【MCP|ZWT|Precision de novo peptide sequencing using mirror proteases of Ac-LysargiNase and trypsin for large-scale proteomics（基于Ac-LysargiNase和胰蛋白酶的蛋白组镜像de novo测序）】的更多相关文章

MCP|ZWT|Precision de novo peptide sequencing using mirror proteases of Ac-LysargiNase and trypsin for large-scale proteomics（基于Ac-LysargiNase和胰蛋白酶的蛋白组镜像de novo测序）

一.概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率,蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点,由Ac-LysargiNase(N端蛋白酶)和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性,这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子,基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白组de novo测序. 二.研究背景 De novo测序是基于二级质谱谱图解析未知蛋白.翻译后修饰及蛋白突变位点的测序方法,这项技术适用于没有氨基酸序列信息的蛋白及蛋白组解析.De novo测序的难点…

Uncovering thousands of new peptides with sequence-mask-search hybrid de novo peptide sequencing framework （使用序列掩码搜索结合肽段从头测序框架发现了数千个新肽段）-解读人：刘佳维

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:…

MCP|MZL|Accurate Estimation of Context- Dependent False Discovery Rates in Top- Down Proteomics 在自顶向下蛋白组学中精确设定评估条件估计假阳性

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

解读人：谭亦凡，Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling（巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路）（MCP换）

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

总是跑数据,却对数据一无所知,这说不过去吧. 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses(只讲二代) Assembly of large genomes using second-generation sequencing(参考文献) Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome asse…

RGB同步信号 DCLK／HS／VS／DE信号介绍

来源:  http://www.cnblogs.com/general001/articles/3721683.html 只要是数字信号处理电路,就必须有时钟信号.在液晶面板中,像素时钟是一个非常重要的时钟信号.像素时钟信号的频率与液晶面板的工作模式有关,液晶面板分辨率越高,像素时钟信号的频率也越高.在一行内,像素时钟的个数与液晶面板一行内所具有的像素数量相等.例如,对于1024×768的液晶面板,一行有1024个像素,则在一行中(对应于有效视频区间)像素时钟的个数也是1024个. 无论对TTL…

单细胞测序技术(single cell sequencing)

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

MCP|LQ|DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics

文献名: DIAlignR provides precise retention time alignment across distant runs in DIA and targeted proteomics(DIAlignR 为DIA和靶向蛋白质组学提供了准确的保留时间对齐的算法) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年1月) 单位: 多伦多大学 斯坦福大学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 我们提出了一种新的保留时间算法,直接比对原始swathm – ms的二级色…

2018 AI产业界大盘点

2018  AI产业界大盘点 大事件盘点 “ 1.24——Facebook人工智能部门负责人Yann LeCun宣布卸任 Facebook人工智能研究部门(FAIR)的负责人Yann LeCun宣布卸任,之后将担任Facebook首席人工智能科学家,保留对FAIR的研究方向的控制.同时,原工作将由新任负责人Jérôme Pesenti  接替,Facebook应用机器学习小组(AML)和Yann  LeCun将同时向其汇报.而Jérôme Pesenti  将直接向Facebook  CTO汇报…

ICLR 2013 International Conference on Learning Representations深度学习论文papers

ICLR 2013 International Conference on Learning Representations May 02 - 04, 2013, Scottsdale, Arizona, USA ICLR 2013 Workshop Track Accepted for Oral Presentation Zero-Shot Learning Through Cross-Modal Transfer Richard Socher, Milind Ganjoo, Hamsa Sr…

斯坦福CS课程列表

http://exploredegrees.stanford.edu/coursedescriptions/cs/ CS 101. Introduction to Computing Principles. 3-5 Units. Introduces the essential ideas of computing: data representation, algorithms, programming "code", computer hardware, networking, s…

{ICIP2014}{收录论文列表}

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

d3-画雷达图-圆形弧线

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Toward Scalable Systems for Big Data Analytics: A Technology Tutorial (I - III)

ABSTRACT Recent technological advancement have led to a deluge of data from distinctive domains (e.g., health care and scientific sensors, user-generated data, Internet and financial companies, and supply chain systems) over the past two decades. The…

The Brain vs Deep Learning Part I: Computational Complexity — Or Why the Singularity Is Nowhere Near

The Brain vs Deep Learning Part I: Computational Complexity — Or Why the Singularity Is Nowhere Near July 27, 2015July 27, 2015 Tim Dettmers Deep Learning, NeuroscienceDeep Learning, dendritic spikes, high performance computing, neuroscience, singula…

