在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64   序列是 mate 1 128 序列是 m…

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam…

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64   序列是 mate 1 128 序列是 m…

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题 非常多序列(read),…

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

SAP标准的REST adapter有着XML/JSON转换的功能,它很有用,因为一方面SAP PI/PO内部以XML格式处理数据,而另一方面,在处理REST架构风格的时候,JSON才是事实上的格式. 然而,观察下网上有关REST Adapter的相关问题,可以得出一个结论:XML消息处理后生成的JSON输出并非总是正确的,有时候它会把人引入歧途.SAP积极地增强了REST Adapter的各方面功能——定制化和特性丰富的JSON处理就是其中一个重点领域.许多相关特性已经在记录在SAP Help…

需求:将alv上面的数据计算到内表中区,然后通过自定义按钮进行下载到csv格式中 附加:现在基本不用csv导出了,但是有些变态需求强行要求,也只好研究出来了,excel与txt导出很简单,那就不多说了.   步骤: 1.copy系统标准的SAP_CONVERT_TO_CSV_FORMAT函数,此函数已经使用不了,命名为ZSAP_CONVERT_TO_CSV_FORMAT,然后进行修改几处: a.系统标准的TRUXS_T_TEXT_DATA不存在,对于本机gui来说 ZCSV_T为自己修改的类型,…

Guid的常见格式: 1.Guid.NewGuid().ToString("N") 结果为:       38bddf48f43c48588e0d78761eaa1ce6 2.Guid.NewGuid().ToString("D") 结果为:        57d99d89-caab-482a-a0e9-a0a803eed3ba 3.Guid.NewGuid().ToString("B") 结果为:      {09f140d5-af72-44b…

转自:http://cache2.weidaohang.org/h/index.php?q=aHR0cDovL2Jsb2cuY3Nkbi5uZXQvemh1cWluZ183MzkvYXJ0aWNsZS9kZXRhaWxzLzY2MzY4NTc= 一直比较困惑一个问题,都说ffmpeg功能很强大,但是自己一直没有去研究一下,今天终于见识了一下它的强大之处了! 首先当然是在linux下编译和安装成功ffmpeg,关于具体的安装流程,可以参考我前面的一篇博文! 这里就直接介绍怎么把.h264纯码流打包…