单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ…

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…

SimHash是什么 SimHash是Google在2007年发表的论文<Detecting Near-Duplicates for Web Crawling >中提到的一种指纹生成算法或者叫指纹提取算法,被Google广泛应用在亿级的网页去重的Job中,作为locality sensitive hash(局部敏感哈希)的一种,其主要思想是降维,什么是降维? 举个通俗点的例子,一篇若干数量的文本内容,经过simhash降维后,可能仅仅得到一个长度为32或64位的二进制由01组成的字符串,这一点…

NECAT 可用于ONT数据的纠错,组装,如果想对ONT long reads进行call SV,也可以使用necatsv. githup网址:https://github.com/xiaochuanle/NECAT/blob/master/README.md 安装 两种方法: 第一种方法 wget https://github.com/xiaochuanle/NECAT/releases/download/v0.0.1_update20200803/necat_20200803_Linux-a…

背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Denovo组装流程:原始数据--数据过滤--纠错--kmer分析--denovo组装. 组装测序策略:根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值,构建contig所需的数据量以及所需的构建的文库数量.对于植物基因组一般考虑的是大kmer(>31),动物一般在27左右,具体根据基因组情况调整.需要在短片段数据…

IP分片重组的分析和常见碎片攻击 v0.2http://www.nsfocus.net/index.php?act=magazine&do=view&mid=584 作者:yawl (mailto:yawl@nsfocus.com)主页:http://www.nsfocus.com日期:2000-09-12 一 前言 本文对linux的IP组装算法进行了分析,因为IP碎片经常用于DOS等攻击,在文章后面我结合 了一些攻击方法进行了更进一步的说明.内核主要参考版本是2.2.16,另外简要的介…

原文地址:http://www.cnblogs.com/best/p/5876559.html 目录 业务流程管理套件 字节码操作 集群管理 代码分析 编译器生成工具 构建工具 外部配置工具 约束满足问题求解程序 持续集成 CSV解析 数据库 数据结构 时间日期工具库 依赖注入 开发流程增强工具 分布式应用 分布式数据库 发布 文档处理工具 函数式编程 游戏开发 GUI 高性能计算 IDE 图像处理 JSON JVM与JDK 基于JVM的语言 日志 机器学习 消息传递 杂项 应用监控工具 原生开…