在微生物分析中,经常使用稀释性曲线来评估测序量是否足够:可以使用mothur 这个软件来完成 rarefaction.single 命令用来做稀释性曲线,既可以对单个样本单独分析,也可以一次对多个样本进行分析 对多个样本进行分析:以shannon 指数为例 需要准备一个shared 文件,shared 文件格式可以参考mothur官方文档 https://www.mothur.org/wiki/Shared_file 示例shared 文件如下: label Group numOtus OTU1…

vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例: library(vegan) data(BCI) sp1 <- specaccum(BCI, method="random") plot(sp1, ci.type="poly", col="blue", lwd=2, ci.lty=0, ci.col="lightblue") boxplot(sp1,…

//利用曲线逼近,计算逼近曲线的长度 //首先创建一个逼近曲线 vector<Point2f> approx; approxPolyDP(contours[i], approx, 2, true); arcLength(contours[i], false); double dstLength = arcLength(approx, true);…

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由…

线性解码器(Linear Decoder) 前面第一章提到稀疏自编码器(http://www.cnblogs.com/bzjia-blog/p/SparseAutoencoder.html)的三层网络结构,我们要满足最后一层的输出:a(3)≍a(1)(即输入值x)的近似重建.考虑到在最后一层的a(3)=f(z(3)),这里f一般用sigmoid函数或tanh函数等非线性函数,而将输出界定在一个范围内(比如sigmoid函数使结果在[0,1]中).这对于有些数据组,例如MNIST手写数字库中其输入…

转载自:http://www.cnblogs.com/tornadomeet/archive/2013/03/20/2970724.html 前言: 现在来进入sparse autoencoder的一个实例练习,参考Ng的网页教程:Exercise:Sparse Autoencoder.这个例子所要实现的内容大概如下:从给定的很多张自然图片中截取出大小为8*8的小patches图片共10000张,现在需要用sparse autoencoder的方法训练出一个隐含层网络所学习到的特征.该网络共有3…

斯坦福deep learning教程中的自稀疏编码器的练习,主要是参考了   http://www.cnblogs.com/tornadomeet/archive/2013/03/20/2970724.html,没有参考肯定编不出来...Σ( ° △ °|||)︴  也当自己理解了一下 这里的自稀疏编码器,练习上规定是64个输入节点,25个隐藏层节点(我实验中只有20个),输出层也是64个节点,一共有10000个训练样本 具体步骤: 首先在页面上下载sparseae_exercise.zip S…

园子里关于遗传算法的教案不少,但基于geatpy框架的并未多见,故分享此文以作参考,还望广大园友多多指教! Geatpy出自三所名校联合团队之手,是遗传算法领域的权威框架(python),其效率之高.应用领域之广远胜诸多第三方工具,此处不作赘述,直接上链接: 官网:http://www.geatpy.com/start 源码:https://github.com/geatpy-dev/geatpy/tree/master/geatpy 使用Geatpy需要安装geatpy模块(pip insta…

LC滤波器具有结构简单.设备投资少.运行可靠性较高.运行费用较低等优点,应用很广泛. LC滤波器又分为单调谐滤波器.高通滤波器.双调谐滤波器及三调谐滤波器等几种. LC滤波主要是电感的电阻小,直流损耗小.对交流电的感抗大,滤波效果好.缺点是体积大,笨重.成本高.用在要求高的电源电路中. RC滤波中的电阻要消耗一部分直流电压,R不能取得很大,用在电流小要求不高的电路中.RC体积小,成本低.滤波效果不如LC电路 常用的滤波电路有无源滤波和有源滤波两大类.若滤波电路元件仅由无源元件(电阻.电容.电感)…

在曲线参数化的Javascript实现(理论篇)中推出了曲线弧长积分的公式,以及用二分法通过弧长s来查找样条曲线上对应的u,再求Q(u)的值.弧长积分函数如下: ,其中-----公式1 Simpson展开后 -------公式2 这里的f(u)就是上面的弧长s的求值函数,既样条曲线拟合函数Q(u)的积分 这部分具体代码如下:1.计算f(u)的系数ABCDE CParametric.prototype.SegCoef = function(CSpline, o) { p0.x=this.k[0]*…