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R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
】的更多相关文章
R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相…
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…
倒排索引 获取指定单词的文档集合 使用hash去重单词term 提高数据压缩率的方法
倒排索引源于实际应用中需要根据属性的值来查找记录.这种索引表中的每一项都包括一个属性值和具有该属性值的各记录的地址.由于不是由记录来确定属性值,而是由属性值来确定记录的位置,因而称为倒排索引(inverted index).带有倒排索引的文件我们称为倒排索引文件,简称倒排文件(inverted file). 中文名 倒排索引 外文名 inverted index 构建方法 使用hash去重单词term 特殊要求 海量数据 https://baike.baidu.com/item/倒排索引…
一个获取指定目录下一定格式的文件名称和文件修改时间并保存为文件的python脚本
摘自:http://blog.csdn.net/forandever/article/details/5711319 一个获取指定目录下一定格式的文件名称和文件修改时间并保存为文件的python脚本 @for&ever 2010-07-03 功能: 获取指定目录下面符合一定规则的文件名称和文件修改时间,并保存到指定的文件中 脚本如下: #!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*- '''Created on 2010-7-2 @author: fore…
PHP 获取指定目录下所有文件(包含子目录)
PHP 获取指定目录下所有文件(包含子目录) //glob — 寻找与模式匹配的文件路径 $filter_dir = array('CVS', 'templates_c', 'log', 'img', 'config', 'css', 'js'); function get_file_list($dir) { global $filter_dir; $file_list = array(); $file_dir_list = array(); $dir_list = scandir($dir);…
获取指定版本号svn
代码需求获取 svn update svnworkpath --username xxx --password xxx -r r464 r464 为指定版本号 可以获取指定版本号的代码 也 也可以在有旧版本代码的情况下,更新到指定版本 svn update -r r464更新到指定版本 如果是在管理代码本地有最新版本,想恢复到旧有版本,可以参考http://blog.csdn.net/aerchi/article/details/28590855…
BeautifulSoup获取指定class样式的div
如何获取指定的标签的内容是解析网页爬取数据的必要手段,比如想获取<div class='xxx'> ...<div>这样的div标签,通常有三种办法, 1)用字符串查找方法,然后切分字符串(或切片操作),如str.index(patternStr)或str.find(patternStr),这种方法快,但步骤多,因为要去头去尾. 2)用正则表达式,比如'<div class="result_info">([\s\S]+?)</div>',…
【百度地图API】如何调整结果面板的样式?如何获取指定页码的结果?
原文:[百度地图API]如何调整结果面板的样式?如何获取指定页码的结果? 摘要: 1.你是否想自定义查询后,结果面板的显示样式? 2.数据接口每次只返回10条结果,如何取到单独每一页的结果? --------------------------------------------------------- 一.如果自定义结果面板的样式? 我们通过数据接口拿到每一条数据,然后塞到自己想要的html结构里,如下: )}); mk.setLabel(lb); str += '<li>'+ pInfo…
java正则表达式获取指定HTML标签的指定属性值
package com.mmq.regex; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import java.util.regex.Matcher; import java.util.regex.Pattern; /** * @use 获取指定HTML标签的指定属性的值 * @FullName com.mmq.regex.MatchHtmlElementAttrValue.java </br> * @JDK 1.6.0 </b…
【js操作url参数】获取指定url参数值、取指定url参数并转为json对象
获取指定url参数值 /* 获取某url中的某参数值 调用:GetUrlQueryString("[url地址]","[参数名]"); */ function GetUrlQueryString(url,name){ var reg = new RegExp("(^|&)"+ name +"=([^&]*)(&|$)"); var r = url.substring(url.indexOf("…