进行人工纠错 所需软件及安…

对生物有一定了解的朋友都知道DNA是染色体的重要组成部分,DNA结构中包含重要的遗传物质,孩子的DNA来自父母DNA的组合,这就是为什么“一家人相像”的奥秘所在.ChemDraw虽然号称是化学结构绘制工具但是它并不仅仅只能够用于化学领域,生物领域也是可以使用的.使用其他图形编辑器绘制DNA结构并不是一件特别简单的事情,但是使用ChemDraw的话就会变得异常简单,本ChemDraw教程将指导使用ChemDraw绘制DNA结构的技巧. 一.使用非ChemDraw绘制DNA结构 DNA分子是以4种脱…

1. 纪录片:非自然选择 1.1 CRISPR-Cas9的出现 1.2 故事1:先天性基因缺陷而失明的小孩 1.3 故事2:基因变异的蚊子 1.4 基因技术应用的现状 1.5 担忧 2. CRISPR基因编辑 2.1 Cas9 2.2 Cas12a(以前称为Cpf1) 2.3 Cas9与Cpf1 2.4 Anti-CRISPR 2.5 CRISPR/Cas工具 3. 基因敲除 4. DNA,RNA,染色体,基因,蛋白质 4.1 概念 4.2 DNA和RNA 4.3 物质关系: 4.4 功能关系:…

OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 “ GEO.NCDB.TCGA.SEER数据库这些我都知道,但OMIM是什么鬼? OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)数据库,中文称在线人类孟德尔遗传数据库.OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息.OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联. ” 也就是说当你知道某个病的时候,但不知道它受什么基因影响 ——选OMI…

之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章.16S 基础知识.分析工具和分析流程详解 可以分成两部分,生物层面和技术层面. 生物层面: 1. 肠道微生物里面包含了哪些微生物?显然包含了所有层面的微生物:细菌.古细菌和真菌. 2. 肠道微生物是如何从母体遗传向下一代的?成熟的肠道微生物群体是如何逐步形成的?环境因素占比多少? 3. 肠道微生物是通过什么来影响疾病的? 4. 目前常见的肠道微生物层面的治疗方案有哪些?疗效如何?哪些病是纯粹由肠道微生物引起的? 技术层面: 1. 什么是16s测序.宏…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的复制,染色体组装 一.Replication Enzymes 复制酶 1.酶结构: 手状结构.thumb不动,而finger动. 手掌:①聚合作用. β折叠片层 2个二价金属离子(Mg2+orMn…

生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法也越来越成熟.2011年,著名杂志<Science>发表一篇引起轰动的文章:<Presenting the Human Genome:Now is 3D!>,这篇文章全然给我们描写叙述了人类基因组測序未来的蓝图,可见3D技术在非常多领域都是发展方向. 使用mono能够高速的创建DNA分子结构立体模型,效果例如以下: 当然简单的呈现DNA分子结构,不过一部分功能,假设将…

目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档.今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中,终于找到Juicebox的官方文档了:http://aidenlab.org/assem…

我们都知道,图表在ASP.NET技术中是一种特别受欢迎而又很重要的工具.图表是表示数据的图形,一般含有X和Y两个坐标轴.我们可以用折线,柱状,块状来表示数据.通过图表控件,我们即能表示数据又能比较各种图表的数据,例如比较去年和今年的收入.图表的类型也有很多,如柱状图.折线图.条形图.组合图等等. 这篇文章将阐述如何在ASP.NET中如何制作3D图表.首先,我将展示如何绘制出一个简单的图表. 简单图表的步骤 步骤1 新建一个"ASP.NET Empty Web Site". 步骤2 在S…

参考资料: [cfDNA专题]cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好) ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗? cfDNA你懂多少? 新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓 游离DNA Cell-Free DNA (cfDNA) Isolation 游离DNA (circulating cell free DNA,cfDNA),是一种在细胞外呈现游离状态且无细胞状态的的DNA,广泛存在于动植物及人类的血清.血浆.脑脊液.尿液.痰液或粪便当中.过去,…