基础性质概念 后缀自动机:S的SAM是个DAG,每个节点叫状态,每条带字符ch边表示+ch转移,从开始节点往下,任何一条路径都会对应一个S的子串. 不过为什么要叫"后缀"自动机呢? endpos集合:endpos(s)={s的所有右端点}[s为S的一个子串] 状态(节点):把endpos{}相同的等价类归为一个状态. 边(ch[u][x]):上面定义也说过,状态u中每个s+x集合构成的状态. 推论1:一个等价类中的两个s满足后缀关系.如果不满足,那么存在endpos{}不同. 推论2:…

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8fcd775901019mi4.html 感觉自己看这个终于觉得能看懂了!也能感受到后缀自动机究竟是一种怎样进行的数据结构了... 笔者自己的话会用楷体表示出来...[说不定能帮助大家理解,但是可能也破坏了大家的自主理解力?所以...看不懂的话再来看好咯...] 常用的字符串处理工具: 1.       整词索引:排序+二分:Hash表.可以解决整词匹配,但不支持前缀搜索:Hash表在模式串定长的情况下可以用RK解决多模式…

在linux下面工作,有些命令能够大大提高效率.本文就向大家介绍find.grep命令,他哥俩可以算是必会的linux命令,我几乎每天都要用到他们.本文结构如下: find命令 find命令的一般形式 find命令的常用选项及实例 find与xargs grep命令 grep命令的一般形式 grep正则表达式元字符集(基本集) grep命令的常用选项及实例 1.find命令 find命令是一个无处不在命令,是linux中最有用的命令之一.find命令用于:在一个目录(及子目录)中搜索文件,你可以…

本文只是一个创业指南的简明版 - 更详细的版本请查看:http://startupclass.samaltman.com 创业之前,你更应该去拥有一个好的创意,而不是一个公司.如果开始前你拥有一个好的创意或者项目的话,风险将会更低而且你期间会对你听起来稀奇古怪但又有潜在可能做大的创意进行更多的享受.创立一个公司最好的方法是先拥有一个有意思的项目. 反过来看,如果你是先创建了一个公司的话,你会对你过快的投入到你的创意充满压力.如果这仅仅是一个创意,一个项目的话,你就可以投入更多的时间在对该想法的的…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

题目链接 \(Click\) \(Here\) 设一个串\(s\)在\(A\)中出现\(cnt[s][1]\)次,在\(B\)中出现\(cnt[s][2]\)次,我们要求的就是: \[\sum cnt[s][1]*cnt[s][2]\] 在\(SAM\)这种把多个串用一个点表示的东西里,答案就变成了这个 \[\sum cnt[s][1] * cnt[s][2] * (len[fa[s]]-len[s])\] 其中的\(cnt\)求法,听说好像可以两个串隔开求?但是我不太会.学了一下用广义\(SA…

帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询. 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结果是一个pair-end比对的末端 4? 没有找到位点 8? 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16? 在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32? 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64…

正好写这个博客和我的某个别的需求重合了...我就来讲一讲SAM啦qwq 后缀自动机,也就是SAM,是一种极其有用的处理字符串的数据结构,可以用于处理几乎任何有关于子串的问题,但以学起来异常困难著称(在机房里,最先学会SAM的永远是大佬(比如litble和zyf(他在退役前就学了))). 但是!!!当你学了SAM并熟练地刷了几道题后,你会发现--你之前为了学SAM而强行理解的许多定理,对你应用SAM一点用处也没有!为了引出构造算法,几乎所有博客都会详细地解释"你为啥要这样做",然鹅...…

display cpu-usage命令用来查看设备CPU占用率的统计信息,以及各个进程的cpu占用率. 各个进程详细说明如下,不同软件版本.盒式和框式的cpu进程略有不同,详细信息可以查看手册中的命令参考,有关display cpu-usage命令的介绍. BUFM:输出调试信息的任务 1731:实现Y1731协议栈,管理协议状态机,维护协议相关的数据库 _EXC:系统异常事件处理任务 _TIL:监控.处理软件异常导致的死循环 AAA:认证/计费/授权,实现与UCM.RADIUS等模块进行交互,…

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)…

在linux下面工作,有些命令能够大大提高效率.本文就向大家介绍find.grep命令,他哥俩可以算是必会的linux命令,我几乎每天都要用到他们.本文结构如下:find命令 find命令的一般形式 find命令的常用选项及实例 find与xargs grep命令 grep命令的一般形式 grep正则表达式元字符集(基本集) grep命令的常用选项及实例 1.find命令find命令是一个无处不在命令,是linux中最有用的命令之一.find命令用于:在一个目录(及子目录)中搜索文件,你可以指定…

