Spark2 生存分析Survival regression

在spark.ml中,实现了加速失效时间(AFT)模型,这是一个用于检查数据的参数生存回归模型. 它描述了生存时间对数的模型,因此它通常被称为生存分析的对数线性模型. 不同于为相同目的设计的比例风险模型,AFT模型更容易并行化,因为每个实例独立地贡献于目标函数. 当在具有常量非零列的数据集上匹配AFTSurvivalRegressionModel而没有截距时,Spark MLlib为常量非零列输出零系数. 这种行为不同于R survival :: survreg. 导入包 import org.…

生存分析(survival analysis)

一.生存分析(survival analysis)的定义生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科. 生存分析:既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对生存时间的分布特征进行描述,对影响生存时间的主要因素进行分析. 生存分析不同于其它多因素分析的主要区别点:生存分析考虑了每个观测出现某一结局的时间长短. 应用场景什么是生存?生存的意义很广泛,它可以指人或动物的存活(相对于死亡),可以是患者的病情正…

生存模型(Survival Model)介绍

https://www.cnblogs.com/BinbinChen/p/3416972.html 生存分析,维基上的解释是: 生存分析(Survival analysis)是指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断,研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法,也称生存率分析或存活率分析. 生存分析的方法也可以用在其他的商业应用中,比如顾客流失,等模型.大概可以从两个方向上去考虑生存分析的研究对象 1. 估计(各期的)生存函数,某个人病人可以活多久(e.g. 5…

BMDP为常规的统计分析提供了大量的完备的函数系统，如：方差分析（ANOVA）、回归分析（Regression）、非参数分析（Nonparametric Analysis）、时间序列（Times Series）等等。此外，BMDP特别擅于进行出色的生存分析（Survival Analysis ）。许多年来，一大批世界范围内顶级的统计学家都曾今参与过BMDP的开发工作。这不仅使得BMDP的权威性得到

BMDP是Bio Medical Data Processing的缩写,是世界级的统计工具软件,至今已经有40多年的历史.目前在国际上与SAS.SPSS被并称为三大统计软件包.BMDP是一个大型综合的数据统计集成系统,从简单的统计学描述到复杂的多变量分析都能应付自如.每一个BMDP程序的执行算法都经历了最为严酷的实际专业测试才被予以应用. BMDP为常规的统计分析提供了大量的完备的函数系统,如:方差分析(ANOVA).回归分析(Regression).非参数分析(Nonparametri…

survival analysis 生存分析与R 语言示例入门篇

原创博客,未经允许,不得转载. 生存分析,survival analysis,顾名思义是用来研究个体的存活概率与时间的关系.例如研究病人感染了病毒后,多长时间会死亡:工作的机器多长时间会发生崩溃等. 这里“个体的存活”可以推广抽象成某些关注的事件. 所以SA就成了研究某一事件与它的发生时间的联系的方法.这个方法广泛的用在医学.生物学等学科上,近年来也越来越多人用在互联网数据挖掘中,例如用survival analysis去预测信息在社交网络的传播程度,或者去预测用户流失的概率. R里面有很成熟…

WOE:信用评分卡模型中的变量离散化方法（生存分析）

WOE:信用评分卡模型中的变量离散化方法 2016-03-21 生存分析在做回归模型时,因临床需要常常需要对连续性的变量离散化,诸如年龄,分为老.中.青三组,一般的做法是ROC或者X-tile等等.今天介绍一种在信用卡评分系统中常用的连续变量离散化方法.目的是给大家在临床数据分析中提供一种借鉴思路. 最初接触信用卡评分系统是在2013年SAS中国数据分析大赛总决赛上,题目是用历史数据建立一个信用卡评分系统,其中的变量离散化技术主要用到WOE(Weight of Evidence)翻译过来叫证据…

R数据分析：生存分析与有竞争事件的生存分析的做法和解释

今天被粉丝发的文章给难住了,又偷偷去学习了一下竞争风险模型,想起之前写的关于竞争风险模型的做法,真的都是皮毛哟,大家见笑了.想着就顺便把所有的生存分析的知识和R语言的做法和论文报告方法都给大家梳理一遍. 什么时候用生存分析当你关心结局和结局发生时间的时候,就要考虑生存分析了,这种既有结局又有时间的数据叫做生存数据,英文叫做Time-to-event data. 只不过因为这个方法医学上用来分析存活情况用的多,所以得名生存分析,反正你就记住一个例子,我要研究汽车发生故障,我也应该用生存分析,因为…

