代码如下: #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 <vcf> <genome>" if(@ARGV == 0); #Author:yueyao@genomics.cn my $vcf=shift; my $genome=shift; my%hash; my $id; open GENOME,$genome or die $!; while(<GENOME>){ chomp; if(/^>/)…

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要…

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec…

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f…

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single…

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序…

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN…

目录 一.来源 二.结果 683份材料重测序 地方种landraces和育种品系breeding lines的多样性 表型和基因-环境互作(G by E) 菜豆产量潜力相关的MTAs(显著关联位点) 一.来源 Resequencing of 683 common bean genotypes identifies yield component trait associations across a north–south cline. January 2020 Nature Genetics…

在做shell批处理程序时候,经常会涉及到字符串相关操作.有很多命令语句,如:awk,sed都可以做字符串各种操作. 其实shell内置一系列操作符号,可以达到类似效果,大家知道,使用内部操作符会省略启动外部程序等时间,因此速度会非常的快. 一.判断读取字符串值 表达式 含义 ${var} 变量var的值, 与$var相同     ${var-DEFAULT} 如果var没有被声明, 那么就以$DEFAULT作为其值 * ${var:-DEFAULT} 如果var没有被声明, 或者其值为空, 那…

在日常工作中经常遇见在文本中提取特定位置字符串的需求.python的正则性能好,很适合做这类字符串的提取,这里讲一下提取的技巧,正则表达式的基础知识就不说了,有兴趣的可以看re的教程. 提取一般分两种情况,一种是提取在文本中提取单个位置的字符串,另一种是提取连续多个位置的字符串.日志分析会遇到这种情况.下面我会分别讲一下对应的方法: 1. 单个位置的字符串提取 这种情况我们可以使用(.+?)这个正则表达式来提取. 举例,一个字符串"a123b",如果我们想提取ab之间的值123,可以使…

PDF文件的页面有很多但有需要的并不是全部,有时候需要其中一页或几页的时候,这个时候我们就需要把单独的页面提取出来,这个时候应该怎么做呢,上次有小伙伴来询问小编,今天小编就为大家分享一下小编自己的编辑方法吧! 操作软件:PDF编辑器http://bianji.xjpdf.com/   1.在百度中搜索一款PDF编辑器安装在电脑上.迅捷PDF编辑器安装成功之后,打开运行之后点击左上角的打开工具,把需要提取页面的文档打开.   2.文件打开之后我们就需要提取页面了,找到文档工具中的提取页面选项.然后…

现在随着网络科技的发展在网上找资源找文件就像家常便饭一样,但是有很多文件下载完成之后只有几页是需要的这时候就很困惑了,这么多怎么才能看完啊.这样为了不浪费时间可以将有用的一页提取出来,进行使用,那怎样操作才能将PDF文件中的一页提取出来呢? 操作软件:PDF编辑器http://bianji.xjpdf.com/   1.在百度中搜索一款PDF编辑器安装在电脑上.迅捷PDF编辑器安装成功之后,打开运行之后点击左上角的打开工具,把需要提取页面的文档打开.   2.文件打开之后我们就需要提取页面了,找…

7. cv2.putText(img, text, loc, text_font, font_scale, color, linestick) # 参数说明:img表示输入图片,text表示需要填写的文本str格式,loc表示文本在图中的位置,font_size可以使用cv2.FONT_HERSHEY_SIMPLEX, font_scale表示文本的规格,color表示文本颜色,linestick表示线条大小 信用卡数字识别: 信用卡      数字模板涉及到的内容:主要是采用模板匹配的思想 思…

linux shell 字符串操作(长度,查找,替换)详解 该博文中描述的如下两个字符串操作, ${string:position} #在$string中, 从位置$position开始提取子串 ${string:position:length} #在$string中, 从位置$position开始提取长度为$length的子串 需要用到字符/子串在父字符串中的位置(position);而shell字符串并未提供获取子串所在位置的接口,如果基于字符串变量的操作,则无法预知子串的位置: Posit…

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2.官网:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml HISAT2安装 下载HISAT2-2.0.1,并解压: unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64…

前言 正则表达式的基础知识就不说了,有兴趣的可以点击这里,提取一般分两种情况,一种是提取在文本中提取单个位置的字符串,另一种是提取连续多个位置的字符串.日志分析会遇到这种情况,下面我会分别讲一下对应的方法. 一.单个位置的字符串提取 这种情况我们可以使用(.+?)这个正则表达式来提取. 举例,一个字符串"a123b",如果我们想提取ab之间的值123,可以使用findall配合正则表达式,这样会返回一个包含所以符合情况的list. 代码如下: ? 1 2 3 4 import re s…

用python正则表达式提取字符串 在日常工作中经常遇见在文本中提取特定位置字符串的需求.python的正则性能好,很适合做这类字符串的提取,这里讲一下提取的技巧,正则表达式的基础知识就不说了,有兴趣的可以看re的教程. 提取一般分两种情况,一种是提取在文本中提取单个位置的字符串,另一种是提取连续多个位置的字符串.日志分析会遇到这种情况.下面我会分别讲一下对应的方法: 1. 单个位置的字符串提取 这种情况我们可以使用(.+?)这个正则表达式来提取. 举例,一个字符串"a123b",如果…

目录 数据的图示 不同类型的基于图的特征 节点属性 局部结构特征 节点嵌入 DeepWalk简介 在Python中实施DeepWalk以查找相似的Wikipedia页面 数据的图示 当你想到"网络"时,会想到什么?通常是诸如社交网络,互联网,已连接的IoT设备,铁路网络或电信网络之类的事物.在图论中,这些网络称为图. 网络是互连节点的集合.节点表示实体,它们之间的连接是某种关系. 例如,我们可以用图的形式表示一组社交媒体帐户: 节点是用户的数字档案,连接表示他们之间的关系,例如谁跟随谁…