1).系统安全基本设置 1.安装说明:系统全部NTFS格式化,重新安装系统(采用原版win2003),安装杀毒软件(Mcafee),并将杀毒软件更新,安装sp2补钉,安装IIS(只安装必须的组件),安装SQL2000,安装.net2.0,开启防火墙.并将服务器打上最新的补钉. 2).关闭不需要的服务 Computer Browser:维护网络计算机更新,禁用 Distributed File System: 局域网管理共享文件,不需要禁用 Distributed linktracking cli…

终于遇到了一道后缀数组不能过 一定要学SAM的题... (看了半个下午+半个上午) 现在总结一下(是给我自己总结..所以只总结了我觉得重要的 .. 看不太懂的话可以To   http://blog.csdn.net/clover_hxy/article/details/53758535  图文并茂 或者 去看更长更详细的陈立杰PPT   http://wenku.baidu.com/link?url=9YEHHchtr0vyGGDZAcsMYPI3l_Q82UNPuS4KqkfrlG_t5NFk…

[详细][转]C#中理解委托和事件   文章是很基础,但很实用,看了这篇文章,让我一下回到了2016年刚刚学委托的时候,故转之! 1.委托 委托类似于C++中的函数指针(一个指向内存位置的指针).委托是C#中类型安全的,可以订阅一个或多个具有相同签名方法的函数指针.简单理解,委托是一种可以把函数当做参数传递的类型.很多情况下,某个函数需要动态地去调用某一类函数,这时候我们就在参数列表放一个委托当做函数的占位符.在某些场景下,使用委托来调用方法能达到减少代码量,实现某种功能的用途. 1.1.自定义…

不多说,直接上干货! 说在前面的话 注意啦:Meterpreter的命令非常之多,本篇博客下面给出了所有,大家可以去看看.给出了详细的中文 由于篇幅原因,我只使用如下较常用的命令. 这篇博客,利用下面的这个xploit/windows/browser/ms10_046_shortcut_icon_dllloader漏洞来带领大家. 前期博客 Kali linux 2016.2(Rolling)里Metasploit连接(包括默认和自定义)的PostgreSQL数据库 Kali linux 201…

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

转载请附上本文链接:https://www.cnblogs.com/acgoto/p/11570188.html 一.前言 为了安装caffe,本人已经在centos7.x上试错了1次,目前弃疗~:在Ubuntu18.04上试错了3次,目前也弃疗~不是我懒,说实话,bug是真tm多,问问度娘,自己体会体会~我一向喜欢安装最新版本的软件,但是关于最新版本软件的文章少之又少,也因此受尽各种折磨.......即使有,我想要解决的bug不一定是别人出现的bug......,然后就会用各种各样的办法搜遍天…

部分改编自OI WIKI 先从一个简单的问题入手: 给定一个串,构造一个图,使其能够表示它的所有子串. 显然一个子串就是一个后缀的前缀.所以一个很显然的方式就是把所有后缀扔进trie里. 比如当前串是aaba. 但是我们发现,这样是不是有点浪费?比如"ba"这个字符串好像在里面出现了三遍. 既然树型结构已经不能更优了,那么我们不妨另辟蹊径,考虑能不能找到一个算法,用一个DAG代替这个trie树.比如将上述三个红色圆圈合并,可以变成: 答案是肯定的.这个算法就是SAM. 先在这里展示一些…

后缀自动机(SAM) 为了方便,我们做出如下约定: "后缀自动机" (Suffix Automaton) 在后文中简称为 SAM . 记 \(|S|\) 为字符串 \(S\) 的长度. 记 \(\sum\) 为字符集,记 \(|\sum|\) 为字符集大小. 关于 SAM 的复杂度证明在 OI Wiki 上已经很全面了,这里只是希望可以帮助大家理解 SAM 是如何工作的以及一些应用,对这些不再多做证明. 在前几个部分中,你只需要跟着笔者给出的构建好的 SAM 图理解某些定义,不需要知道…

最近自己实现了一个ZIP压缩数据的解压程序,觉得有必要把ZIP压缩格式进行一下详细总结,数据压缩是一门通信原理和计算机科学都会涉及到的学科,在通信原理中,一般称为信源编码,在计算机科学里,一般称为数据压缩,两者本质上没啥区别,在数学家看来,都是映射.一方面在进行通信的时候,有必要将待传输的数据进行压缩,以减少带宽需求:另一方面,计算机存储数据的时候,为了减少磁盘容量需求,也会将文件进行压缩,尽管现在的网络带宽越来越高,压缩已经不像90年代初那个时候那么迫切,但在很多场合下仍然需要,其中一个原因是…