Cox回归模型【生存分析】

参考:<复杂数据统计方法--基于R的应用> 吴喜之在生存分析中,研究的主要对象是寿命超过某一时间的概率.还可以描述其他一些事情发生的概率,例如产品的失效.出狱犯人第一次犯罪.失业人员第一次找到工作.青少年第一次吸毒等等. 生存函数S(t): S(t)=P(T>t)=1-P(T<=t),t>0 T:表示寿命的随机变量 t:特定时间综合生存函数图:用到包survival 案例:口腔癌数据实验分成两组: TX=1:仅放疗 TX=2:放疗+化疗 #读取数据 u=read.csv…

生存分析与R--转载

生存分析与R 生存分析是将事件的结果和出现这一结果所经历的时间结合起来分析的一类统计分析方法.不仅考虑事件是否出现,而且还考虑事件出现的时间长短,因此这类方法也被称为事件时间分析(time-to-event analysis).生存分析是医学领域中一个重要的内容,在肿瘤等疾病的研究中运用十分广泛. 1.生存分析中的重要概念生存分析的数据资料与其它一般的数据资料有一些不同的特征: 1. 其同时考虑生存时间和生存结局 2. 通常存在删失(censored)数据 3. 生存时间通常不服从生态分布.…

R语言学习 - 非参数法生存分析--转载

生存分析指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断,研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法,也称生存率分析或存活率分析.常用于肿瘤等疾病的标志物筛选.疗效及预后的考核. 简单地说,比较两组或多组人群随着时间的延续,存活个体的比例变化趋势.活着的个体越少的组危险性越大,对应的基因对疾病影响越大,对应的药物治疗效果越差. 生存分析适合于处理时间-事件数据,如下生存时间数据有两种类型: 完全数据 (complete data)指被观测对象从观察起点到出现终点事件所…

生存分析与R

生存分析与R 2018年05月19日 19:55:06 走在码农路上的医学狗阅读数:4399更多个人分类: R语言版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/weixin_40466280/article/details/80377317 生存分析与R 生存分析是将事件的结果和出现这一结果所经历的时间结合起来分析的一类统计分析方法.不仅考虑事件是否出现,而且还考虑事件出现的时间长短,因此这类方法也被称为事件时间分析(time-to-…

生存分析/Weibull Distribution韦布尔分布

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 医药统计项目合作请联系 QQ:231469242 测试脚本测试数据 T is an array of durations, E is a eith…

Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示. 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫图) | Logistic.Cox生存分析结果可视化,本文将简单的介绍如何使用R-survminer包绘制Cox生…

SPSS统计分析过程包括描述性统计、均值比较、一般线性模型、相关分析、回归分析、对数线性模型、聚类分析、数据简化、生存分析、时间序列分析、多重响应等几大类

https://www.zhihu.com/topic/19582125/top-answershttps://wenku.baidu.com/search?word=spss&ie=utf-8&lm=0&od=0 SPSS 18.0由17个功能模组组成: Base System 基础程式 Advanced Models 高等统计模组(GEE/GLM/存活分析) Regression Models 进阶回归模组 Custom Tables 多变量表格 Forecasting 时间序…

R|生存分析 - KM曲线，值得拥有姓名和颜值

本文首发于“生信补给站”:https://mp.weixin.qq.com/s/lpkWwrLNtkLH8QA75X5STw 生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段,而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值! 生存分析相关推文: 生存分析和KM曲线:R|生存分析(1) 分析结果一键输出:R|生存分析-结果整理时间依赖生存分析:R|timeROC-分析一数据和R包为方便,使用内置lung数据集 #载入所需的R包library("survival")library…

SPSS数据分析—生存分析

生存分析是对生存时间进行统计分析的一种技术,所谓生存时间,就是指从某一时间点起到所关心的事件发生的这段时间.这里的时间不一定就是钟表日历上的时间,也有可能是其他的度量单位,比如长度单位等. 生存时间有两个特点: 1.存在删失,是指由于某种原因导致生存时间没用被准确或完整的记录下来,这种情况很常见,如果不存在删失,那么生存分析和一般统计方法没用太大区别,但是一旦出现删失,就必须考虑其影响,一般统计方法将不再适用. 2.生存时间非负,且分布常常右偏,导致基于正态分布理论的常规统计方法不适用.用生存分…

