1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码,进行安装 由于访问不了google code,又想编译安装,就从github上下载最新版:https://github.com/arq5x/bedtools2 下载v2.25.0版本的源代码,进行安装 wget https://github.com…

--------------------安装Samtools----------------------------------------------------------------------------------- 1) 下载 http://www.htslib.org/download/ 2) tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 3)cd samtools-1.9 4)make 5) make prefix=/home/jxdong/biosoft/sam…

系统:ubuntu 15.04全程在root权限下安装 首先安装软件samtools ,必须是samtools-0.1.19 版本tar jxf samtools-0.1.19.tar.bz2cd samtools-0.1.19makeexport SAMDIR=$PWDsudo mv samtools /usr/local/bin/··················································································…

详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genom…

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864…

字符串变量的处理 参考链接:SHELL字符串处理技巧 计算字符串的字符数量: ${#str} str="xxx-Lane1_S2_L001_R1_trim.fastq" echo $str ### xxx-Lane1_S2_L001_R1_trim.fastq echo ${#str} ### 31 删除VALUE字符串中以分隔符“.”匹配的右边字符,保留左边字符: ${str%.*}或${str%%.*} str2=`ls xxx-Lane1_S2_L001_R1_trim.fast…

1.安装samtools与bwa时: 缺少zlib库 下载zlib库 cd zlib/ CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure make make install 然后在进入samtools 进行make 2.安装rpm包是 依赖而不能安装! rpm -ivh xxx.rpm --nodeps --force 先强制安装! 再用rpm -qa |grep xx 查找已经安装 ldd查找需要的 注:1.加上 --nodeps,意思不考虑依赖 2.更狠的--force…

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述 执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (…