为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:…

用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 |字号大中小 订阅 用微信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 用易信  “扫一扫” 将文章分享到朋友圈. 下载LOFTER 我的照片书  |     当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量.常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformat…

转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml  我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Ill…

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下…

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序 更多 个人分类: 测序原理   最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的…

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上. 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题. 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的. 现在问题有几个特征: 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过100bp,而ref基因组通常在上百Mb. 2.数据量,NGS测序产生的数据量达到几百Gb,相当于几十个人的人…

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f…

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的…

生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS  遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and 3 stop codons. EPIGENETICS  表观遗传学 RNA Code: Non-coding RNA, miRNA, Alternative Splicing CpG Code:…

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法…

Connetion的属性RetainSameConnection是个boolean值,指定是否保持相同的链接,默认值是false,表示每个component都会单独的使用connection,在component开始时打开connection,在component结束时关闭connection.不同的componet之间使用的是不同的connection. 由于局部临时表的生命周期是在当前连接,在链接关闭时就会终止,临时表就不存在了.在SSIS中不同组件间使用临时表,需要设置Connetion的…

使用hive时,我们偶尔会遇到这样的问题,当你将结果输出到屏幕时,查出的数据往往显示为null,但是当你将结果输出到文本时,却显示为空(即未填充),这是为什么呢? 在hive中有一种假NULL,它看起来和NULL一样,但是实际却不是NULL. 比如下面这样: [hdfs@dsdc04 ~]$ cat /data6/chenye/baidu_djzs_sessionid/test\NNULL Krisnull 本地的test文件内有五行数据,分别为\N.NULL.   .Kris.null 我们建…

http://blog.csdn.net/yu616568/article/details/50365240 前言   在使用Kylin的时候,最重要的一步就是创建cube的模型定义,即指定度量和维度以及一些附加信息,然后对cube进行build,当然我们也可以根据原始表中的某一个string字段(这个字段的格式必须是日期格式,表示日期的含义)设定分区字段,这样一个cube就可以进行多次build,每一次的build会生成一个segment,每一个segment对应着一个时间区间的cube,这些…

接了一个任务,要处理DEM原始数据中的高程异常值,如图中的异常亮点. 想了一下,以前处理过建筑物附近的DEM铲平,那么高程异常值应该如何处理呢? 显然直接铲平时不太合理的,需要利用异常值周围的高程进行内插(没有高精度的DEM). 思路如下: 1.首先建立一个面图层,手工圈出异常值的区域. 2.建立一个点图层,在异常值框选区周围采样一些点.获取DEM高程用“添加表面信息”工具. 3.根据点和面图层进行插值处理,利用反距离权重方法,哪种插值方法好需要斟酌,使用局部内插方法. 如果有高精度的DEM,这…

http://blog.csdn.net/zuosifengli/article/details/7398661 Android 中多点触摸协议: 参考: http://www.kernel.org/doc/Documentation/input/multi-touch-protocol.txt 1, 两种多点触摸协议: 1)A类: 处理无关联的接触: 用于直接发送原始数据: B类: 处理跟踪识别类的接触: 通过事件slot发送相关联的独立接触更新. 2,  触摸协议的使用: A类协议: A类协…

一.问题来源 返回检索到的数据(按相关度排序)在原始数据中的索引. 二.问题解析 x = [1 4 3 5; 1 3 2 6]:sortrows(x)其结果是按照row来排列,默认首先排第一列,1和1一样大,那么排第二列,3比4小,所以1 3 2 6应该在第一行.假如使用sortrows(x, 4)那么结果中首先看第4列的大小,5比6小,那么原来的顺序就对了,如果是x = 1 2 3 61 2 3 5那么,sortrows(x, 4)之后,由于第4列的5比6小,那么,1 2 3 5应该排到前面.…

离线缓存就是在网络畅通的情况下将从服务器收到的数据保存到本地,当网络断开之后直接读取本地文件中的数据. 将网络数据保存到本地: 你可以自己写一个保存数据成本地文件的方法,保存在android系统的任意目录(当然是有权限的才行),但是在这种情况下使用Context的openFileOutput方法最简便也最符合我们的场景,下面的saveObject方法演示了如何用openFileOutput将数据保存在本地的一个文件中: saveObject public static boolean saveO…

Excel里函数中的万金油,你确定不要点进来看看? 来源:EXCELHome Excel里有个号称"万能"的函数组合,这个函数组合就是INDEX+SMALL+IF,很多应用场合都能看到它们的身影. 这个函数的特点是:能提取出满足某条件或某些条件的所有数据,可以一次性返回单行单列或多行多列的结果. 让我们通过一个实例来认识一下它们到底有多"万能"吧! 1 公式应用情景介绍 如下图,A1:F9单元格为某次考试结果,每个人一行数据.现在需要在B11单元格(棕色底色填充)输…

PCA(Principal Component Analysis)是一种常用的数据分析方法.PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示,可用于提取数据的主要特征分量,常用于高维数据的降维. 在Scikit中运用PCA很简单: import numpy as np from sklearn import decomposition from sklearn import datasets iris = datasets.load_iris() X = iris.data y = i…

二.常用库 1.NumPy NumPy是高性能科学计算和数据分析的基础包.部分功能如下: ndarray, 具有矢量算术运算和复杂广播能力的快速且节省空间的多维数组. 用于对整组数据进行快速运算的标准数学函数(无需编写循环). 用于读写磁盘数据的工具以及用于操作内存映射文件的工具. 线性代数.随机数生成以及傅里叶变换功能. 用于集成C.C++.Fortran等语言编写的代码的工具. 首先要导入numpy库:import numpy as np A NumPy函数和属性: 类型 类型代码 说明 i…

FROM : HOME SQL 是一种声明式语言 SQL 语言是为计算机声明了一个你想从原始数据中获得什么样的结果的一个范例,而不是告诉计算机如何能够得到结果. SQL 语言声明的是结果集的属性,计算机会根据 SQL 所声明的内容来从数据库中挑选出符合声明的数据,而不是像传统编程思维去指示计算机如何操作. SQL 语句的语法顺序是: SELECT[DISTINCT] FROM WHERE GROUP BY HAVING UNION ORDER BY 执行顺序为: FROM WHERE GROUP…

写在前面 前前后后忙忙碌碌,度过了新工作的三个月.博客许久未新,似乎对忙碌没有一点点防备.总结下来三个月不断的磨砺自己,努力从独乐乐转变到众乐乐,体会到不一样的是,连办公室的新玩意都能引起莫名的兴趣了,作为一只忙碌的 “猿” 倒不知正常与否. 咳咳, 正题, 今天要写一篇关于mysql的主键.索引的文章,mysql的研究博主进行还不够深入,今天讨论的主题主要是,主键对增删改查的具体影响是什么? 博主将用具体的实验说明. 如果你不了解主键,你可以先看看下面的小节,否则你可以直接跳转到实验步骤 了解…

  很多人在Excel中用函数公式做查询的时候,都必然会遇到的一个大问题,那就是一对多的查找/查询公式应该怎么写?大多数人都是从VLOOKUP.INDEX+MATCH中入门的,纵然你把全部的多条件查找方法都学会了而且运用娴熟,如VLOOKUP和&.SUMPRODUCT.LOOKUP(1,0/....,但仍然只能对这种一对多的查询望洋兴叹. 这里讲的INDEX+SMALL+IF+ROW的函数组合,号称“万能”的函数组合,就是解决一对多查询的一种通式,如果你能掌握,那在Excel里基本上就没有什么查…