人类肿瘤治疗史上的里程碑无疑一定有一座是肿瘤免疫疗法的. 而肿瘤免疫疗法的主要两大领域,细胞治疗以及以PD1/PDL1为代表的免疫检查点抑制剂都在飞速发展. 目前,已经有5种抗PD1/PDL1抗体药物上市,包括默沙东的Keytruda.百时美施贵宝的Opdivo.罗氏的Tecentriq.辉瑞和德国默克生产的Bavencio以及阿斯利康生产的Imfinzi.而以CAR-T为代表的细胞免疫疗法目前也已经有两款上市,即诺华的Kymriah以及Kite公司(现已被吉列德公司收购)的Yescarta.…

进入2017年,当红辣子鸡PD-1疗法,一路横扫多个适应症.而CAR-T治疗的“小车”在获得FDA专委会推荐后也已经走上高速路,成为免疫治疗又一里程碑事件.PD-1.CAR-T之后,下一个免疫治疗产品又将花落谁家?   7月初,Nature同期发表2项临床试验结果,突然引爆个性化肿瘤疫苗热点,新技术是横空出世吗?还是有三生三世,十里桃花早已播种?   Nature 为引,本文让你一文看懂,解读个体化肿瘤疫苗前世今生,窥探未来发展.   个性化肿瘤疫苗星火早现,顶级联盟成立只为攻关克难   7月5…

近几年,免疫疗法的成功使癌症治疗进入了新的时代.无论是科研界,还是商业界,都丝毫没有掩饰对这一领域的热情.2016年,Cell杂志公布的年度十大最佳论文中,免疫疗法占两席.事实上,这两项成果只是去年癌症免疫疗法重要突破进展中的“冰山一角”. 刚刚过去的2016年,科学家们在Cell.Nature.Science.NEJM等杂志上发表了大量研究进展,揭露了肿瘤细胞“对抗”免疫细胞攻击背后的不同机制,开发了一系列新型免疫疗法(如调节胆固醇等),找到了癌症免疫疗法只对部分患者有效的多项证据,发现了可用…

肿瘤免疫治疗,实际上分为两大类.一种把肿瘤的特征“告诉”免疫细胞,让它们去定位,并造成杀伤:另一种是解除肿瘤对免疫的耐受/屏蔽作用,让免疫细胞重新认识肿瘤细胞,对肿瘤产生攻击(一般来说,肿瘤细胞会巧妙伪装,逃脱免疫的监视). 第一种情况,因为要利用机体自身的免疫细胞,因此,目前多为免疫细胞治疗:后一种主要是阻断被屏蔽的免疫信号,因此,多为小分子药物和抗体药物,如大家熟知的PD-1/PD-L1一类,当然,还有其它类别,甚至联合应用效果更好. 而在第一种情况(免疫细胞治疗)中,一直是研究的热点.包括…

TCGA的关键数字:图片来源<细胞> 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划于2006年联合启动,目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据,2.5PB的数据量.全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作,于近期公布了TCGA研究的收官之作:“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱.这些研究精华共发表了27篇相关论文,涉及基因组测序,转录组测序,甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,同时研究者也将它们与临床和影像数据相关联,展…

生物信息学 Cell theory:7个要点 All known living things are made up of one or more cells. All living cells arise from pre-existing cells by division. The cell is the fundamental unit of structure and function in all living organisms. The activity of an organi…

关于数据挖掘发表文章,我们知道很多人是看不上.瞧不起.嗤之以鼻的.大抵是因为这些人平时只发 CNS 主刊,所以才认为通过数据挖掘这种用「别人的数据」或者叫「干实验」来发文章是“「垃圾」,没有什么价值. 真的是这样吗?今天我们要介绍的就是一篇做数据挖掘的 Cancer Cell 杂志的文章(IF: 27.4),大家来看看文章怎么样. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cance…

文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…

首先说一下我对这个方案的看法,相比第一名与第二名的方案,这个方案的分割方法确实复杂的多,原论文是发表在MICCAI,后来砖投到IEEE image processing(SCI 1区),总体感觉给人一种花里胡哨的感觉,但是看分割结果,却着实让人满意.以下将解析此论文. 摘要 肿瘤分割的一个主要难点就是类别不平衡,肿瘤部分占整个脑的比例太小以至于难以精准的分割.传统解决类别不平衡的方法是采用级联的网络,一步一步的从粗到精的分割.先不考虑此网络的性能如何,就网络结构而言级联网络结构复杂,而且忽略了模…

TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析. 看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的.这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择. 01 Patients list模块 TCIA分别对每个病人进行分析,数据也提供下载,我们可以看到提供了ID.疾病.性别和年龄信息,我们重点关注IPS这一列的信息,IPS这一列有4个项目,有不同的属性,作者在文章中表示IPS(immunophe…

急性髓系白血病 ( acute myeloid leukemia, AML ) 是成年人常见的血液系统恶性肿瘤之一,主要表现为髓系原始细胞克隆性恶性增殖及正常造血细胞功能抑制.在AML基因突变图谱中,fms样酪氨酸激酶3 ( fms-like receptor tyrosine kinase 3, FLT3 ) 基因突变最为常见,存在于约1/3初诊AML患者.FLT3突变形式主要包括跨膜区内部的串联重复突变 ( ITD ) 和累及活化环中的点突变( TKD ) 两种形式.虽然这些突变影响细胞功能…

蛋白质琥珀酰化修饰 (succinylation) ,作为赖氨酸酰化修饰家族的重要一员,于2011年由芝加哥大学赵英明教授团队在Nature Chemical Biology 发文被首次报道,并被评为该杂志创刊10年39篇精品论文之一 [1].随后,关于琥珀酰化的调控酶系统(转移酶writer和去修饰酶eraser)和生物学功能也有了越来越多的报道.如浙江大学转化医学研究院吕志民教授课题组在Nature发文,首次发现了组蛋白琥珀酰化修饰的转移酶--KAT2A,可以调节组蛋白H3K79位点琥珀酰化…

NI Labview 将图形化系统设计用于肿瘤治疗 - Jeff Stevens, Sanarus 挑战:在严格的规则条例范围内保持设计过程的情况下,为通过FDA认证的等级II医疗设备进行设计.原型并发布用户界面和控制系统,用于以更为缓和近乎无痛的方式对乳腺肿瘤进行治疗. 解决方案:使用NI CompactRIO平台.NI LabVIEW实时模块和LabVIEW FPGA模块开发灵活的可靠性高的GUI图形化用户界面和控制系统,在上市时间的巨大压力下,开发能够大大减少接收肿瘤治疗的病人在精神和身体…

L3-004. 肿瘤诊断 题目链接:https://www.patest.cn/contests/gplt/L3-004 BFS 之前尝试使用递归dfs,提交后发现有两个段错误,发现递归层数太多,然后改用bfs解决. 代码如下: #include<cstdio> #include<stack> #define N 505 #define MAX 5000 using namespace std; int n,m,s,d; int pro[N]; int Map[N][N]; boo…

%RF:RF实现根据乳腺肿瘤特征向量高精度(better)预测肿瘤的是恶性还是良性 load data.mat a = randperm(569); Train = data(a(1:500),:); Test = data(a(501:end),:); P_train = Train(:,3:end); T_train = Train(:,2); P_test = Test(:,3:end); T_test = Test(:,2); model = classRF_train(P_train,…

%DT:DT实现根据乳腺肿瘤特征向量高精度预测肿瘤的是恶性还是良性 load data.mat a = randperm(569); Train = data(a(1:500),:); Test = data(a(501:end),:); P_train = Train(:,3:end); T_train = Train(:,2); P_test = Test(:,3:end); T_test = Test(:,2); ctree = ClassificationTree.fit(P_train…

在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1):L(≤)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计). 最后给出L张切片.每张用一个由0和1组成的M×N的矩阵表示,其中1表示疑似肿瘤的像素,0表示正常像素.由于切片厚度可以认为是一个常数,于是我们只要数连通体中1的个数就…

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序…

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以…

在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1286×128):L(<=60)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计). 最后给出L张切片.每张用一个由0和1组成的M×N的矩阵表示,其中1表示疑似肿瘤的像素,0表示正常像素.由于切片厚度可以认为是一个常数,于是我们只要…

https://www.biostars.org/p/15890/     71   5.9 years ago by Malachi Griffith ♦16k Washington University School of Medicine, St. Louis, USA Does anyone know of a good source of human genes that act as a tumor suppressor or oncogene? The source can be…

