pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys…

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm…

Python通过调用windows命令行处理sam文件 以samtools软件为例 一.下载或者索取得到windows版本的samtools软件,解压后如下: 进入文件内部,有如下几个文件: 二.将samtools设置环境变量: 上图是设置环境变量的窗口,建议在 系统变量里更改,这样即使变更用户名,环境变量依然有效. 在cmd中输入samtools,出现samtools的命令说明,表明环境变量成功 三. 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令: A.将sam转化为bam文件  Samt…

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2…

不废话,直接上如何利用Asp.NET操作XML文件,并对其属性进行修改,刚开始的时候,是打算使用JS来控制生成XML文件的,但是最后却是无法创建文件,读取文件则没有使用了 index.aspx 文件 <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="index.aspx.cs" Inherits="XmlManager.index" %> <!…

同意文件操作同意文件的问题在于逻辑有些地方不合适,如果多个线程同时写入,在不加锁的情况下,可能导致得到结果不如意,为了安全,和脏读(数据库的词),应该使用排他锁,这就意味着每次只能被一个线程操作.其他线程只能等待,如果超时则会报错. 关键函数: fopen() // 打开文件或一个http地址,形成一个文件流 flock() // 对文件加锁及解锁 fwrite() // 对文件读写操作 fclose() // 关闭文件流 fopen() resource fopen ( string $fil…

Java生成和操作Excel文件   JAVA EXCEL API:是一开放源码项目,通过它Java开发人员可以读取Excel文件的内容.创建新的Excel文件.更新已经存在的Excel文件.使用该API非Windows操作系统也可以通过纯Java应用来处理Excel数据表.因为它是使用Java编写的,所以我们在Web应用中可以通过JSP.Servlet来调用API实现对Excel数据表的访问. 下载: 官方网站 http://www.andykhan.com/jexcelapi/ 下载最新版本…

平时自诩为使用.NET做开发,但是实际上从一开始学习C#直到现在除了做个几个不登大雅之堂的小网站,做过几个winform程序和几个控制台应用程序,真的没有踏踏实实地用.NET开发过某些属于自己的东西. 除了之前写的一个Extjs开发MIS系统的系列文章涉及到的实验室框架程序,真的用到了开发较完整的系统流程涉及到的开发模式和设计模式,具体的作用的设计流程就不细说了,那些是一个系统的东西,一两句话说不完. 于是就将平时自己整理的一些东西拿出来做一个系列,当做笔记留下来,供以后查阅算了. 一.抓取网页…

JAVA EXCEL API:是一开放源码项目,通过它Java开发人员可以读取Excel文件的内容.创建新的Excel文件.更新已经存在的Excel文件.使用该API非Windows操作系统也可以通过纯Java应用来处理Excel数据表.因为它是使用Java编写的,所以我们在Web应用中可以通过JSP.Servlet来调用API实现对Excel数据表的访问. 下载: 官方网站 http://www.andykhan.com/jexcelapi/ 下载最新版本(本人下的是jexcelapi_2_6…

终端输入: /usr/libexec/PlistBuddy -c "Print CFBundleIdentifier" /Users/achen/Desktop/testBundle/testBundle/Info.plist /usr/libexec/PlistBuddy 是系统工具的命令,用于操作plist文件. -c "Print CFBundleIdentifier" ,这里的CFBundleIdentifier 可以被替换为其他键值. /Users/ach…