下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h…

This is a tutorial on how to program the Serial Ports on your Linux box.Serial Ports are nice little interfaces on the PC which helps you to interface your embedded system projects using a minimum number of wires.In this tutorial we will write a smal…

命令:curl 在Linux中curl是一个利用URL规则在命令行下工作的文件传输工具,是一款很强大的http命令行工具,当处在无界面的服务器上的时候,利用curl下载上传文件是较为方便的事情. 语法:# curl [option] [url] 常见参数: -A/--user-agent <string> 设置用户代理发送给服务器 -b/--cookie <name=string/file> cookie字符串或文件读取位置 -c/--cookie-jar <file>…

链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+): 1.  下载软件BLAST: 在以下网址  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载:   ncbi-blast-2.2.29+-x6…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

作者:Javen Fang链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/22222383来源:知乎著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处. 25 年前的这个星期,一个芬兰的大学生在一个邮件列表里共享了他的项目: 「只是一个业余爱好,」他说,『没有弄得像 GNU 那么大.那么专业.』 这个家伙没有想到他的操作系统将会永远地改变软件. 今天,Linux 是服务器端处于支配地位的操作系统.它也是 Android 的基础,后者在手机操作系统上处于支配地位.它…

查看系统多少位网上很多种说话   ### getconf WORD_BIT 错误的 这3个是对的        getconf LONG_BIT    echo $HOSTTYPE uname -a 64位的显示Linux ps4 2.6.16.46-0.12-smp #1 SMP Thu May 17 14:00:09 UTC 2007 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux后面显示有 x86_64 32位的显示:Linux fc6 2.6.18-1.2798.fc6 #…

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht…

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e…

blast+有三大工具类型: 功能 search database filter 命令 blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdbcmd segmasker, dustmasker, and windowmasker.                         1.…

from: https://secure.clcbio.com/helpspot/index.php?pg=kb.page&id=113 Can I run a local BLAST search again multiple blast databases simultaneously? (blast, blastn, blastp, blastx, serveral databases)By default, you will be offered single BLAST databas…

[新]简单写法 (转载自:https://blog.csdn.net/ylsoi/article/details/79824655) 要求:文件输入输出,且输入输出文件需要对应 Linux: #include<cstdio> #include<cstdlib> using namespace std; int main(){ while(1){ system("./gen"); system("./bf"); system("./r…

Linux上free命令的输出. 下面是free的运行结果,一共有4行.为了方便说明,我加上了列号.这样可以把free的输出看成一个二维数组FO(Free Output).例如: FO[2][1] = 24677460 FO[3][2] = 10321516                    1          2          3          4          5          6 1              total       used       free  …

linux驱动开发总结(一) 基础性总结 1, linux驱动一般分为3大类: * 字符设备 * 块设备 * 网络设备 2, 开发环境构建: * 交叉工具链构建 * NFS和tftp服务器安装 3, 驱动开发中设计到的硬件: * 数字电路知识 * ARM硬件知识 * 熟练使用万用表和示波器 * 看懂芯片手册和原理图 4, linux内核源代码目录结构: * arch/: arch子目录包括了所有和体系结构相关的核心代码.它的每一个子目录都代表一种支持的体系结构,例如i386就是关于intel c…

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…

文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole…

假设访问静态网页的配置如下: worker_processes 1; error_log stderr debug; daemon off; master_process on; events { worker_connections 1024; } http { include mime.types; default_type application/octet-stream; sendfile on; keepalive_timeout 65; server { listen 8080; l…

详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视.不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死.所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧. 请不要因为篇幅长,而觉得很困难,只是为了初学者能懂,叙述比较详(luo)细(s…