SPSS学习笔记之——Kaplan-Meier生存分析

SPSS学习笔记之--Kaplan-Meier生存分析一.概述关于生存分析的相关概念,Kaplan-Meier用于估计生存函数,允许有一个分组变量进行生存率的组间比较,还容许一个分层变量.若不考虑其他混杂因素下生存分析的常用方法. 二.实例要研究某种新药治疗相对于常规药物治疗对生存率有无改善,收集以下数据: months:生存时间(单位月),为连续变量. group:1=治疗组,2=对照组 status:0=出现结局,1=失访,2=实验结束时仍存活三.操作步骤菜单选择: 主对话框:按图…

R包 survival 生存分析

https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html…

R生存分析AFT

γ = 1/scale =1/0.902 α = exp(−(Intercept)γ)=exp(-(7.111)*γ) > library(survival) > myfit=survreg(Surv(futime, fustat)~1 , ovarian, dist="weibull",scale=0) > summary(myfit) Call: survreg(formula = Surv(futime, fustat) ~ 1, data = ovarian,…

Stata极简生存分析

1. 导入数据 webuse drugtr,clear *webuse -- Use dataset from Stata website stset,clear *上一行命令导入进来的数据是"生存时间数据",会比最原始的数据多四列,这一行命令的目的是重置为原始数据,之所以这样做,是为了显示数据处理的全部过程 codebook drug codebook studytime codebook died codebook age *codebook -- Describe data co…

Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg 当然还有更多R语言,生物信息学相关知识...…

Spark2.x（六十二）：（Spark2.4）共享变量 - Broadcast原理分析

之前对Broadcast有分析,但是不够深入<Spark2.3(四十三):Spark Broadcast总结>,本章对其实现过程以及原理进行分析. 带着以下几个问题去写本篇文章: 1)driver端如何实现broadcast的装备,是否会把broadcast数据发送给executor端? 2)executor如何获取到broadcast数据? 导入 Spark一个非常重要的特征就是共享变量.共享变量分为广播变量(broadcast variable)和累加器(Accumulators). 广播…

Spark2.x AFTSurvivalRegression算法

Spark2.0的机器学习算法比之前的改变最大的是2.0基本采用了dataframe来实现的,但之前的都是用的RDD,看官网说貌似在3.0的时候RDD就不用了!还有一个就是hiveContext和sqlContext进行了合并,统一是sessioncontext. 在spark.ml中,实现了加速失效时间(AFT)模型,这是一个用于检查数据的参数生存回归模型. 它描述了生存时间对数的模型,因此它通常被称为生存分析的对数线性模型. 不同于为相同目的设计的比例风险模型,AFT模型更容易并行化,因为每…

Apache Spark2.0正式发布

Apache Spark2.0正式发布 7月26日起Databricks开始提供Apache Spark 2.0的下载,这个版本是基于社区在过去两年的经验总结而成,不但加入了用户喜爱的功能,也修复了之前的痛点. 本文总结了Spark 2.0的三大主题:更简单.更快速.更智能,另有Spark 2.0内容的文章汇总介绍了更多细节. 两个月前,Databricks发布了Apache Spark 2.0的技术预览版,如下表所见,目前我们有10%的集群都在使用这个版本,根据客户使用新版的经验及反馈意见,新…

千呼万唤始出来：Apache Spark2.0正式发布

我们很荣幸地宣布,自7月26日起Databricks开始提供Apache Spark 2.0的下载,这个版本是基于社区在过去两年的经验总结而成,不但加入了用户喜爱的功能,也修复了之前的痛点. 本文总结了Spark 2.0的三大主题:更简单.更快速.更智能,另有Spark 2.0内容的文章汇总介绍了更多细节. 两个月前,Databricks发布了Apache Spark 2.0的技术预览版,如下表所见,目前我们有10%的集群都在使用这个版本,根据客户使用新版的经验及反馈意见,新版得以发布,Data…

spark2.4 分布式安装

一．Spark2.0的新特性Spark让我们引以为豪的一点就是所创建的API简单.直观.便于使用,Spark 2.0延续了这一传统,并在两个方面凸显了优势: 1.标准的SQL支持: 2.数据框(DataFrame)/Dataset (数据集)API的统一. 在SQL方面,我们已经对Spark的SQL功能做了重大拓展,引入了新的ANSI SQL解析器,并支持子查询功能.Spark 2.0可以运行所有99个TPC-DS查询(需求SQL:2003中的很多功能支持).由于SQL是Spark应用所使用的主…