大规模视觉识别挑战赛ILSVRC2015各团队结果和方法 Large Scale Visual Recognition Challenge 2015

Large Scale Visual Recognition Challenge 2015 (ILSVRC2015) Legend: Yellow background = winner in this task according to this metric; authors are willing to reveal the method White background = authors are willing to reveal the method Grey background…

### Paper about Event Detection

Paper about Event Detection. #@author: gr #@date: 2014-03-15 #@email: forgerui@gmail.com 看一些相关的论文. 1. <Efficient Visual Event Detection using Volumetric Features> ICCV 2005 扩展2D box 特征到3D时空特征. 构建一个实时的检测器基于容积特征. 采用传统的兴趣点方法检测事件. 2. <ARMA-HMM: A New…

嵌入式 python之str操作

1.字符串的对齐方式:①:center(int[,str])>>> string = 'Fishhat'>>> string.center(55)'                              Fishhat                              '>>> string.center(55,'*')'************************Fishhat************************' ②:l…

JDK8 BigDecimal API-创建BigDecimal源码浅析三

第三篇 先介绍以BigInteger为构造参数的构造器 public BigDecimal(BigInteger val) {// 根据BigInteger创建BigDecimal对象 scale = 0;// BigInteger为整数因此有效小数位数为0 intVal = val; intCompact = compactValFor(val); } public BigDecimal(BigInteger unscaledVal, int scale) {// 这个与上一个差不多但是指定了…

JDK8 BigDecimal API-创建BigDecimal源码浅析二

第二篇,慢慢来 根据指数调整有效小数位数 // 上一篇由字符串创建BigDecimal代码中,有部分代码没有给出,这次补上 // 这个是当解析字符数组时存在有效指数时调整有小小数位数方法 private int adjustScale(int scl, long exp) {// 参数:scl-->>原生有效小数位数,exp:有效指数 long adjustedScale = scl - exp;// 这个其实自己写个例子就能明白,例如数值1.234*10^-3次方,此时实际数值位0.0012…

BigDecimal源码

1 public BigDecimal(char[] in, int offset, int len, MathContext mc) {// 使用字符数组的构造方法,一般我们推荐使用的是一String类为参数的构造以保证精度不会丢失 2 // protect against huge length. 3 if (offset + len > in.length || offset < 0)// 索引偏移量不能为负数且索引偏移量与使用的字符数之和不能超过字符数组的长度,否则抛出数字格式化异常…

rnn应用

Weather Recognition plays an important role in our daily lives and many computer vision applications. However, recognizing the weather conditions from a single image remains challenging and has not been studied thoroughly. Generally, most previous wo…

全面解读第四代基因测序技术Oxford Nanopore--转载

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重…

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is…

2016CVPR论文集

http://www.cv-foundation.org/openaccess/CVPR2016.py ORAL SESSION Image Captioning and Question Answering Monday, June 27th, 9:00AM - 10:05AM. These papers will also be presented at the following poster session 1   Deep Compositional Captioning: Descr…

PMP模拟考试-1

1. A manufacturing project has a schedule performance index (SPI) of 0.89 and a cost performance index (CPI) of 0.91. Generally, what is the BEST explanation for why this occurred? A. The scope was changed. B. A supplier went out of business and a ne…

Accepted Technical Research Papers and Journal First Papers 【ICSE2016】

ICSE2016 Accepted Paper Accepted Technical Research Papers and Journal First Papers Co-chairs: Willem Visser, Stellenbosch University, South Africa Laurie Williams, North Carolina State University, United States The Technical Research Program will fe…

go语言项目汇总

Horst Rutter edited this page 7 days ago · 529 revisions Indexes and search engines These sites provide indexes and search engines for Go packages: awesome-go - A community curated list of high-quality resources. Awesome Go @LibHunt - Your go-to Go T…

ECCV 2014 Results (16 Jun, 2014) 结果已出

Accepted Papers     Title Primary Subject Area ID 3D computer vision 93 UPnP: An optimal O(n) solution to the absolute pose problem with universal applicability 128 Video Registration to SfM Models 168 Image-based 4-d Modeling Using 3-d Change Detect…

CVPR 2015 papers

CVPR2015 Papers震撼来袭! CVPR 2015的文章可以下载了,如果链接无法下载,可以在Google上通过搜索paper名字下载(友情提示:可以使用filetype:pdf命令). Going Deeper With ConvolutionsChristian Szegedy, Wei Liu, Yangqing Jia, Pierre Sermanet, Scott Reed, Dragomir Anguelov, Dumitru Erhan, Vincent Vanhoucke…