mfix mpi并行死锁问题探究

目前还没找到具体原因,只能先记录一下.(问题原因找到了) 分别用ubuntu14.04和ubuntu16.04测试,用的是笔记本,笔记本为双核四线程,用2线程并行计算:发现ubuntu16.04会在0.28057s时刻出现死锁,而ubuntu14.04在0.28057s时刻则会出现掉线程的问题: 上面是ubuntu16.04 上面是ubuntu14.04 但是,ubuntu16.04如果继续计算,会在后面依然出现死锁的情况,而ubuntu14.04继续计算以后则不会出现问题. 对于新安装的win…

【MPI学习2】MPI并行程序设计模式：对等模式 & 主从模式

这里的内容主要是都志辉老师<高性能计算之并行编程技术——MPI并行程序设计> 书上有一些代码是FORTAN的,我在学习的过程中,将其都转换成C的代码,便于统一记录. 这章内容分为两个部分:MPI对等模式程序例子 & MPI主从模式程序例子 1. 对等模式MPI程序设计 1.1 问题背景这部分以Jacobi迭代为具体问题,列举了三个求解Jacobi迭代问题的MPI对等模式程序. 这里需要阐明一下,书上的Jacobi迭代具体的背景可以参考这个内容:http://www.mcs.anl.g…

SQL Server并行死锁案例解析

并行执行作为提升查询响应时间,提高用户体验的一种有效手段被大家所熟知,感兴趣的朋友可以看我以前的博客SQL Server优化技巧之SQL Server中的"MapReduce", SQL Server优化器特性-位图过滤(Bitmap),然而正如我一直强调的,任何事物均有利弊,重点在于抉择.近日有朋友问我关于在今年7月份SQL Saturday中分享的并行执行中关于并行死锁的内容,这里我就详细解释下我举的实例中的并行死锁. 并行死锁我们可以理解为SQL Server的”BUG”,即按照…

【MPI学习6】MPI并行程序设计模式：具有不连续数据发送的MPI程序设计

基于都志辉老师<MPI并行程序设计模式>第14章内容. 前面接触到的MPI发送的数据类型都是连续型的数据.非连续类型的数据,MPI也可以发送,但是需要预先处理,大概有两类方法: (1)用户自定义新的数据类型,又称派生类型(类似定义结构体类型,但是比结构体复杂,需要考虑<类型,偏移量>两方面的内容) (2)数据的打包和解包(将不连续的数据给压缩打包到连续的区域,然后再发送:接受到打包数据后,先解包再使用) 这样做的好处,我猜一个是可以有效减少通信的次数,提高程序效率:另一方面可以减轻…

C++程序中调用MPI并行的批处理命令

问题来源:在使用MPI时,将程序并行实现了,运行时需要在dos窗口下输入批处理命令,以完成程序的执行. 如:mpiexec -localroot -n 6 d:/mpi/pro.exe 但每次这样挺麻烦的,就将批处理命令写在bat文件中,需要运行时直接双击运行bat文件即可. 但使用MPI实现的程序是软件功能的一部分,需要在软件使用过程中从软件中进行调用,实现MPI的并行处理,上面的方法就不可行了,上面的方法单独用还可以,但是要将功能集成在软件中,就需要另想办法了. 解决办法:system函数…

【MPI学习7】MPI并行程序设计模式：MPI的进程组和通信域

基于都志辉老师MPI编程书中的第15章内容. 通信域是MPI的重要概念:MPI的通信在通信域的控制和维护下进行 → 所有MPI通信任务都直接或间接用到通信域这一参数 → 对通信域的重组和划分可以方便实现任务的划分 (1)通信域(communicator)是一个综合的通信概念.其包括上下文(context),进程组(group),虚拟处理器拓扑(topology).其中进程组是比较重要的概念,表示通信域中所有进程的集合.一个通信域对应一个进程组. (2)进程(process)与进程组(group)…

【MPI学习5】MPI并行程序设计模式：组通信MPI程序设计

相关章节:第13章组通信MPI程序设计. MPI组通信与点到点通信的一个重要区别就是:组通信需要特定组内所有成员参与,而点对点通信只涉及到发送方和接收方. 由于需要组内所有成员参与,因此也是一种比较复杂的通信方式.程序员在设计组通信语句的时候,需要同时考虑两点: a. 程序运行起来之后,当前正在运行的进程的行为方式 b. 将组通信作为一个整体,考虑所有进程的行为方式 (1)概述组通信从功能上实现了三个方面: a. 通信:完成组内数据传输(广播.收集.散发.组收集.全互换各种数据交换传输方式)…

【MPI学习4】MPI并行程序设计模式：非阻塞通信MPI程序设计

这一章讲了MPI非阻塞通信的原理和一些函数接口,最后再用非阻塞通信方式实现Jacobi迭代,记录学习中的一些知识. (1)阻塞通信与非阻塞通信阻塞通信调用时,整个程序只能执行通信相关的内容,而无法执行计算相关的内容: 非阻塞调用的初衷是尽量让通信和计算重叠进行,提高程序整体执行效率. 整体对比见下图: (2)非阻塞通信的要素非阻塞通信调用返回意味着通信开始启动:而非阻塞通信完成则需要调用其他的接口来查询. 要素1:非阻塞通信的调用接口要素2:非阻塞通信的完成查询接口理想的非阻塞通信设计应…

