利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件

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利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)…

python 利用三方的xlrd模块读取excel文件，处理合并单元格

目的: python能使用xlrd模块实现对Excel数据的读取,且按照想要的输出形式. 总体思路: (1)要想实现对Excel数据的读取,需要用到第三方应用,直接应用. (2)实际操作时候和我们实际平时打开一个文件进行操作一样,先找到文件-->打开文件-->定义要读取的sheet-->读取出内容. Excel处理合并单元格: 已存在合并单元格如下: xlrd中的 merged_cells 属性介绍: import xlrdworkbook = xlrd.open_workbook…

使用XML序列化器生成XML文件和利用pull解析XML文件

首先,指定XML格式,我指定的XML格式如下: <?xml version='1.0' encoding='utf-8' standalone='yes' ?> <message> <sms> <body> 陈驰0 </body> <date> 1462162910995 </date> <address> 1380 </address> <type> 1 </type> &…

PS常见错误-无法完成请求，因为文件格式模块不能解析该文件

无法完成请求,因为文件格式模块不能解析该文件将图片格式变成.jpg格式就可以了…

在java项目中怎样利用Dom4j解析XML文件获取数据

在曾经的学习.net时常常会遇到利用配置文件来解决项目中一些须要常常变换的数据.比方数据库的连接字符串儿等.这个时候在读取配置文件的时候.我们一般会用到一个雷configuration,通过这个类来进行直接读取,能够说这是程序中直接封装好的,包含配置文件里书写的格式等等.那么,假设.想要在配置文件里写一些其它的数据,直接以XML文件的格式进行书写.这个时候在后台怎样读取XML文件里的数据呢?这里利用Dom4j来解析XML文件里连接oracle数据库的xml数据. 在使用之前,首先要在自己的项目中…

利用kseq.h parse fasta/fastq 文件

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

安卓开发之利用XmlPullParser解析XML文件

package com.lidaochen.phonecall; import android.support.v7.app.AppCompatActivity; import android.os.Bundle; import android.util.Xml; import android.view.View; import android.widget.TabHost; import android.widget.TextView; import android.widget.Themed…