笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter7

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一.Lloyd算法算法1 Lloyd Algorithm k_mean clustering * Centers to Clusters: After centers have been selected, assign each data point to the cluster corresponding to its nearest center; ties are broken arbitrarily. * Clusters to Centers: After data points…

读书笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter5

Chapter5 HOW DO WE COMPARE DNA SEQUENCES Bioinformatics Algorithms-An_Active Learning Approach http://bioinformaticsalgorithms.com/ 一. 1983年,Russell Doolitte 将血小板源生长因子[platelet derived growth factor(PDGF),一种刺激细胞增殖的物质]和其它已知基因比对,发现它的序列和原癌基因(oncogen…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter2

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter1

Chapter1 WHERE IN THE GENOME DOES DNA REPLICATION BEGIN 一. ·聚合酶启动结构域会结合上游序列的一些位点,这些位点有多个,且特异,并且分布在两条链上.通过计算,找到出现频率最高的k-mer可能为为聚合酶结合位点:dnaA BOX. 但是如何定位Ori的大概位置呢? ·DNA链复制的不对称性,其导致突变速率的不对称,使得有(forward链C->T,脱氨基)的趋势.由此,依据skew增的处于forward链,skew减的处于revers…

How do I learn machine learning?

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Protocol Informatics (PI项目)【基于网络轨迹的协议逆向工程文献学习】

Protocol Informatics[基于网络轨迹的协议逆向工程文献学习]by tsy 声明: 1)本报告由博客园bitpeach撰写,版权所有,免费转载,请注明出处,并请勿作商业用途.恕作者著作权限制,本页面仅上传图片版本的文献学习文稿. 2)若本文档内有侵权文字或图片等内容,请联系作者bitpeach删除相应部分. 3)本文档内容涉及Protocol Informatics论文主题,该论文为协议逆向工程的入门经典之作,非常值得基于网络轨迹的协议逆向工程的学习. 论文标题为<Network…