但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons…

在注释KEGG的时候,一直用到kaas,具体kaas是个什么东东,简单的总结一下吧.     KEGG是由日本人搞的一个代谢图,收录基因和基因组的数据库,数据库可以分为 3大部分,基因数据库, 化学分子物质数据库,以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库,在KEGG数据库中,有一个"专有名词"KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K标签,KEGG ortho…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可…

IE条件注释是微软从IE5开始就提供的一种非标准逻辑语句,作用是可以灵活的为不同IE版本浏览器导入不同html元素,如:样式表,html标签等.很显然这种方法的最大好处就在于属于微软官方给出的兼容解决办法而且还能通过W3C的效验.   让我们举几个例子来看看:   1.只有IE才能识别  <!--[if IE]>  <link type="text/css" rel="stylesheet" href="my.css" />…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

MFC的PNG贴图按钮类(详细注释) (转载请注明出处) 作者:梦镜谷雨 萌新第二次写帖子,请多多包涵.末尾附上相应代码(PS公司繁体系统所以部分注释繁体请别介意). 因自带控件不美观,于是网上参考学习了些代码做了个按钮类.可以载入通过资源的ID加载也可以通过外部动态加载PNG图片,可以选择半透明贴膜效果. 参考代码:https://blog.csdn.net/qq_16123279/article/details/82858238 参考代码:https://blog.csdn.net/zhon…

mysql使用sql语句查询数据库所有表注释已经表字段注释(转载)   场景: 1. 要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2. 要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t…

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel…

一.pycharm设置字体大小/风格 选择 File –> setting –> Editor –> Font ,可以看到如上界面,可以根据自己的喜好随意调整字体大小,字体风格,文字行间距,设置之后下面的窗口能够实时预览,调整都比较方便,很简单(上面这个是我自己的配置). 二.pycharm设置背景颜色 选择 File –> setting –> Editor –> Color Scheme –> General ,可以看到如上界面,可以根据自己的喜好Scheme…

一.基础介绍 1.简介 一个基于GIT的源码托管解决方案 基于rubyonrails开发 集成了nginx postgreSQL redis sidekiq等组件 2.安装要求 2g内存以上,有点占内存,我的2g内存创建项目适合就报503错误,调大一点就正常了 这里使用centos7 64位 3.默认用户 root/5iveL!fe,正常部署好登陆回要求改密码 4.常用命令 gitlab-ctl status gitlab-ctl start gitlab-ctl stop    gitlab-…