【MPI学习3】MPI并行程序设计模式：不同通信模式MPI并行程序的设计

学习了MPI四种通信模式及其函数用法: (1)标准通信模式:MPI_SEND (2)缓存通信模式:MPI_BSEND (3)同步通信模式:MPI_SSEND (4)就绪通信模式:MPI_RSEND 四种通信模式的区别都在消息发送端,而消息接收端的操作都是MPI_RECV. 1.标准通信模式原理图如下标准通信模式由MPI决定是否用缓存. 如果MPI决定缓存将要发出的数据:发送操作不管接受操作是否执行,都可以进行:而且缓存结束后发送操作就可以返回,不需要等待接受操作收到数据如果MPI决定不缓…

MPI 并行奇偶交换排序 + 集合通信函数 Sendrecv() Sendvecv_replace()

▶ <并行程序设计导论>第三章的例子程序 ● 代码 #include <stdio.h> #include <mpi.h> #include <stdlib.h> , localSize = * , globalSize = nProcess * localSize; int compare(const void *a, const void *b) { return *(int *)a - *(int *)b; }// 用于快排的回调函数 void mer…

学习MPI并行编程记录

简单的MPI程序示例首先,我们来看一个简单的MPI程序实例.如同我们学习各种语言的第一个程序一样,对于MPI的第一个程序同样是"Hello Word". /* Case 1 hellow.c */ #include <stdio.h> #include "mpi.h" int main( int argc, char *argv[] ) { int rank; int size; MPI_Init( argc, argv ); MPI_Comm…

GDB：从单线程调试到多线程调试（MFiX单步调试）

GDB:从单线程调试到多线程调试 1. 裸跑GDB 1.1 安装GDB sudo apt-get install gdb 1.2 编译程序由于需要调试,因此编译的时候需要添加-g编译参数: 1.3 GDB调试运行 1.4 常用调试参数进入上面那个界面以后,说明正常启动GDB了,目前只是GDB启动了,程序还没有跑起来,输入run可以让程序跑起来,但是这样程序就直接执行结束了,没有被逐行调试,没什么意义,因此通常需要先打断点,再启动程序.下面先列出常用的命令: 命令简写形式说明 list l…

第20/24周死锁（Deadlocking）

大家好,欢迎回到性能调优培训.今天讨论SQL Server里的死锁(Deadlocking),第5个月的培训就结束了.当2个查询彼此等待,没有查询可以继续它的工作就会发生死锁.第一步我会概括介绍下SQL Server如何处理死锁.最后我会向你展示下SQL Server里一些特定死锁,还有你如何避免并解决它们. 死锁处理(Deadlock Hanging) 死锁的好处是SQL Server会自动检测并解决它们.为了解决死锁,SQL Server需要回滚最便宜的2个事务.在SQL Server上下文…

MPI编程简单介绍

第三章MPI编程 3.1 MPI简单介绍多线程是一种便捷的模型,当中每一个线程都能够訪问其他线程的存储空间.因此,这样的模型仅仅能在共享存储系统之间移植.一般来讲,并行机不一定在各处理器之间共享存储,当面向非共享存储系统开发并行程序时,程序的各部分之间通过来回传递消息的方式通信.要使得消息传递方式可移植,就须要採用标准的消息传递库.这就促成的消息传递接口(Message Passing Interface, MPI)的面世,MPI是一种被广泛採用的消息传递标准[1]. 与OpenMP并行程序不…

mpi冒泡排序并行化

一.实验目的与实验要求 1.实验目的 (1)学会将串行程序改为并行程序. (2)学会mpich2的使用. (3)学会openmp的配置. (4)mpi与openmp之间的比较. 2.实验要求 (1)将串行冒泡程序局部并行化,以降低时间消耗. (2) 理论上求出时间复杂度之比,根据结果得出时间消耗之比,进行比对分析. 二.实验设备(环境)及要求 Vs2013,mpich2 三.实验内容与步骤 1.实验一 mpi并行 (1)实验内容 1.写出一个冒泡排序程序,求出其时间复杂度,并运行得到相应的时间消…

MPI编程简述

第三章MPI计划 3.1 MPI简单介绍多线程是一种便捷的模型,当中每一个线程都能够訪问其他线程的存储空间.因此,这样的模型仅仅能在共享存储系统之间移植. 一般来讲,并行机不一定在各处理器之间共享存储,当面向非共享存储系统开发并行程序时,程序的各部分之间通过来回传递消息的方式通信.要使得消息传递方式可移植,就须要採用标准的消息传递库. 这就促成的消息传递接口(Message Passing Interface, MPI)的面世.MPI是一种被广泛採用的消息传递标准[1]. 与OpenMP并行程…

MPI编程简介[转]

