Dr. Andrew Paul HutchinsDepartment of BiologySouthern University of Science and Technology, Shenzhen, China Every cell contains all of the DNA to encode the plethora of cell types that make up the cells and tissues of the organism. Yet, the vast majo…

Interspecies genomic comparison 因为脊椎动物诞生早,在演化过程中有Macroevolution(因为自然选择或遗传漂变导致持续突变同时表型发生改变),但是存在一种基因缺失是因为基因的沉默现象(发生在中性位点),所以不易该基因是否有功能.比较基因组学在这里可以用于研究种群进化,基因型与表型的关系. 选择具有代表性的物种基因(高质量assembly)可以加剧基于共同背景(比如都吃竹子)的差异.Eg:浣熊与熊猫:虽然基因型不同,但有相同表型.Eg:负鼠基因组与人类,狗和…

由数据库导出的数据是格式化数据,如下所示,每两个<REC>之间的数据是一个记录的所有字段数据,如<TITLE>.<ABSTRACT>.<SUBJECT_CODE>.但是每条记录中可能某些字段信息为空, 在导出的文本文件中,就会缺失这个字段,如记录3,缺失<ABSTRACT>这个字段,记录4,缺失<SUBJECT_CODE>这个字段. <REC>(记录1) <TITLE>=Regulation of the pr…

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记. ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应).组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构. 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslin…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

文献名:A Systems-Level Characterization of the Differentiation of Human Embryonic Stem Cells into Mesenchymal Stem Cells(人类胚胎干细胞到间充质干细胞的分化的系统性表征) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年10月) 单位: Camargo Cancer Center University of Southern Denmar…

ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements 目标:按不同组织,收集人类(还有小鼠.worm.fly)基因组里面的所有功能元件 The primary goal of the ENCODE project is to determine the role of the remaining component of the genome, much of which was traditionally regarded as "junk." 所包含的数据: 文…

sequencing:使用二代测序原因:高通量,短序列 不用长序列原因: 1.算法错误率高 2.长序列测序将嵌合体基因错误积累.嵌合体基因:通过重组由来源与功能不同的基因序列剪接而形成的杂合基因 sequencing: 增多的total length>N>gap>missing in genome The reads with a frequency > 1 were called duplicated reads, and we defined the duplication r…

Systematic LncRNA Classification From: http://www.arraystar.com/Services/Services_main.asp?ID=307 Analyzing the genomic context of LncRNAs can help predict their functional role. According to the relationship between LncRNAs and their associated prot…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

最近在学习 python 语言.大致学习了 python 的基础语法.觉得 python 在数据处理中的地位和它的 list 操作密不可分. 特学习了相关的基础操作并在这里做下笔记. ''' Python --version  Python 2.7.11 Quote : https://docs.python.org/2/tutorial/datastructures.html#more-on-lists Add by camel97 2017-04 ''' list.append(x) #在列…

一.设置等待 #coding=utf-8 from selenium import webdriver from selenium.webdriver.support.ui import WebDriverWait from time import sleep driver=webdriver.Chrome() driver.get('http://www.baidu.com') #添加智能等待 driver.implicitly_wait(3) driver.find_element_by_i…

本文转自:https://www.rpatraining.co.in/blue-prism-interview-questions/ What is a Visual Business Object? The role of a VBO is to act as an adapter to the user interface of a specific application. To accomplish this,each VBO has three main parts: A connec…

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本).像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了…

A method and apparatus enable Internet of Things (IoT) services based on a SMART IoT architecture by integrating connectivity, content, cognition, context, cloud, and collaboration. Joint optimization of a combination of any of connectivity, content,…

1950年Barbara Mclintock 首次在玉米中发现转座子(TEs),并由此获得诺贝尔奖.尽管长期被认为是垃圾DNA,但现在TEs被广泛认可是宿主基因组演化的重要推动力.它们可引起包含基因重复(gene duplication)在内的各种遗传突变,从而影响生物的进化轨迹. 转座子类型众多,包含non-LTR(Long Terminal Repeat)型逆转座子. LTR型逆转座子.Helitron型DNA转座子.TIR(Terminal Inverted Repeat)型DNA转座子等…

巨噬细胞 (macrophage, Mϕ) 是先天免疫系统中重要的免疫细胞,也是血液.淋巴和所有哺乳动物组织类型中最常见的吞噬细胞,具有极强的功能多样性.其中,肿瘤微环境组织中存在的巨噬细胞也被称作肿瘤相关巨噬细胞 (tumor-associated macrophages, TAMs).一般来说,在不同生理病理因素刺激下,巨噬细胞可分化成两种极化状态,即经典活化的M1型和替代活化的M2型.其中,M1型参与促炎反应,同时也发挥抗肿瘤活性,而M2型则参与抗炎反应,并能通过肿瘤免疫抑制等作用促进肿瘤…

