[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

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[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可.但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程. 安装这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse. lefse下载地址:https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/.这个网站有丰富的学习内容和教程,包括MetaPhIAn等流程,有时间去好好看看. lefse放在了bitbucket上,克隆…

Linux非root安装Python3以及解决SSL问题

说明接上一篇. [Linux]非root安装Python3及其包管理上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块,但因为一直装不上SSL模块,导致一些包无法安装,尝试了不少方法都失败了(网上好多教程都是错误的,或者是只针对有root权限的用户).这次重新编译Python3,并一次性解决SSL的问题. 升级Open SSL 首先删除上次安装好的python.上篇我们已知SSL模块安装失败是因为系统自带的OpenSSL版本太低,因此需要更新OpenSSL或者用LibreSSL来代替(后者我…

[Linux] 非root安装GCC9.1.0

说明一般Linux系统自带或公共的GCC版本都很低,如目前我们的服务器版本的GCC还停留在gcc-4.9.3,而官网已到达9.2版本(下载http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/) ,有些项目编译时需要更高版本的GCC,这时就需要自己额外安装一个了. 网上关于非 root用户的教程有很多,但大多数都很旧且不靠谱,我找到了几个比较实用的,总结一下,亲测有效. 安装GCC主要依赖三个库:GMP, MPFR 和MPC,另还有个ISL库(不知是否是必需).之前的旧版本可能需要手动依次安装…

[linux] 非root安装Python2及其模块

需求系统自带的python2版本太低,且没有想要的模块,非root用户无法安装.有些模块是python2写的,无法用python3,所以自己下载一个高版本的python2,可以自由下载模块. 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定,下了个2018年的修复版本. wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.15/Python-2.7.15.tgz tar -xzf Python-2.7.15.tgz cd Python-2.…

【Linux】非root安装Python3及其包管理

1. Python 3.8.1安装源码安装常规操作: wget -c https://www.python.org/ftp/python/3.8.1/Python-3.8.1.tgz tar -xvf Python-3.8.1.tgz mkdir -p /my/python/ cd Python-3.8.1 ./configure --prefix="/my/python/" make make install make后没报错,但出现了如下提示: Could not build t…

linux非root用户下安装软件，搭建生产环境

之前的用实验室的服务器,因为某些原因,使用的用户没有root权限.linux的非root用户很多软件无法安装,非常的不方便.我的方法是使用brew来代替系统的包管理工具.brew是最先用在mac上的包管理工具,可以将所有的包托管在user本地的环境内.下面的文档中运行的时候记得将用户名改成自己的. 1. 安装anaconda 下载官方anaconda python安装包(minicondo也行),将conda加入~/.bashrc的系统变量中(在安装中会提示你运行 conda init,点yes…