KRAS基因 一个是KRAS1,位于chr6 短臂上,是一个“假基因”,它不能被转录成RNA,故没有功能的 另一个是KRAS2,位于chr12 短臂上..是“真基因”,是能够转录.并且翻译成蛋白的,是有生物学活性的.188个aa,它的分子量是21.6KD. KRAS在细胞生长的信号调控中,起着一个枢钮的作用. 上游的EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4等细胞表面受体,在接收到了外界信号之后,会通过RAS蛋白,把信号传递到下游. 而KRAS是RAS蛋白中的重要一员…

发表时间:(2019年4月) IF:3.950 单位: 厦门大学 厦门理工大学 物种:小鼠的肿瘤,血清和骨骼肌 技术:核磁共振代谢组学分析 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究通过原位植入BGC823细胞系建立了GCC鼠模型,并对胃组织,血清和腓肠肌进行基于核磁共振的代谢组学分析.在肿瘤中鉴定出20种差异代谢物,在血清中鉴定出13种,在腓肠肌中鉴定出14种.提供与GCC诱导的肌肉萎缩相关的代谢改变信息. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 恶病质是一…

题目链接:点击打开链接 在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1286×128):L(<=60)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计). 最后给出L张切片.每张用一个由0和1组成的M×N的矩阵表示,其中1表示疑似肿瘤的像素,0表示正常像素.由于切片厚度可以认为…

L3-004. 肿瘤诊断 时间限制 400 ms 内存限制 65536 kB 代码长度限制 8000 B 判题程序 Standard 作者 陈越 在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1286×128):L(<=60)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计).…

EGFR: “Epidermal growth factor receptor”,表皮生长因子受体.别名:ErbB1,或 HER1 EGFR是ErbB基因家族的成员之一.ErbB基因家族包括了:EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4.其中,HER2又称为ErbB2. EGFR是肿瘤靶向治疗当中最重要的靶子.其突变,会在很大程度上影响到多种靶向治疗有效性. 位于chr7  短臂 ,蛋白分子量170KDa,跨膜蛋白 定位于细胞膜上,细胞膜外的部分,负责与各种配体相结合…

碳纳米管(Carbon nanotube, CNT)是重要的一维纳米材料,由于其良好的力学.电学和化学性能,可用作超强纤维.隐身材料.大功率超级电容器.传感器等,在纳米材料.信息.光电.能源.传感及生物医学多个领域有着广泛的应用前景,被称为“明星材料”.CNT的生产操作中无法避免职业人群的接触,所以,工业的快速发展要求CNT的制造和应用必须要符合健康和安全的标准.另外,随着大量CNT材料进入消费市场,CNT的相关产品将和人们日常生活密切相关. 目前的毒理学研究显示,CNT呼吸暴露可以引起实验动物…

L3-004. 肿瘤诊断 时间限制 400 ms 内存限制 65536 kB 代码长度限制 8000 B 判题程序 Standard 作者 陈越 在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1286×128):L(<=60)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计).…

肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas,TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院(National Cancer Institute,NCI)和美国国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute,NHGRI)于2006年联合启动的项目,目前共计研究33种癌症类型. TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术,从基因组.表观遗传组.转录组.蛋白质组等多个层析解析癌症的分子机制.最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关…

L3-004. 肿瘤诊断 在诊断肿瘤疾病时,计算肿瘤体积是很重要的一环.给定病灶扫描切片中标注出的疑似肿瘤区域,请你计算肿瘤的体积. 输入格式: 输入第一行给出4个正整数:M.N.L.T,其中M和N是每张切片的尺寸(即每张切片是一个M×N的像素矩阵.最大分辨率是1286×128):L(<=60)是切片的张数:T是一个整数阈值(若疑似肿瘤的连通体体积小于T,则该小块忽略不计). 最后给出L张切片.每张用一个由0和1组成的M×N的矩阵表示,其中1表示疑似肿瘤的像素,0表示正常像素.由于切片厚度可以认…