【宏基因组】MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用

MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了. 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版.不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下.网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对Linux平台的使用. MEGAN的GUI版相对友好,如果你在Windows平台使用过该软件,那么在Linux上使用和理解起来相对容易些. MEGA…

MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用

目录 MEGAN 4 MEGAN 5 MEGAN 6 MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了. 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版.不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下.网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对Linux平台的使用. MEGAN的GUI版相对友好,如果你在Windows平台使用过该软件,…

MetaPhlAn 2：宏基因组进化分析

描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具.从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种. MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支,标记基因(标记信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在这里找到)从〜17000的参考基因组鉴定(〜13500细菌和古细菌,3500〜病毒,和…

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

宏基因组扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

散点图数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA). Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异. 分析方法在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(…

详解Linux安装GCC方法

转载自:http://blog.csdn.net/bulljordan23/article/details/7723495/ 下载: http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.5.1/gcc-4.5.1.tar.bz2浏览: http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.5.1/查看Changes: http://gcc.gnu.org/gcc-4.5/changes.htm 现在很多程序员都应用GCC,怎样才能更好的应用GCC.目前,GCC可以用来编…

为你详解Linux安装GCC方法

下载: http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.5.1/gcc-4.5.1.tar.bz2浏览: http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.5.1/查看Changes: http://gcc.gnu.org/gcc-4.5/changes.htm 现在很多程序员都应用GCC,怎样才能更好的应用GCC.目前,GCC可以用来编译C/C++.FORTRAN.JAVA.OBJC.ADA等语言的程序,可根据需要选择安装支持的语言.本文以在Redhat Li…

Linux安装fcitx输入法（命令安装）

Linux安装fcitx输入法(命令安装) 打开终端安装输入法 sudo apt-get install im-switch libapt-pkg-perl fcitx fcitx-table-wbpy 设置fcitx为默认输入法: im-switch -s fcitx 注销,重新登录如果安装码表转换的话需要安装 sudo apt install fcitx-tools 将需要使用的输入法的码表文件拷贝到这个目录即可. root@ubuntu:/usr/share/fcitx/table#…

搜狗输入法linux安装以及 12个依赖包下载链接分享

搜狗输入法linux安装版,先安装各种依赖包,大概12个依赖,可能中途还需要其他依赖,可以效仿解决依赖问题.如图这12个文件要是手动点击下载,那也太笨点了,我们要用shell命令批量下载.命令如下:wget -c http://http.kali.org/pool/main/f/fcitx/fcitx-libs_4.2.8.5-2_amd64.debwget -c http://http.kali.org/pool/main/f/fcitx/fcitx-libs-qt_4.2.8.5-2_amd…

linux安装php

接上篇:linux安装apache 一.安装php 先安装libxml2库 [root@ctxsdhy package]# yum -y install libxml2-devel 最新地址在:http://php.net/downloads.php 可以手动下载,也可以用wget 执行: [root@ctxsdhy package]# wget http://cn2.php.net/distributions/php-7.0.13.tar.gz [root@ctxsdhy package]#…

linux安装oracle11g

准备oracle安装文件 Oracle11gR2包含两个文件linux_11gR2_database_1of2.zip和linux_11gR2_database_2of2.zip,将这两个文件通过SSH上传到/usr /local/oracle中. 解压安装文件到当前目录 [root@localhost root]#cd /usr/local/oracle [root@localhost oracle]#unzip linux_11gR2_database_1of2.zip [root@loca…

TODO：Linux安装PHP MongoDB驱动

TODO:Linux安装PHP MongoDB驱动 PHP利于学习,使用广泛,主要适用于Web开发领域. MongoDB的主要目标是在键/值存储方式(提供了高性能和高度伸缩性)以及传统的RDBMS系统(丰富的功能)架起一座桥梁,集两者的优势于一身. 在php中使用mongodb你必须使用 mongodb 的 php驱动. 本文是小编在部署生产环境的时候简单记录. 1. 下载PHP的mongodb驱动安装包mongodb-1.1.9.tgz wget https://pecl.php.net/ge…