SASS安装及使用(sass教程.详细教程) 采用SASS开发CSS,可以提高开发效率. SASS建立在Ruby的基础之上,所以得先安装Ruby. Ruby的安装: 安装 rubyinstaller-2.3.0-x64.exe 注:在安装的时候,请勾选Add Ruby executables to your PATH这个选项,添加环境变量,不然以后使用编译软件的时候会提示找不到ruby环境. SASS的安装: 安装完ruby之后,在开始菜单中,找到刚才我们安装的ruby,打开Start Comm…

题外话 虽然这个标题很惊悚,不过还是把你骗进来了,哈哈-各位看官不要着急,耐心往下看 Git是什么 Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统. SVN与Git的最主要的区别 SVN是集中式版本控制系统,版本库是集中放在中央服务器的,而干活的时候,用的都是自己的电脑,所以首先要从中央服务器哪里得到最新的版本,然后干活,干完后,需要把自己做完的活推送到中央服务器.集中式版本控制系统是必须联网才能工作,如果在局域网还可以,带宽够大,速度够快,如果在互联网下,如果网速慢的话,就纳闷了. Git是分布…

本文链接:http://www.ydcss.com/archives/18 gulp详细入门教程 简介: gulp是前端开发过程中对代码进行构建的工具,是自动化项目的构建利器:她不仅能对网站资源进行优化,而且在开发过程中很多重复的任务能够使用正确的工具自动完成:使用她,我们不仅可以很愉快的编写代码,而且大大提高我们的工作效率. gulp是基于Nodejs的自动任务运行器, 她能自动化地完成 javascript/coffee/sass/less/html/image/css 等文件的的测试.检查…

前面的话   搜索了好多文档后,才成功地安装了sublime text3的nodejs插件.为了存档,也为了方便有同样需求的朋友,将其安装过程详细记录如下 安装nodejs 虽然nodejs官网提供了node的msi文件,但本人在win7系统下多次尝试,均无法安装成功,且会有your system has not been modified...的提示.最终本人使用了另一种方法成功安装了nodejs 1.下载node.exe 2.下载最新版本的npm zip格式压缩包 3.在硬盘某个位置,如D盘…

一.写在前面 现在越来越多的API接口要求都要求提供我们的项目SHA1值,开发版目前还要求不高,但是发布版是必定要求的.而目前定位在各大APP中也较为常见,当下主流的百度地图和高德地图都在申请的时候会出现下面的情况. 那么,这个sha1到底怎么获取呢? 下面给大家带来android studio 怎么获取它,Eclipse的可以通过配置gradle来设置,既然android studio慢慢的成为了主流,这里就只讲解android studio下的获取方式吧.还请使用Eclipse的看官老爷自行…

转自:http://www.educity.cn/shujuku/404120.html 成功安装Oracle  11g数据库后,你会发现自己电脑运行速度会变慢,配置较低的电脑甚至出现非常卡的状况,通过禁止非必须开启的Oracle服务可以提升电脑的运行速度.那么,具体该怎么做呢? 按照win7 64位环境下Oracle 11g R2安装详解中的方法成功安装Oracle 11g后,共有7个服务,分别为Oracle ORCL VSS  Writer Service,OracleDBConsoleor…

刚看了反应堆模式的原理,特意复习了socket编程,本文主要介绍python的基本socket使用和select使用,主要用于了解socket通信过程 一.socket模块 socket - Low-level networking interface This module provides access to the BSD socket interface. It is available on all modern Unix systems, Windows, MacOS, and pr…

前记:  毕业两年了,前两天换了份工作,由以前的传统行业跳到了互联网行业.之前的公司一直在用WinServer2003+Tomcat+SqlServer/Oracle这套部署环境.对于Linux+Tomcat(或其他容器)+Mysql这套之前没用用过.所以利用这周末的我在阿里云上49元搞了个linux(centos 64位)的服务器. 刚开始先装了JDK1.6,安装了Tomcat6.0.这过程中没有遇到太大的问题, 小问题也google一下就解决了.而周六晚上开始安装Mysql,于是到今天下午为…

MemCache是什么 MemCache是一个自由.源码开放.高性能.分布式的分布式内存对象缓存系统,用于动态Web应用以减轻数据库的负载.它通过在内存中缓存数据和对象来减少读取数据库的次数,从而提高了网站访问的速度.MemCaChe是一个存储键值对的HashMap,在内存中对任意的数据(比如字符串.对象等)所使用的key-value存储,数据可以来自数据库调用.API调用,或者页面渲染的结果.MemCache设计理念就是小而强大,它简单的设计促进了快速部署.易于开发并解决面对大规模的数据缓存的…