原文地址http://blog.csdn.net/qinggebuyao/article/details/8059300 3.1 MPI简介多线程是一种便捷的模型,其中每个线程都可以访问其它线程的存储空间.因此,这种模型只能在共享存储系统之间移植.一般来讲,并行机不一定在各处理器之间共享存储,当面向非共享存储系统开发并行程序时,程序的各部分之间通过来回传递消息的方式通信.要使得消息传递方式可移植,就需要采用标准的消息传递库.这就促成的消息传递接口(Message Passing Interfa…

在SQL Server里如何处理死锁

在今天的文章里,我想谈下SQL Server里如何处理死锁.当2个查询彼此等待时会发生死锁,没有一个查询可以继续它们的操作.首先我想给你大致讲下SQL Server如何处理死锁.最后我会展示下SQL Sever里特定的死锁类型,还有你如何避免和解决它们. 死锁处理死锁的好处是SQL Server自动检测并解决它们.为了解决死锁,SQL Server需要回滚2个事务中最便宜的那个.在SQL Server上下文中,最便宜的事务是写入事务日志更少字节的那个. SQL Server在后台进程中实现死锁…

SQL Server里如何处理死锁

使用 MPI for Python 并行化遗传算法

前言本文中作者使用MPI的Python接口mpi4py来将自己的遗传算法框架GAFT进行多进程并行加速.并对加速效果进行了简单测试. 项目链接: GitHub: https://github.com/PytLab/gaft PyPI: https://pypi.python.org/pypi/gaft 正文我们在用遗传算法优化目标函数的时候,函数通常都是高维函数,其导数一般比较难求取.这样我们的适应度函数计算通常都是比较费时的计算. 例如在使用遗传算法寻找最优结构时候通常需要调用量化软件进行…

SQL Server里如何处理死锁（转）

http://www.cnblogs.com/woodytu/p/6437049.html 在今天的文章里,我想谈下SQL Server里如何处理死锁.当2个查询彼此等待时会发生死锁,没有一个查询可以继续它们的操作.首先我想给你大致讲下SQL Server如何处理死锁.最后我会展示下SQL Sever里特定的死锁类型,还有你如何避免和解决它们. 死锁处理死锁的好处是SQL Server自动检测并解决它们.为了解决死锁,SQL Server需要回滚2个事务中最便宜的那个.在SQL Server上…

在CentOS上安装MPI以及MPI入门编程笔记

一.准备工作更新yum库 yum update 下载相关依赖包 yum install wget -y yum install gcc gcc-c++ gcc-fortran kernel-devel -y 二.下载并安装mpi安装包官网下载MPI 安装包(http://www.mpich.org/downloads/ )1.新建下载目录 mkdir /mpich-install 2.解压 tar -zxvf mpich-4.0.2.tar.gz 3.进入目录并编译安装 cd mpich-4…

（转）MySQL优化笔记（八）--锁机制超详细解析（锁分类、事务并发、引擎并发控制）

当一个系统访问量上来的时候,不只是数据库性能瓶颈问题了,数据库数据安全也会浮现,这时候合理使用数据库锁机制就显得异常重要了. 原文:http://www.jianshu.com/p/163c96983ca9 (一)MySQL优化笔记(一)--库与表基本操作以及数据增删改 (二)MySQL优化笔记(二)--查找优化(1)(非索引设计) (三)MySQL优化笔记(二)--查找优化(2)(外连接.多表联合查询以及查询注意点) (四)MySQL优化笔记(三)--索引的使用.原理和设计优化 (五)MySQ…

深入解析SQL Server并行执行原理及实践(上)

在成熟领先的企业级数据库系统中,并行查询可以说是一大利器,在某些场景下他可以显著的提升查询的相应时间,提升用户体验.如SQL Server, Oracle等, Mysql目前还未实现,而PostgreSQL在2015实现了并行扫描,相信他们也在朝着更健壮的企业级数据库迈进.RDBMS中并行执行的实现方式大抵相同,本文将通过SQL Server为大家详细解析SQL Server并行执行的原理及一些实践. 准备知识硬件环境-在深入并行原理前,我们需要一些准备知识,用以后面理解并行.首先是当下的硬件…

深入解析SQL Server并行执行原理及实践(下)

谈完并行执行的原理,咱们再来谈谈优化,到底并行执行能给我们带来哪些好处,我们又应该注意什么呢,下面展开. Amdahl’s Law 再谈并行优化前我想有必要谈谈阿姆达尔定律,可惜老爷子去年已经驾鹤先去了.…

普通用户ssh无密码登录设置

这段时间在做Hadoop的环境配置,用root用户只需要按照一定的步骤进行操作就可以直接实现无密码登录,但如果使用新建用户,怎么尝试都不行. 本帖大部分都是其他人帖子的内容.如果按照下面的步骤还是不能够用ssh无密码登录,很有可能是你的家目录的权限过于开放,看下用户的家目录,将家目录的权限设置一下.chmod 700 /home/hadoop/ 下面的是具体的设置条件.如果方便可以看下虾米的博客,挺不错的. http://www.cnblogs.com/xia520pi/archive/2012…