Symantec Backup Exec 2010 Agent For Linux安装

以前写过一篇文章介绍过Symantec Backup Exec 2012 Agent For Linux安装安装,今天介绍一下Symantec Backup Exec 2010 Agent For Linux安装,关于赛门铁克的Backup Exec的功能请看下面主要功能和主要优势介绍.有兴趣的可以参考官网介绍:http://www.symantec.com/zh/cn/backup-exec. 现在最新的版本是Symantec Backup Exec 2014. 主要功能使用单个解决方案保护…

Symantec Backup Exec 2012 Agent For Linux安装

Backup Exec 2012 介绍 Backup Exec 2012 是一种为虚拟和物理环境提供保护的集成产品,能够简化备份和灾难恢复,并提供了无可匹敌的恢复功能.借助于强大的 Symantec V-Ray 技术,Backup Exec 2012 可以恢复整个服务器.关键 Microsoft 应用程序以及 VMware 或 Microsoft Hyper-V 虚拟环境,从而最大限度减少业务停机. 主要功能使用获得专利的 V-Ray 技术,通过一次性备份在数秒内轻松地恢复虚拟机.应用程序.数…

linux 安装jdk

1.Linux安装JDK步骤1. 先从网上下载jdk(jdk-1_5_0_02-linux-i586.rpm) ,推荐SUN的官方网站www.sun.com,下载后放在/home目录中,当然其它地方也行.进入安装目录#cd /home#cp jdk-1_5_0_02-linux-i586.rpm /usr/local#cd /usr/local 2.给所用户添加可执行的权限#chmod +x jdk-1_5_0_02-linux-i586.rpm.bin#./jdk-1_5_0_02-linux…

Hadoop Linux安装

Hadoop Linux安装步骤流程 1.硬件准备 2.软件准备(推荐CDH) 3.将Hadoop安装包分发到各个节点下 4.安装JDK 5.修改/etc/hosts配置文件 6.设置SSH免密码登陆 7.修改配置文件 8.启动服务 9.验证 1.下载软件 1.1 apache版本下载链接:http://www.apache.org/ 1.2 CDH 下载链接:http://www.cloudera.com/ 2.安装JDK.解压Hadoop安装包并分发到各个节点 3.修改/etc/host…

自己瞎捣腾的Win7下Linux安装之路-----理论篇

接着上回说道,我把双系统做好啦,开心.... 之后我就在想几个问题: 1.在Ubuntu装好后,重启电脑却还是win7,等我用EasyBCD之后,才可选择使用装好的Ubuntu呢? 2.在用EasyBCD时,为什么device要选择boot挂载点呢? 3.在分区的时候,我只看到了/dev/sda1. /dev/sda5. /dev/sda6…,那sda2,sda3,sda4都哪去了? 4.分区又是怎么回事,怎么才能何理的进行分区呢? 几个概念: 硬盘的扇区:硬盘上面的一种单位,大小为512Byt…

Debian 7(Linux) 安装SSH使用SecureCRT连接配置

1 Debian 安装 ssh2 首先确保你的Debian或者linux安装ssh并开启ssh服务 Debian和ubuntu的安装方法一样,只要源OK的话,可以直接安装 apt-get install openssh-server 启动SSH服务 /etc/init.d/ssh start 如果是非管理员用户请使用 su 命令切换到 root 用户执行. 2 windows 安装 SecureCRT 网上下载SecureCRT直接安装即可. 只需要输入IP,protocol选择SSH2即可,端…

