应用软件通常安装在/opt目录下,这样系统中的各个用户都能方便使用,下面的软件都将安装到/opt目录. 1,上传需要的软件包Amber12.tar.gz.AmberTools13.tar.bz2.Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz. 2,进入/opt目录,解压缩AmberTools.Amber到当前目录. tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2 tar xvf ~/Amber12.tar.gz 3,在线更新,打补丁(需要联网) cd /op…

v 一直是在用的lnmp的集成安装包搭建lnmp环境,因为工作需要需要安装ldap扩展,在网上怎么都找不到源码安装包,只能卸载掉原来的lnmp环境,用ubuntu的php5-ldap扩展, 在安装中遇到一些问题,网上的文章坑爹的比较多,写篇文章记录下来. 1.安装MySQL sudo apt-get install mysql-server mysql-client 安装过程中要输入root用户的密码. 我在安装中出错,是原来的mysql-cilent mysql-workbench 未完全卸载…

1,下载安装新版本的gcc(高版本的gcc只是推荐使用的,系统自带的gcc4.4照样能正常编译.运行) wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2 .tar.bz2 cd ./contrib/download_prerequisites mkdir build cd build ../configure --prefix=/opt/ --enable-shared --e…

高斯软件一般使用的都是编译好的二进制版,所以解压缩后设置一下环境变量就可以用了. cd /opt tar xvf g09.tar.gz 设置环境变量,添加到/etc/profile文件中,重新登录后生效. export g09root=/opt source $g09root/g09/bsd/g09.profile export GAUSS_SCRDIR=/tmp 有一点需要注意: g09程序对访问权限有要求,如果高斯程序的权限允许组外用户访问,则会提示如下错误: Files in the Ga…

1,上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz. 2,解压缩并进入安装目录 tar xvf lammps-stable.tar.gz cd lammps-30Oct14 3,如果需要reax.poems等模块,可以进入lib额外添加(标准安装可跳过此步骤). cd lib/reax 修改Makefile.ifort文件第31行为: F90FLAGS = -O3 -xHost -ip -no-prec-div -fPIC make -f Makefile.ifort cd ../me…

1,将需要的软件包上传vasp.5.2.12.tar.gz.vasp.5.lib.tar.gz.benchmark.Hg.tar.gz. 2,创建vasp目录并解压软件包. mkdir /opt/vasp cd /opt/vasp .lib.tar.gz .tar.gz 3,编译lib cd vasp..lib/ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile修改makefile make 修改后的makefile: .SUFFIXES: .inc .f .F #------…

1,首先安装fftw .tar.gz cd fftw- ./configure --prefix=/opt/fftw- --enable-shared --enable-float --enable-mpi CC=icc F77=ifort make make install 2,安装Wien2k #创建目录并解压缩Wien2kmkdir Wien2kcd Wien2ktar xvf ~/WIEN2k_12.tar gunzip *.gz ./expand_lapw 配置参数,按照提示操作./s…

1,上传软件包MaterialsStudio70.tgz.msi_7.lic到服务器上. 2,安装ms一般会创建一个普通用户msi,软件安装在msi账号下. 创建用户msi: useradd msi 切换到msi用户: su – msi tar xvf /opt/MaterialsStudio70.tgz cd MaterialsStudio70/ [msi@hpc MaterialsStudio70]$ ./install Performing per-user installation of…

一般课题组刚开始做计算,往往没有专门的集群,主要用自己的PC机.工作站或者买几台服务器来跑跑:小伙伴们摸索Linux的使用.编译一些开源软件.甚至写点Shell脚本需要耗费很多时间,耽搁了读文献.码论文的进展. 在此写几篇Blog,将Linux系统的安装.设置,常用软件的安装.编译整理出来,分享给大家(内容只包含单节点的情况,不涉及集群.作业调度系统及跨节点计算). 1, 安装CentOS6.2. 1)从光盘启动后的界面,开始安装系统. 2)提示检查光盘的完整性,可以跳过. 3)根据提示按下一步…

本例中mysql的安装方式选用了二进制包安装方案.mysql复制用半同步复制方案 [1]安装mysql-5.6.31 要在所有的数据节点上都安装上mysql,安装方式大致相同,所以我这里就不重复写多次了,只以一台为例. 1.1 解压安装包到/usr/local/ -linux-glibc2.-x86_64.tar.gz -C /usr/local 1.2 为了创建linux系统的mysql用户 useradd mysql 1.3 创建连接文件 cd /usr/local/[root@mhamas…