DNA解链统计物理

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来源:Kerson Huang, Lectures on Statistical Physics and Protein Folding, pp 24-25 把双链DNA解开就像拉拉链.设DNA有\(N\)个链环(link),每个链环有两种状态:闭合着或打开着,后一种状态比前一种状态的能量高\(\Delta\).打开的链环连续地排在一起,闭合的链环连续地排在一起,如下图所示.由于热涨落,链环会自发闭合或打开.问:打开的链环平均有多少? DNA的拉链模型 DNA的可能状态用打开的链环数目标记,\(…

SQL Server中STATISTICS IO物理读和逻辑读的误区

SQL Server中STATISTICS IO物理读和逻辑读的误区大家知道,SQL Server中可以利用下面命令查看某个语句读写IO的情况 SET STATISTICS IO ON 那么这个命令的结果显示的物理读.逻辑读的IO单位大小是多少,比如结果显示有物理读取次是代表对硬盘做了1次物理IO吗? 在回答这个问题之前,需要先普及几个常识在一般默认情况下 Windows的内存分页大小单位是4KB 数据库的最小读写单位是 8K页面 Windows操作系统的NTFS文件系统最小读写单位…

Performance Monitor4：监控SQL Server的IO性能

SQL Server的IO性能受到物理Disk的IO延迟和SQL Server内部执行的IO操作的影响.在监控Disk性能时,最主要的度量值(metric)是IO延迟,IO延迟是指从Application创建IO请求,到Disk完成IO请求的时间延迟.如果物理Disk不能及时完成IO请求,跟不上请求负载的速度,那么SQL Server就容易出现性能问题.SQL Server内部在执行一些特定的操作时,会和Disk做读写交互,这也会影响物理硬盘响应SQL Server的IO请求的性能,使查询进程处…

利用Caffe做回归(regression)

Caffe应该是目前深度学习领域应用最广泛的几大框架之一了,尤其是视觉领域.绝大多数用Caffe的人,应该用的都是基于分类的网络,但有的时候也许会有基于回归的视觉应用的需要,查了一下Caffe官网,还真没有很现成的例子.这篇举个简单的小例子说明一下如何用Caffe和卷积神经网络(CNN: Convolutional Neural Networks)做基于回归的应用. 原理最经典的CNN结构一般都是几个卷积层,后面接全连接(FC: Fully Connected)层,最后接一个Softmax层输…

机器学习&数据挖掘笔记_20（PGM练习四：图模型的精确推理）

前言: 这次实验完成的是图模型的精确推理.exact inference分为2种,求边缘概率和求MAP,分别对应sum-product和max-sum算法.这次实验涉及到的知识点很多,不仅需要熟悉图模型的representation,而且还需明白图模型的inference理论,大家可参考coursera课程:Probabilistic Graphical Models的课件和视频.多花点功夫去理解每行代码,无形之中会收获不少.新年第一篇博客,继续加油! 算法流程: Sum-product求条件概…

PRML读书会第十章 Approximate Inference（近似推断，变分推断，KL散度，平均场， Mean Field ）

主讲人戴玮 (新浪微博: @戴玮_CASIA) Wilbur_中博(1954123) 20:02:04 我们在前面看到,概率推断的核心任务就是计算某分布下的某个函数的期望.或者计算边缘概率分布.条件概率分布等等. 比如前面在第九章尼采兄讲EM时,我们就计算了对数似然函数在隐变量后验分布下的期望.这些任务往往需要积分或求和操作. 但在很多情况下,计算这些东西往往不那么容易.因为首先,我们积分中涉及的分布可能有很复杂的形式,这样就无法直接得到解析解,而我们当然希望分布是类似指数族分布这样具有共轭分…

透过统计力学，模拟软物质——EPJE专访2016年玻尔兹曼奖得主Daan Frenkel

原文来源:Eur. Phys. J. E (2016) 39: 68 2016年玻尔兹曼奖得主Daan Frenkel接受欧洲物理学报E专访,畅谈统计物理在交叉科学研究中的前所未有的重要性. 统计物理这个研究领域,在你看来,前景如何? 统计物理是物理各分支里对其他学科最具影响的一个分支,并且统计物理对其他学科的影响将继续增大.统计物理的定义比过去的定义宽泛得多.能用统计物理方法研究的任何问题都属于统计物理.统计物理与基因组学.进化论.生物学.数据分析.经济学.社会科学等等学科的边界在逐渐消失.还…