Problem The GC-content of a DNA string is given by the percentage of symbols in the string that are 'C' or 'G'. For example, the GC-content of "AGCTATAG" is 37.5%. Note that the reverse complement of any DNA string has the same GC-content. DNA s…

(Evaluate):检查reads,可使用比对软件:使用SOAPaligner重新排列:采用massively parallel next-generation sequencing technology,效果很好(因为覆盖率高,精度高) 重新做有何意义:此时不需要过高的测序深度,因为用原来的read向之前assembly的基因组上比对,此时的测序深度也可以自己设定,20X以上就很好. massively parallel next-generation sequencing technolo…

在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias. GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正. 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值, 然后将同一…

GC偏好 测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高, 在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少. 用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标,覆盖度作为纵坐标作图,可以明显的看到该趋势.这种趋势在100kb为单位的bin中依然存在.如图A中可以看出随着GC含量的增加,counts是先增加后减少,bin的大小为10kb.图C可以看出大部分片断的GC含量0.4到0.6之间. GC偏好也…

NCBI存在的问题: 数据用户的增长 软件开发受限 数据分析缺乏 有些传统束缚,仅用底层语言书写 Pangenome Open gene是随菌株数量增大而增大的gene,Closed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene. Mategenomics and longevity,例子:年轻人的粪便使得老年鱼活的时间更长 Genomics for precision medicine 研究碱基 GC content,三个氢键比较稳定(S) chargaff''s rule GC conten…

题目: 随便给定一条序列,如果GC含量超过65%,则认为高. 编程: from __future__ import division #整数除法 def is_gc_rich(dna): length = len(dna) G_count = dna.upper().count('G') C_count = dna.upper().count('C') GC_content = (G_count + C_count) / length if GC_content > 0.65: print('G…

2017-01-05 20:24:12,473 4652 INFO None odoo.service.db: Create database `hello`. 2017-01-05 20:24:16,351 4652 INFO hello odoo.modules.loading: loading 1 modules... 2017-01-05 20:24:16,516 4652 INFO hello odoo.modules.registry: module base: creating o…

上节学习回顾 1.判断对象存活算法:引用计数法和可行性分析算法 2.垃圾收集算法:标记-清除算法.复制算法.标记-整理算法 3.垃圾收集器: Serial:新生代收集器,采用复制算法,单线程. ParNew:新生代收集器,采用复制算法,多线程. Parallel Scavenge:新生代收集器,采用复制算法,多线程,注重吞吐量. Serial Old:老年代收集器,采用标记-整理算法,单线程. Parallel Old:老年代收集器,采用标记-整理算法,多线程,与Parallel Scaveng…

1NoSQL简述 CAP(Consistency,Availabiity,Partitiontolerance)理论告诉我们,一个分布式系统不可能满足一致性,可用性和分区容错性这三个需求,最多只能同时满足两个.关系型数据库通过把更新操作写到事务型日志里实现了部分耐用性,但带来的是写性能的下降.MongoDB等NoSQL数据库背后蕴涵的哲学是不同的平台应该使用不同类型的数据库,MongoDB通过降低一些特性来达到性能的提高,这在很多大型站点中是可行的.因为MongoDB是非原子性的,所以如果如果应…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…