Nginx 启动起来之后,会有几个进程运行:1. master 进程接收用户命令并做出响应; 2. worker 进程负责处理各网络事件,并同时接收来自master的处理协调命令: master 主要是一控制命令,我们后面再说,而worker则是处理的nginx的核心任务,请求转发.反向代理.负载均衡等工作.所以我们先来啃啃worker这块硬骨头吧! 1. worker 主循环 worker 的启动是被master 操作的,作为一个 fork 出来的进程,它拥有和master一样的内存数据信息.…

对于活跃的 HTTP 连接,在执行连接建立回调函数 ngx_http_init_connection 的过程中会执行 ngx_http_wait_request_handler 回调函数, 负责 HTTP 请求的接收与 HTTP 请求描述结构的创建和初始化,并且第一次读取客户端数据到数据. 因此当客户端连接建立成功后,只有第一次读取客户端数据才会走该函数,如果在保活期内又收到客户端请求,则不会再走该函数,而是执行ngx_http_process_request_line, 因为该函数把handl…

ngx_buf_t和ngx_chain_t是nginx中操作内存的重要手段, 很多的数据都需要通过这个结构进行保存. 其中ngx_buf_t中保存一块可用内存, ngx_chain_t则是将内存块连接起来,组成一个链表, 操作这两个数据结构函数并不多, 下面进行了详解. 基本数据结构 typedef struct ngx_chain_s ngx_chain_t; typedef struct ngx_buf_s ngx_buf_t; struct ngx_buf_s { /*当前读取buffer…

网络上提供了大量非常有用的 jQuery 插件,帮助大家完善网站的体验.所以我们在这里收集了 2014 年发布的,并且是非常有用的插件,希望能帮助大家找到自己需要并且喜欢的,提升网站的质量! HAMMER JS PAPA PARSE PAPAPARSE 是强大,浏览器内置的 CSV 解析器. BLURR Horwheel Component Animsition Animsition 是简单,易用的 jQuery 插件,用来在 CSS 动画隐藏 xs 的页面转换中添加 br 类. LADDA B…

一.安装Wine 1.添加PPA sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppa 2.更新列表 sudo apt-get update 3.安装Wine sudo apt-get install wine1.7 二.安装WineQQ 一开始,我在14.04下安装的QQ版本是WineQQ2013SP6-20wine-qqintl版本,也就是国际版. 国际版有以下好处: 1:支持密码键盘输入并记住密码. 2:可以发送QQ表情无问题. 3:传送文件无问题. 4.…

你一定听过田忌赛马的故事吧?     如果3匹马变成1000匹,齐王仍然让他的马按从优到劣的顺序出赛,田忌可以按任意顺序选择他的赛马出赛.赢一局,田忌可以得到200两银子,输一局,田忌就要输掉200两银子,平局的话不输不赢. 请问田忌最多能赢多少银子? 关于输入:   输入包含多组测试数据,每组测试数据的第一行是一个整数n(1<=n<=1000),表示田忌和齐王都拥有n匹马.接下来一行是n个整数,表示田忌的马的速度,下一行也是n个整数,表示齐王的马的速度. 输入的最后以一个0表示结束. 关于输…

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES…

注:当前分析基于 Nginx之搭建反向代理实现tomcat分布式集群 的配置. 1. 用到的指令 下面介绍在上面的配置中用到的指令. upstream 指令 语法:upstream name { ... } 默认值:none 使用环境:http 该指令用于设置一组可以在 proxy_pass 和 fastcgi_pass 指令中使用的代理服务器,默认的负载均衡方式为轮询.示例如下: upstream backend { server backend1.example.com weight = 5…

1. ngx_http_top_header_filter 该链表主要是用于构造响应消息的消息报头. ngx_http_top_header_filter 单链表有如下模块插入了操作: ngx_http_not_modified_filter_module: ngx_http_not_modified_header_filter ngx_http_headers_filter_module:ngx_http_headers_filter ngx_http_userid_filter_module…

建库 减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件1,建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb    http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 建立核算库:  formatdb -i  fa -p F -o T 2.比对 blastn为例:blastn -query tese.fa -db dbname -out…

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…