阿里云Linux安装软件镜像源

阿里云Linux安装软件镜像源阿里云是最近新出的一个镜像源.得益与阿里云的高速发展,这么大的需求,肯定会推出自己的镜像源.阿里云Linux安装镜像源地址:http://mirrors.aliyun.com/ CentOS系统更换软件安装源第一步:备份你的原镜像文件,以免出错后可以恢复. mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup第二步:下载新的CentOS-Base.repo 到/e…

debian(kali Linux) 安装net Core

debian(kali Linux) 安装net Core curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/dotnet/cli/rel/1.0.0-preview1/scripts/obtain/dotnet-install.sh | bash /dev/stdin --version 1.0.0-preview1-002702 --install-dir ~/dotnet 出现错误: dotnet_install: Error: Unable to l…

linux安装locust

linux安装locust 1. 安装epel扩展源(目的是为了在安装Pip时不出现一堆乱七八糟的错误信息) EPEL(http://fedoraproject.org/wiki/EPEL) 是由 Fedora 社区打造,为 RHEL 及衍生发行版如 CentOS.Scientific Linux 等提供高质量软件包的项目. 命令: sudo yum -y install epel-release 2. 安装python pip sudo yum -y install python-pip 3.…

Linux安装字体

用惯了Win7的字体,感觉雅黑看着很舒服,就动手在Linux安装下,简单描述下: 第一步:百度一下,找到微软雅黑字体(.ttf)下载第二步:把下载的字体放到cd /usr/share/fonts/zh_CN目录下没有的话创建 mkdir /usr/share/fonts my_fonts 第三步:依次输入下面的命令,建立字体缓冲库: # cd /usr/share/fonts/my_fonts # mkfontscale # mkfontdir # fc-cache -fv…

轻松解决Linux安装Eclipse方法

随着Linux的发展,很多人开始学习Linux系统,你了解Linux系统么?你是Linux系统的应用者么?本文为你详细介绍Linux安装Eclipse,为你在学习Linux安装Eclipse时起一定的作用.以下是Linux安装Eclipse完全攻略. 1. ubuntu 下安装Eclipse 1.1 在Ubuntu搭建java开发环境 (1)安装好Ubuntu系统:安装的时候强烈建议连接上网,它会自动下载语言包,自动装上五笔,拼音,还有会默认把firefox浏览器设置为中文. (2)配置Ubu…

[linux笔记]理清linux安装程序用到的(configure, make, make install)

我作为一名经常和linux打交道的程序员,每次在linux安装软件都祈求可以用——apt-get,yum,brew等应用程序管理器安装,有的时候事与愿违,你只能自己编译安装-wtf,说好的美丽世界呢? 这个时候你就用会用到标题上的: configure, make, make install这四个指令,每当这个时候我的发怵 ,今天我忍不了了,我要把他们弄清楚,所以画了一整个中午的时间好好研究了它们. 不说百分之百都弄懂了,但是下次再编译安装的时候,嘿嘿.下面分享下我的收获: 后来我发现,这么直接…

把Linux安装到移动硬盘上

把Linux安装到移动硬盘上转载于:http://mrkh.me/install-linux-on-a-portable-hard-drive.html 这一篇文章讲一下,怎么把linux安装到移动硬盘上,并且由移动硬盘独立引导,与本地硬盘系统完全隔离,互不影响. 这之前我先讲一下,为什么要把Linux系统作为独立引导安装到移动硬盘上.就Linux的学习而言,一般有以下几种方法,每一种方法都有自己的优点,而这里我要说一下缺点: 1.使用虚拟机,安装Linux,缺点:硬件是虚拟的,win上的虚拟…

linux安装apache的纠结过程

本以为linux下安装apache是件很简单的过程.三命令就可以搞定,jxvf解压,make 编译,make install 安装就OK了.没想到这个过程还颇费周折.可能和环境有关吧.先说一下我的环境. --------------------------- linux : cenos5.5 (验证4.8也会碰到以下问题) apache: httpd-2.4.1.tar.bz2 --------------------------- [root@localhost apache]# tar …

Ubuntu/linux 安装 kernel-devel

这个问题,需要安装与系统内核配套的开发包. 查看内核: uname -r 内核头文件C header files下载地址: http://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=kernel-devel 核对内核信息,在上面的网页选择合适的版本.比如原文中的:ftp://rpmfind.net/linux/fedora/releases/9/Everything/i386/os/Packages/kernel-devel-2.6.25-14.fc9…