ThreadLocal是Java语言提供的用于支持线程局部变量的类.所谓的线程局部变量,就是仅仅只能被本线程访问,不能在线程之间进行共享访问的变量(每个线程一个拷贝).在各个Java web的各种框架中ThreadLocal几乎已经被用烂了,spring中有使用,mybatis中也有使用,hibernate中也有使用,甚至我们写个分页也用ThreadLocal来传递参数......这也从侧面说明了ThreadLocal十分的给力. 从使用者的角度而言,一般我们可以将ThreadLocal看做是一…

一:OpenXml Sdk 简介 Open XML标准的简单介绍:Ecma Office Open XML(“Open XML”)是针对字处理文档.演示文稿和电子表格的国际化开放标准,可免费供多个应用程序在多个平台上实现.Microsoft Office(2007.2003.XP.2000).OpenOffice Novell Edition.开源项目 Gnumeric.Neo-Office 2.1 和 PalmOS (Dataviz) 已经支持 Open XML.Corel 已经宣布在 Wor…

什么是Open Xml SDK? 什么是Open Xml? 首先,我们得知道,Open Xml为何物? 我们还是给她起个名字——就叫 “开放Xml”,以方便我们中文的阅读习惯.之所以起开放这个名字,因为以前有接触过Open Authorization,可以称为开放授权,比如OpenID之类的. “Open XML标准的简单介绍:Ecma Office Open XML(“Open XML”)是针对字处理文档.演示文稿和电子表格的国际化开放标准,可免费供多个应用程序在多个平台上实现.Microso…

Just wanted to share some experiences remaping all the ECUs in my F11 2010 BMW, hopefully other BMW owners can benefit from this. Order of ENET cable and E-Sys download My E-Sys ENET cable is ordered from this site for $15.6, with freight included: h…

本文转载自:http://blog.csdn.net/jcodeer/article/details/1823548 '''Tkinter教程之Event篇(2)''''''5.测试离开(Leave)事件'''# -*- coding: cp936 -*-# leave:鼠标离开时产生此事件from Tkinter import *root = Tk()def printCoords(event):    print event.x,event.y# 创建第一个Button,并将它与Enter事…

强化学习(Reinforcement Learing),机器学习重要分支,解决连续决策问题.强化学习问题三概念,环境状态(Environment State).行动(Action).奖励(Reward),目标获得最多累计奖励.强化学习模型根据环境状态.行动和奖励,学习出最佳策略,以最终结果为目标,不能只看某个行动当下带来的利益,还要看行动未来带来的价值. AutoEncoder属于无监督学习,MLP.CNN.RNN属于监督学习,强化学习目标变化.不明确,或不存绝对正确标签. Google Dee…

Table of Contents Practical Process Control Proven Methods and Best Practices for Automatic PID Control I. Modern Control is Based on Process Dynamic Behavior (by Doug Cooper) 1) Fundamental Principles of Process Control Motivation and Terminology of…

介绍 WPF带来了很多传统 Windows 应用程序没有的新特性和选择.我们已经讨论了一些 WPF 的特性,是时候更进一步介绍其他特性了.当你读完这个系列之前的文章,我希望你已经或多或少地了解了 WPF 的体系结构,边框,效果,转换,标记扩展等. 在这篇文章中,我将介绍一种新的支撑 WPF 属性系统的属性系统.我们将介绍通过全新的依赖属性你可以怎么容易地创建自定义回调,附加属性,应用动画和样式等.最后,我将讨论前文中遗留的绑定选择问题.我希望你能喜欢这篇文章,就像这个系列中其他的文章一样. 新的…

深度强化学习的18个关键问题 from: https://zhuanlan.zhihu.com/p/32153603 85 人赞了该文章 深度强化学习的问题在哪里?未来怎么走?哪些方面可以突破? 这两天我阅读了两篇篇猛文A Brief Survey of Deep Reinforcement Learning 和 Deep Reinforcement Learning: An Overview ,作者排山倒海的引用了200多篇文献,阐述强化学习未来的方向.原文归纳出深度强化学习中的常见科学问题,…

3. 什么是SDN?(WHAT IS SOFTWARE-DEFINED NETWORKING?) The term SDN was originally coined to represent the ideas and work around OpenFlow at Stanford University, Stanford, CA, USA [24]. As originally defined, SDN refers to a network architecture where the…

2008 SCI 影响因子(Impact Factor) Excel download 期刊名缩写 影响因子 ISSN号 CA-CANCER J CLIN 74.575 0007-9235 NEW ENGL J MED 50.017 0028-4793 ANNU REV IMMUNOL 41.059 0732-0582 NAT REV MOL CELL BIO 35.423 1471-0072 PHYSIOL REV 35.000 0031-9333 REV MOD PHYS 33.985 00…