软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注…

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq…

我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon…

1 lint简介 1.1 概述 lint是随Android SDK自带的一个静态代码分析工具.它用来对Android工程的源文件进行检查,找出在正确性.安全.性能.可使用性.可访问性及国际化等方面可能的bugs和可优化提升的地方. 1.2 lint工作流程 针对我们的项目,通过lint.xml配置lint分析的选项,执行检查后,会针对要分析的issue生成报告. 2 lint使用 有关lint的使用,有以下地方需要理解: 2.1 分析的范围 要对Android项目进行静态分析,首先就是指定要分析…

性能测试排查定位问题,分析调优过程中,会遇到要分析gc日志,人肉分析gc日志有时比较困难,相关图形化或命令行工具可以有效地帮助辅助分析. Gc日志参数 通过在tomcat启动脚本中添加相关参数生成gc日志 -verbose.gc开关可显示GC的操作内容.打开它,可以显示最忙和最空闲收集行为发生的时间.收集前后的内存大小.收集需要的时间等. 打开-xx:+ printGCdetails开关,可以详细了解GC中的变化. 打开-XX: + PrintGCTimeStamps开关,可以了解这些垃圾收集发…

引言 本文为 Java 性能分析工具系列文章第三篇,这里将介绍如何使用 Java 任务控制器 Java Mission Control 深入分析 Java 应用程序的性能,为程序开发人员在使用 Java 任务控制器的时候提供帮助.第一篇:操作系统工具,第二篇:Java 内置监控工具. JMC 是在 JAVA 7u40 发布中加入的性能监控工具.使用过 JDK 6 中 JRockit JVM 的用户并不会陌生,因为它是 Java 7 中 JMC 功能的一部分.启动 JMC 后将会显示当前机器中的所…

引言 本文为 Java 性能分析工具系列文章第二篇,第一篇:操作系统工具.在本文中将介绍如何使用 Java 内置监控工具更加深入的了解 Java 应用程序和 JVM 本身.在 JDK 中有许多内置的工具,其中包括: jcmd:打印一个 Java 进程的类,线程以及虚拟机信息.适合用在脚本中.使用 jcmd - h 来查看使用方法. jconsole:提供 JVM 活动的图形化展示,包括线程使用,类使用以及垃圾回收(GC)信息. jhat:帮助分析内存堆存储. jmap:提供 JVM 内存使用信息…

引言 性能分析的前提是将应用程序内部的运行状况以及应用运行环境的状况以一种可视化的方式更加直接的展现出来,如何来达到这种可视化的展示呢?我们需要配合使用操作系统中集成的程序监控工具和 Java 中内置的监控分析工具来进行 Java 程序的性能分析.本文为系列文章,共三篇分别介绍这几类工具.在本文中将介绍操作系统中的性能监控工具. 操作系统中的程序性能监控工具并非只针对于 Java 程序,适用于所有运行其中的程序.在基于 UNIX 的操作系统中,有许多命令行工具可以用来监控程序的运行状况,例如 s…

测试环境:Ubuntu16.04(在VMWare虚拟机使用perf top存在无法显示问题) Kernel:3.13.0-32 系统级性能优化通常包括两个阶段:性能剖析(performance profiling)和代码优化.性能剖析的目标是寻找性能瓶颈,查找引发性能问题的原因及热点代码.代码优化的目标是针对具体性能问题而优化代码或编译选项,以改善软件性能. 在性能剖析阶段,需要借助于现有的profiling工具,如perf等.在代码优化阶段往往需要借助开发者的经验,编写简洁高效的代码,甚至在汇…

软件交流群:571171251(软件免费版本在群内提供) krpano技术交流群:551278936(软件免费版本在群内提供) 最新博客地址:blog.turenlong.com 限时下载地址:http://pan.baidu.com/s/1kVRW9AR 版本更新历史 1.2.0(2017.1.4) 1.新增:预览功能,krpano项目/普通网页可以无需打开服务器直接在工具中浏览2.新增:输入框中增加了右键菜单"粘贴"3.新增:krpano项目强力加密功能4.修正:解密时无法获取到k…